S2 E1 • Je ne suis pas un héros

Tandis que Jane se remet de la fusillade, elle enquête officieusement sur le décès du soldat Sherman, décédée lors de l'explosion de sa voiture, devant le bâtiment où se déroulait la cérémonie de remise de médailles. Jane y fait la rencontre du colonel Jones, un ancien petit ami et Angela, quant à elle, fait face à une nouvelle assez déroutante concernant la famille Rizzoli.

Première diffusion : 11 juillet 2011

S2 E2 • L'instinct maternel

Lors d'une journée relaxation organisée par Maura, Jane et elle sauvent la vie d'un nouveau-né prématuré. Elles entrent alors dans le monde de la maternité et de l'argent et se rendent compte qu'une personne peut être prête à tout pour devenir parent. Angela, quant à elle, ne se remet toujours pas de la décision de Franck.

Première diffusion : 18 juillet 2011

S2 E3 • Parade navale

La brigade criminelle enquête sur le décès d'une jeune femme, retrouvée dans une ruelle, étranglée et violée. Le principal suspect est un marine, mais la tâche s'avère difficile sachant que l'enquête se déroule pendant la semaine de la flotte. Puis un autre corps de jeune femme est trouvé entre la vie et la mort. Entre temps, nous apprenons que les relations qu'entretient Frost et son père, un officier de la marine, sont tendus. Maura, elle, fait la rencontre d'un garagiste italien, pas si gentleman que ça finalement.

Première diffusion : 25 juillet 2011

S2 E4 • Alerte enlèvement

Maura et Jane sont appelées sur une nouvelle affaire. Une adolescente de treize ans disparaît sous les yeux de son petit frère. Jane travaille d'arrache-pied pour la retrouver, d'autant plus que la jeune disparue est la fille de son ancien partenaire à la brigade des stups'. La course contre la montre est lancée et accélère quand le corps d'une jeune fille est retrouvé avec des signes de captivité et de maltraitance.

Première diffusion : 1 août 2011

S2 E5 • Tuer n'est pas jouer

Les vestiaires du stade de baseball de l'équipe des Pilgrims deviennent une scène de crime après la découverte du corps d'un entraîneur spécial, dédié à la star de l'équipe, Manny "Mega" Vega. Malgré les réticences du propriétaire du club et de ses avocats, la brigade criminelle continue à enquêter et découvre rapidement que Vega pourrait être impliqué. Or tout n'est pas si simple. Pendant ce temps, Tommy Rizzoli refait surface.

Première diffusion : 8 août 2011

S2 E6 • Histoire ancienne

Une reconstitution de la guerre de l'Indépendance américaine se transforme en scène de crime lorsque l'un des soldats est retrouvé mort.

Première diffusion : 15 août 2011

S2 E7 • Chasse aux sorcières

Jane et son équipe enquêtent sur ce qui semble être une chasse aux sorcières des temps modernes. L'ex-petite amie de Frankie revient avec une surprise de taille.

Première diffusion : 22 août 2011

S2 E8 • Entreprise familiale

Après la découverte du cadavre d'un homme, Jane et Maura décident de fouiller son passé familial.

Première diffusion : 29 août 2011

S2 E9 • Le retour du père

Jane découvre un lien entre le meurtre d'une jeune femme et le père biologique de Maura. De son côté, cette dernière passe de plus en plus de temps avec Tommy.

Première diffusion : 5 septembre 2011

S2 E10 • Le plus beau des cadeaux

Un jeune homme est assassiné dans les toilettes d'une prison, quelques minutes avant sa sortie officielle.

Première diffusion : 12 septembre 2011

S2 E11 • La loi du silence

Lorsqu'un militant est abattu en peine rue, un adolescent décide de témoigner contre le chef d'un gang reconnu, à qui l'on attribue une quinzaine d'autres meurtres dans la ville.

Première diffusion : 28 novembre 2011

S2 E12 • Liens fraternels

L'équipe de police de Boston s'associe avec le FBI pour enquêter sur le meurtre d'un directeur de banque durant un vol à main armée.

Première diffusion : 5 décembre 2011

S2 E13 • La réunion des anciens

Jane se rend à une réunion des anciens de son lycée en compagnie de Maura. Alors que la fête bat son plein, un homme est assassiné.

Première diffusion : 12 décembre 2011

S2 E14 • Mort en coulisses

Lorsque la mère d'une danseuse est poignardée durant une compétition mondiale, Jane et son équipe se lancent sur les traces du tueur.

Première diffusion : 19 décembre 2011

S2 E15 • À feu et à cran

Un pompier trouve la mort dans l'incendie d'un entrepôt. Jane et Maura tentent de prouver que le feu est d'origine criminelle.

Première diffusion : 26 décembre 2011