S6 E1 • Le pire scénario

Frank et la ville de New York sont en état d'alerte quand une menace terroriste semblerait imminente sur le territoire américain suivant ainsi une autre attaque au Moyen-Orient.

S6 E2 • Le mal absolu

Danny et Baez poursuivent un tueur en série qui envoie un message effrayant à Danny. Pendant ce temps, Erin se voit proposer un poste de juge. De son côté, Frank est accusé par une candidate à la mairie d'enquêter secrètement sur son mari et Eddie apprend que son père est à l'hôpital.

S6 E3 • Pour quelques dollars de plus

Quand le journaliste de presse Lorenzo Colt est visé en suivant Jamie etEddie pendant leur patrouille, Frank met Danny et Baez à la recherche du tireur qui peut être dehors, à la recherche d'autres cibles. Pendant ce temps, Garrett envisage de prendre un autre travail.

S6 E4 • Comme chiens et chats

La tentative d'Erin de mettre un chef de la mafia dangereux en prison est stoppée losqu'un ancien informateur qui a reçu la protection des témoins revient pour donner un alibi à son ancien patron. Au même moment, Frank se retrouve en conflit avec le chef des pompiers de New York.

S6 E5 • Les Évadées

Danny et Baez sont à la recherche de deux évadées de prison. Ils vont découvrir que Danny a mis l'une d'elles en prison il y a plusieurs années. Pendant ce temps Frank apprend que Gormley a quelques problèmes personnels.

S6 E6 • Quand le torchon brûle

Les affaires internes en ont après Jamie. Une photo semble démontrer qu’il a brutalisé un individu lors d'une manifestation. Puis, l'enquête liée à l'affaire de viol de Danny et Baez implique un avocat des droits civiques.

S6 E7 • Dans la peau de Steve McQueen

La dernière Mustang du film «Bullit» vient d'être volée.Danny et Maria enquêtent afin de la retrouver. Erin se retrouve en conflit avec son père quand elle prend le parti de son patron dans une affaire impliquant des policiers et la mise en circuit de faux billets.

S6 E8 • Dans la gueule du loup

Quand Thomas Wilder, le tueur en série qui a échappé à Danny, menace sa famille, Linda est très préoccupée par le travail de son mari et par son mariage. Aussi, Jamie défie son officier supérieur, le sergent William Mulvey, pendant une prise d'otage.

S6 E9 • À la croisée des chemins

Erin se retrouve obligée de prendre le cas d'un collègue, Kelly Blake. Pendant ce temps, Eddie et Jamie se déguisent à la manière d'un couple de personnes âgées afin d'arrêter un gang.

S6 E10 • Les combattants de la paix

Danny se retrouve être interrogé par le bureau du procureur quand son ancien partenaire est accusé de manquements dans l'exercice de ses fonctions. Pendant ce temps, Frank doit choisir la manière la plus appropriée de répondre à des activistes ayant brûlé le drapeau américain.

S6 E11 • La bonne époque

Frank se retrouve dans une situation difficile quand il découvre que son premier partenaire publie un livre qui contient des détails sur leurs vies personnelles et professionnelles. Jamie et Eddie quant à eux répondent à l'appel d'un officier en service qui a besoin d'aide. En arrivant sur les lieux, ils sont obligés de prendre des décisions qui pourraient menacer leurs emplois dans le département et leur relation.

S6 E12 • La malédiction

Frank doit faire face à la demande d'une jeune officier de police demandant en l’honneur de son père d'avoir le numéro de badge correspondant à celui de son défunt fils Joe.

S6 E13 • Le retour d'Octavio Nuñez

Lorsqu'un tout nouveau retraité ancien lieutenant de police est accusé d'avoir tiré sur un groupe de voleurs potentiels dans le métro, et disparaît, Frank doit faire face aux retombées. Pendant ce temps, quand un trafiquant de drogue revient à l'ancien quartier de Baez, elle et Danny doivent l'arrêter pour un assassinat dont Maria a été témoin quand elle était enfant. Jamie devient protecteur à l'égard d'Edie quand il sent que leur nouvel agent de formation harcèle des femmes de la NYPD.

S6 E14 • Passage aux aveux

Le patron d'une maison de passes est retrouvé mort et quatre de ses employées avouent en être l'auteur. Danny, en charge de l´enquête, doit rétablir la vérité et identifier la coupable. Frank, lui, est en désaccord avec son prêtre au sujet d'un jeune garçon responsable d'un vol au sein même de l'église… Pendant ce temps, Nicky et ses amies sont arrêtés : la police a trouvé de la drogue dans leur voiture.

S6 E15 • Nouveau départ

Erin est accablée par la culpabilité lorsqu'un homme qu'elle a remis elle-même en liberté est accusé d'avoir tué un policier de la ville de NY. Et pendant ce temps, Danny et Baez enquêtent sur la disparition d'un policier.

S6 E16 • Quand le verdict tombe

Linda demande de l'aide à son mari et sa partenaire pour aider une de ses collègues de l'hôpital qui ne sait pas comment gérer son ex. Dans un même temps, Erin doit choisir le meilleur moyen de résoudre une affaire impliquant son ancien mentor.

S6 E17 • À la lettre

Jamie et Danny sont en désaccord sur la façon de gérer une nouvelle recrue téméraire, Marcus, qui est le fils d'un ami de Danny. Du côté du bureau du procureur, lorsque l'enquêteur de Erin, Anthony a des gros problèmes financiers à cause de son cousin, elle lui propose son aider.

S6 E18 • Tête brûlée

Frank travaille conjointement avec Nick Constantine, un ancien détenu désormais réhabilité, dans une commission de prévention des récidives. Mais plus tard dans son restaurant les choses se corsent lorsque Nick se retrouve impliqué dans le meurtre d'un criminel notoire. Erin, quant à elle, ré-instruit un dossier dans un procès pour meurtre. Elle découvre que l'ancien procureur en charge de l'affaire, aujourd'hui journaliste radio, en contact avec le meurtrier présumé ne veut pas dévoiler où se cache ce dernier…

S6 E19 • L'appât

Danny et Baez sont sur les traces d'un gang de voleurs dangereux. Ils acceptent de collaborer avec Jimmy Mosley, un détective, ex de Baez bien des années auparavant… Frank, de son côté, s'interroge : doit-il accepter la promotion d'un policier qui a réussi son examen de Sergent, mais qui a été acquitté avec 3 de ses collègues il y a plusieurs années du meurtre d'un ado musulman désarmé au risque de provoquer la colère du public ? De plus le Chef de la Police pense que, malgré son acquittement, il a gravement et durablement porté atteinte à l'image de la police de New York par cet acte...

S6 E20 • Obsession

La police de New York recherche activement Thomas Wilder, un tueur en série. Sur le corps de sa dernière victime, celui-ci laisse un message dans lequel il nargue Danny. Le jeu du chat et de la souris auquel se livraient Wilder et les forces de l'ordre prend soudain un aspect très personnel pour Danny...

S6 E21 • Coups de poker

Erin et Anthony se démènent pour mettre la main sur leur témoin clé dans l'affaire de meurtre en cours. En effet, celui-ci a pris la fuite, refusant de témoigner par peur d'éventuelles représailles. Pendant ce temps, Garett tente de convaincre Frank d'assister au gala de l'Union de la Police tandis que Danny et Baez s'intéressent à une étrange affaire de cambriolage dans un magasin de dépannage…

S6 E22 • Fidèles au poste

Un policier est accusé d'avoir tiré sur un mineur dans des circonstances controversées. Bien que la scène ait été filmée par un passant, le jury ne parvient pas à prouver la culpabilité de l'agent. Frank, le maire Poole ainsi qu'Erin et le bureau du procureur doivent alors faire face à l'indignation qui gagne la population de New York…