S2 E1 • Lord Baltimore (No. 104)

Red doit affronter une nouvelle menace : un homme du nom de Lord Baltimore. Au même moment, une personne importante issue du passé de Red, réapparaît. De son côté, Liz essaye d’aller de l’avant après sa confrontation avec Tom

S2 E2 • La Banque (No. 112)

La succursale de la banque Monarch Douglas de Varsovie est prise d'assaut par 5 individus. Red informe que celle-ci travaille exclusivement au blanchiment de l'argent des cartels et de groupes terroristes. Envoyés sur place, Ressler et Keen réalisent rapidement que l'attaque n'était pas un braquage mais l'exfiltration d'une employée dotée d'une mémoire eidétique. Berlin dont les fonds se trouvent dans cette banque est lui aussi concerné.

S2 E3 • Dr. James Covington (No. 89)

Liz se pose beaucoup de questions concernant son père, l'incendie et le rapport avec Reddington. Elle est persuadée que Naomi Hyland, l'ex femme de Red, pourrait lui apporter des réponses.

S2 E4 • Dr. Linus Creel (No. 82)

Plusieurs citoyens lambda, sans antécédent judiciaire, commettent des crimes alors que rien ne le laissait présager. Reddington pense qu'il s'agit de manipulation psychologique. Ils étaient en fait l'expérience du docteur Linus Creel, assistant d'un projet gouvernemental clos sur le "gène du guerrier".

S2 E5 • La Faction (No. 74)

Maddox Beck est à la tête d'une secte : The Front. Il veut éradiquer la race humaine avec la peste pour préserver l'environnement. Il envoie les personnes infectées aux quatre coins du monde. Le FBI intercepte l'un d'eux à l'aéroport et le neutralise : Keen et Navabi sont infectées. Aram demande à Reddington de les aider à trouver Maddox : ce qu'il fait. Il obtient le vaccin contre la peste.

S2 E6 • Le Cartel de Mombasa (No. 114)

Le protecteur de Liz découvre ce qu'elle cache. Elle le fait arrêter avant qu'il n'ait le temps de tout dire à Reddington. La communauté « Animal Underground » s'en prend aux membres du cartel Mombasa dont les membres sont des trafiquants d'animaux. Il sont enlevés, tués, dépiautés et abandonnés à Sitka. Red oblige Geoff Pearl, travaillant sur les deux fronts (le cartel Mombasa pour les affaires et « Animal Underground » pour la famille), à donner la liste des noms du cartel Mombasa. Geoff étant également responsable du massacre de la famille de Dembe, Red le tue. Lors de la descente à Sitka, Liz se rend compte que Ressler est dépendant aux analgésiques.

S2 E7 • Le Cimeterre (No. 22)

Pour se venger de l'assassinat d'un scientifique en nucléaire iranien commis par le Mossad et la CIA, le ministère iranien a l'intention de répliquer. Ils ont engagé le cimeterre. Le FBI doit protéger plusieurs scientifiques américains. Un agent est menacé, Liz et Ressler le retrouvent et l'emmènent en voiture.

S2 E8 • Le Décembriste (No. 12)

4 mois plus tôt : Liz tire sur Tom avant d'empêcher Red de le tuer. Elle le sauve avec l'aide d'Ellie et le séquestre tout en faisant croire à Red qu'elle l'a tué elle-même. Au cours de ces quatre mois, elle obtient quelques informations. Zoe, face à son père, raconte sa version : un homme lui avait offert son aide pour disparaître. Elle ne le connaissait pas mais il se faisait appeler « le décembriste ». Il a contribué à la chute du communisme avec l'attentat de Kursk en 1991 supposé tuer Berlin et a simulé la mort de sa fille. Grâce à une trace d'ADN, l'équipe du FBI retrouve le décembriste : Kiryl Morozov, l'un des hommes les plus puissants de Russie.

S2 E9 • Luther Braxton - 1er partie

When Red is arrested and taken to a secret detention facility, Liz and the task force set out to save him before he disappears forever. At the facility, Red encounters a thief with whom he shares a complicated history.

S2 E10 • Luther Braxton - 2e partie

As chaos ensues at the Factory, leaving the fate of Red and the task force unknown, Cooper struggles to rescue his team from the detention facility. It’s a race against time to prevent Luther Braxton attaining confidential information.

S2 E11 • Ruslan Denisov (No. 67)

Reddington, Liz et Ressler se rendent en Ouzbékistan pour enquêter sur le criminel Ruslan Denisov qui détient plusieurs otages américains. Denisov, un vieil ami de Red, a pour cible des membres de la compagnie qui refuse de remplacer un pipeline qui fuit et empoisonne les civils. Après plusieurs tentatives de négociation ratées, Red s'associe à Denisov et capture un ancien associé russe de la compagnie. Ils utilisent l'histoire passée de la compagnie pour faire chanter le responsable actuel et le forcer à se retirer.

S2 E12 • La Famille Kenyon (No.71)

L'équipe du FBI enquête sur une secte, intouchable depuis une décennie, appelée la famille Kenyon. Ils apprennent par Red que ces derniers sont lourdement armés mais le FBI refuse d'intervenir pour des raisons politiques jusqu'au jour où un van explose tuant des policiers. Liz et Ressler se rendent sur les lieux et découvrent un véritable massacre ; les armes et les explosifs avaient disparu. Les jeunes garçons qui avaient été abandonnés en pleine forêt et laissés pour morts par les membres de la secte avaient survécu et s'étaient vengés. Le FBI finit par retrouver ces garçons et les armes.

S2 E13 • Le chasseur solitaire (No.93)

L'équipe du FBI pourchasse un tueur en série appelé « le chasseur de cerf » qui tue depuis près de douze ans. L'inspecteur Wilcox continue d'interroger le gardien qui a aidé Liz à enterrer le corps de l'homme tué à la marina ; il accepte de témoigner contre elle s'il obtient l'immunité. L'homme mystérieux qui a appelé Red lui donne rendez-vous pour parler de quelque chose en personne. Plus tard il rejoint Liz et lui demande le Fulcrum : elle essaye de mentir sans succès. Ils passent alors un marché : Red l'aide à retrouver le chasseur de cerf et elle lui dit la vérité sur le Fulcrum. Le chasseur de cerf s'avère être le mari tué de Travy Solobotkin, une employée dans une organisation qui aide les femmes battues. Elle enlève Liz et lui avoue que c'est elle qui a tué son mari par légitime défense et elle a décidé de poursuivre ses meurtres pour débarrasser les femmes de leurs maris violents. Liz parvient à la frapper juste avant que Ressler et les forces spéciales n'arrivent. Reddington apprend pour le marché conclu avec Wilcox, il intervient et persuade le gardien qui doit témoigner contre Liz de mentir. Cette intervention a lieu exactement au même moment où Red et l'inconnu devaient se rencontrer, Red envoie Dembe à sa place, ce qui énerve l'inconnu qui raccroche. En traçant l'appel, Red et Dembe trouvent l'endroit d'où appelait cet homme et n'y trouvent qu'un téléphone et du sang. Red et Liz se retrouvent : il l'informe qu'elle ne risque plus d'être incriminée par le gardien. Cependant, elle refuse de lui donner le Fulcrum. Red lui fait remarquer que si elle refuse c'est parce qu'elle a peur qu'il perde tout intérêt pour elle si elle lui donne.

S2 E14 • T. Earl King (No.94)

Reddington donne le prochain nom sur sa liste noire : la famille King, qui depuis 200 ans, organise des enchères illégales allant de peintures volées aux victimes de kidnapping comme des témoins ou des criminels. Lorsque Red se fait enlever avec l'aide de Madeline Pratt, Elizabeth se fait passer pour l'employée d'un riche collectionneur Russe qui s'intéresse aux peintures volées et infiltre l'enchère en tant qu'acheteuse afin de retrouver Red et en finir avec le business de la famille King. Pendant ce temps, Tom se rend compte que Liz lui manque : il l'appelle avant de disparaître en Allemagne sous une nouvelle identité : un néo-Nazi du nom de Christof Mannheim.

S2 E15 • Le commandant (No. 75)

En 1994, à New York, un adolescent venant de voler un sac dans un restaurant est poursuivi par un serveur avant de prendre la fuite en voiture grâce à l'aide de Bill McCready, connu sous le pseudonyme du « Major ». Toutefois, ce dernier, connaissant les qualités spéciales du jeune garçon lui offre la possibilité de quitter une vie de délinquance pour devenir qui il veut. Il se révèle que l'adolescent qui se nomme Jacob Phelps est en réalité Tom. De nos jours, Elizabeth est convoquée dans le bureau de Cooper afin d'apprendre par la procureure Wright qu'un grand jury a été réuni en charge d'enquêter sur la mort d' Eugène Ames, le capitaine du port tué par Tom et que Cooper est assigné à comparaître au tribunal pour corroborer la version de Liz ce qui le met en colère. Wright a alors déposé une annulation de l'assignation de Cooper.

S2 E16 • Tom Keen (No. 7)

Le juge Denner conclut que Liz a menti au sujet du meurtre d'Eugene Ames dès lors que la police a retrouvé une balle de son pistolet ayant servi à tirer sur Alecko, le garde du corps engagé par l'agent pour surveiller Tom durant sa captivité. Au vue de cet élément, le juge poursuit la mise en accusation pour meurtre et parjure. L'agent, quant à elle, clôture un compte bancaire et verse l'argent dans un compte inconnu afin de retrouver Tom, qui a infiltré un groupuscule néo-nazi en Allemagne. Red et Ressler parviennent à le localiser, sabotent une vente d'armes et tuent le groupe assigné à Tom. Red insiste pour que Tom avoue qu'il est le véritable meurtrier du capitaine mais ce dernier refuse. Pendant ce temps, Cooper qui se confie vivement à Liz au sujet du parjure qu'il a dû faire devant Denner fait une attaque et est transporté à l'hôpital. Liz apprend par l'épouse de ce dernier qu'il est atteint d'une tumeur au cerveau, lui laissant à peine plus d'un an à vivre et lui demande de garder arder cette information pour elle-même. Liz donne sa parole, et elle appelle le bureau pour dire à Samar que Cooper a fait de l'hypoglycémie. Liz rend visite à Cooper pour s'excuser car il est la seule personne dans le monde à qui elle fait entièrement confiance. Ce dernier admet être seulement contrarié parce qu'il ne veut pas voir la Liz de sa première rencontre, la bonne personne, se perdre dans toutes ces affaires.

S2 E17 • Initiative Longévité (N°97)

Un policier en patrouille est abattu alors qu'il contrôlait un camion après avoir découvert des cadavres ayant fait l'objet d'expériences scientifiques. Reddington révèle le nouveau nom dans la liste, Roger Hobbs. Milliardaire magnat de la technologie fasciné par l'immortalité, Hobbs a développé et financé une équipe de scientifiques consacré à ce but. L'enquête mène vers l'un des scientifiques, Julian Powell, qui injecte des cellules d'une espèce de méduse rare à l'homme espérant vainement que leurs cellules se régénéreraient en expérimentant sur des personnes ayant subis des dommages cérébrales. Red l'intercepte afin de le faire travailler pour lui. Il veut que celui-ci se serve de son sérum sur Keen afin de réactiver ses souvenirs d'enfance. Mais Powell avoue que ses recherches ne sont qu'un échec et il se suicide.

S2 E18 • Vanessa Cruz (N°117)

Veuve d'un courtier devenu lanceur d'alerte, Vanessa Cruz décide de venger son défunt époux en s'attaquant à des hommes d'affaires en fabriquant des crimes (vols, délits d'initiés, arnaques) et disparaissant sans laisser de traces. Pendant ce temps, Reddington tente de semer les graines de la dissidence au sein de la cabale afin de destituer le directeur. Parallèlement, Liz, en charge d'enquêter sur le cas de Vanessa Cruz, est appelé à l'aide par Tom, qui lui demande de restituer ses passeports. Bien que réticente, elle accepte à condition que Tom l'aide concernant l'enquête grâce à des contacts, ce qui permet de déjouer une tentative d'assassinat de Cruz envers un homme d'affaires mais la criminelle parvient toutefois à fuir. À l'aéroport, Vanessa Cruz est approché par Kaplan afin d'être recruté dans l'équipe de Reddington. Dans la foulée, Tom révèle à Liz la vérité derrière sa relation avec Reddington. Dégoûtée, elle prend en contact avec ce dernier afin de lui remettre le Fulcrum en essayant de couper tout lien avec lui. Mais au moment où le Fulcrum lui est remis, Reddington est blessé à la poitrine par un tireur inconnu.

S2 E19 • Leonard Caul (N°62)

Peu après que Reddington ait été blessé par balle au poumon, Liz et Dembe parviennent à l'emmener dans un lieu sécurisé indiqué par Mr. Kaplan afin de recevoir les premiers soins. Reprenant conscience, Red qui se bat pour sa survie, demande à Liz de parler à un nommé Leonard Caul, cet homme pourrait avoir une idée pour décrypter le Fulcrum. Cependant, le directeur du National Clandestine Service, également membre de la Cabale, est prêt à tout pour éliminer Reddington, convaincu que ce dernier ne détient pas le Fulcrum. Dans l'appartement de Red, Liz retrouve Caul et apprend que le Fulcrum contient des informations concernant des assassinats politiques et de terrorisme dans lequel est impliqué la Cabale. Liz parvient à arrêter de justesse la mission d'assassinat du directeur sur Reddington en lui faisant du chantage avec le Fulcrum. Dans la foulée, Connolly finit par avoir un siège au sein de la Cabale grâce au directeur après avoir divulgué des informations sur le sort de Reddington à la Cabale. Liz, agacée par le plan d'un Reddington sauf mais encore convalescent lui mettant Tom dans sa vie, demande à son ex-mari tout ce qu'il sait à propos de Reddington.

S2 E20 • Quon Zhang (N°87)

Après avoir déchiffré les informations contenus dans le Fulcrum, Reddington, remis de son agression, est déterminé à arrêter une menace imminente du « Directeur », notamment en faisant kidnapper et torturer le bras droit de ce dernier pour obtenir des informations. Tout en enquêtant sur un criminel qui n'hésite pas à dérober des cadavres de femmes sino-américaines pour les faire passer en contrebande hors du pays, Liz somme Reddington de lui révéler des informations sur sa mère après avoir découvert une photo d'elle enfant avec une femme dans son appartement : il lui apprend qu'elle est la fille de deux ex-agents du KGB et que la femme sur la photo est sa mère. Parallèlement, Cooper se retrouve confronté à un choix cornélien lorsque Connelly le pousse à divulguer des informations classifiées à la presse après que la présence de Reddington à Washington ait été découvert.

S2 E21 • Karakurt (N°55)

Sur un campus, bousculé et interpellé par un homme distribuant des tracts, un étudiant en droit est pris de convulsions et des saignements aux yeux. Parallèlement, Liz, discutant avec Tom dans un restaurant afin de s'excuser d'avoir passé la nuit précédente chez lui, alors que ce dernier veut la convaincre de s'enfuir avec lui en bateau, est contacté par Reddington sur son portable. Alors que Liz lui demande la vérité au sujet de ses parents, Reddington détourne la discussion sur Karakurt, tueur employé au SVR et engagé par la Cabale afin de commettre un acte terroriste sur une installation de la défense, afin de faire porter le chapeau à la Russie, ce qui déclencherait une nouvelle guerre froide, mais ne préfère pas tout dire en raison de la présence d'une taupe dans le service. Cooper met en place une réunion pour Liz et Ressler avec des agents de la CIA du bureau de Russie et de l'analyse européenne dans un bâtiment OREA. Après avoir obtenu un enregistrement d'un contact, Liz demande à un agent des informations concernant Katarina Rostova en lui montrant la photo de sa mère. Mais au même moment, Red, ayant trouvé une adresse pour Karakurt, trouve des produits utilisés dans la fabrication d'une bombe et apprend d'un témoin qu'il circule dans une camionnette. Le véhicule, piégé, est localisé et se trouve près du bâtiment OREA et explose, tuant les agents de la CIA et blessant légèrement Liz et Ressler.

S2 E22 • Tom Connolly (N°11)

Liz est recherchée pour l'assassinat d'un sénateur américain et est maintenant contrainte de fuir avec l'aide de Red. Le procureur général Tom Connolly oblige Cooper à prendre en congé administratif afin de garder Keen pour être interrogé. Liz est toutefois capturée pour interrogatoire mais parvient à s'échapper un peu plus tard avec Reddington et Cooper. Pendant ce temps, Reddington réunit des journalistes d'investigation de premier plan dans le monde, leur révélant le contenu du Fulcrum, afin d'exposer publiquement la Cabale. Grâce à Liz, Cooper découvre que sa maladie était un canular orchestré par la Cabale et Connolly, et le confronte avec Liz en colère. Sur la défensive, Connolly les menace avant que Liz ne le tue avec son arme. Le tir déclenche un souvenir de la nuit de l'incendie dans sa mémoire: elle a tiré et tué son père violent afin de protéger sa mère. Elizabeth échappe à la capture de la police avec l'aide de Reddington, et avoue avoir retrouvé sa mémoire, ainsi que sa pleine compréhension de la volonté de Reddington pour la protéger. Red et Liz s'échappent, tandis que Tom s'enfuit dans son bateau. Reven Wright nomme Ressler que le nouveau directeur de la Task Force, tandis que Cooper remet son insigne et est interrogé pour l'assassinat de Connolly. Le nom d'Elizabeth est mis à côté de Reddington sur la liste des dix fugitifs les plus recherchés par le FBI.