S11 E1 • Frères de sang (1)

Brennan et Booth ont changé de vie depuis dix mois : il est devenu formateur pour les jeunes recrues, elle se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et les premiers indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt au Jeffersonian pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari.

S11 E2 • Frères de sang (2)

Booth est blessé mais retenu par les partenaires de crime de son frère qui attendent leur paiement. L'équipe du Jeffersonian fait tout pour le retrouver, malgré l'agent Miller qui retient plusieurs informations capitales pour l’affaire.

S11 E3 • Trafic

Les restes d'un inventeur raté sont découverts dans une ferme piscicole et les premiers indices montrent que la victime s'est vue prélever plusieurs organes après sa mort. Le Jeffersonian cherche donc dans les réseaux de trafic d'organes pour retrouver le tueur. C'est le retour de Brennan dans l'équipe, mais aussi de Booth, qui est perturbé alors que les services postaux ont égaré les cendres de Jared.

S11 E4 • Un grand méchant coyote-loup

Les restes d'un homme sont retrouvés dans la forêt, après avoir été dévorés par des coyotes-loups, et dans la panique, le chasseur qui l'a trouvé a fait exploser le crâne. Pendant que Hodgins et Wells partent chercher les restes, le Jeffersonian accueille le Dr Beth Mayer, une experte anthropologue si expérimentée qu'elle en rend jalouse Brennan.

S11 E5 • Un étrange Halloween

It’s Halloween time at The Jeffersonian as the team gets a surprise visit from Lt. Abbie Mills and Ichabod Crane, who have traveled from the spooky town of Sleepy Hollow to help on a murder case of a young woman whose body is found on top of a 18th century military general’s headless body. The new foursome must figure out how to work together to discover who the 200-year-old headless corpse is and how the two murders are linked. Meanwhile, Booth and Brennan come up with the ultimate Halloween pranks to play on each other. Crossover episode with Sleepy Hollow Season 3, Episode 5.

S11 E6 • Politiquement incorrect

Pendant leur tournée, deux éboueurs retrouvent un corps dans les poubelles, qui s'avère être celui d'un sénateur tout juste élu. L'affaire est très sensible pour le FBI et Caroline Julian demande toutes les précautions, demandant à éviter que Brennan s'adresse aux politiciens et que les antécédents de tous soient vérifiés.

S11 E7 • Un tour de passe-passe

Les restes d'une magicienne spécialiste des tours d'évasion sont retrouvés dans une forêt. Le Jeffersonian doit éclaircir les circonstances de sa mort, l'occasion pour Brennan de questionner son cartésianisme et d'accepter des mythes populaires comme la petite souris.

S11 E8 • Big Brother

Le corps d'une journaliste de renom est retrouvé dans le bassin d'un terrain de golf. La victime était au cœur d'une affaire de lanceur d'alerte ayant révélé des documents secrets de la NSA, les soupçons se tournent donc aussitôt vers l’agence.

S11 E9 • Chapeau de cowboy et bottes de cuir

Le corps d'un comptable est retrouvé vêtu d'une tenue cow-boy. La victime était un champion de tir d'un concours dans le style Far West et Booth et Brennan décident de partir en infiltration, mais Bones a remarqué la tendance récente de Booth à prendre des risques inconsidérés. Angela et Hodgins se retrouvent à garder les enfants du couple, ce qui leur fait penser à leur propre famille. La liaison de Camille est découverte.

S11 E10 • Réactions en chaîne

L'équipe enquête sur le meurtre d'un officier de police qui va choquer le Jeffersonian et le FBI. L'analyste comportementale, Leslie Green, est assigné pour travailler avec Booth sur cette enquête et donne ses évaluations personnelles sur qui pourrait être le meurtrieur. Pendant ce temps, Cam doit prendre des décisions importantes dans sa vie personnelle et l'équipe entière doit faire le point pour comprendre ce qui est vraiment important pour eux.

S11 E11 • Défense de tuer

Hodgins sort de huit semaines de rééducation et peut sortir de l'hôpital, mais il est encore en fauteuil roulant et son médecin est pessimiste. Il refuse cependant d'abandonner le travail et tient à participer à l’enquête sur la mort d'une avocate connue pour défendre les criminels pauvres.

S11 E12 • Un monde d'hommes

Le corps d'un homme a été retrouvé carbonisé dans sa voiture et le Jeffersonian est chargé de l’identifier. Il s'agit d'un homme reconverti dans le masculinisme après un mariage houleux. La mauvaise humeur de Hodgins, dont l'état de santé ne s'améliore pas, devient vite un souci pour Camille et Angela.

S11 E13 • Le monstre dans le placard

Fatigués de leurs nuits où ils doivent s'occuper de Christine qui fait des cauchemars, Booth et Brennan se retrouvent en plus face à une affaire étrange : les restes d'une femme ont été retrouvés dans un parc, mais le corps a subi plusieurs transformations et a été conservé durant des mois avant d'être découvert.

S11 E14 • Une seconde chance

Alors qu'une affaire autour du corps d'une ex-délinquante occupe le Jeffersonian, l'équipe est préoccupée : Brennan est auditionnée par le FBI pour avoir frappé un suspect, le couple Hodgins et Angela ne fonctionne plus alors que la relation entre Jessica et Aubrey commence très mal.

S11 E15 • Le nettoyeur nettoyé

Le corps d'un détective privé connu pour être un fixer est retrouvé piégé dans une rivière gelée. Parmi les dossiers de ses ennemis, Aubrey trouve celui de son père, et sa réaction fascine la psychologue du FBI Karen Delfs. Au Jeffersonian, Hodgins essaie de se faire pardonner d'Angela et Brennan fait un pari avec son interne sur le bulletin scolaire de Christine qu'il pense falsifié.

S11 E16 • Casser la voix

Un corps est retrouvé dévoré par des rats de laboratoire sur le campus d'une université. La victime était à la tête du groupe de chant a cappella et semblait préparer un coup majeur. La nouvelle interne engagée par le Jeffersonian est pleine de bonne volonté mais assez maladroite.

S11 E17 • Au service du Président

Le corps d'un agent des services secret est retrouvé mort dans les bois, rongé par l'acide. Alors que Bones, malade, reste alitée, elle est remplacée par le Dr Colin Fisher mandaté par les services secrets. Une course contre la montre s'en suit, afin de débusquer le coupable avant la visite du président des États-Unis.

S11 E18 • Enquête exclusive !

Le partenariat entre le FBI et le Jeffersonian fait l'objet d'un documentaire, se focalisant notamment sur le couple Booth-Brennan, autant professionnel qu'intime. Le tournage les suit sur l'enquête autour de la mort d'un livreur de pizzas dont le corps a été retrouvé 10 ans après sa disparition dans une déchetterie.

S11 E19 • Hockey corral

Le corps d'un hockeyeur star est retrouvé flottant dans une rivière, décapité par deux badauds avec leur hors-bord. Le Jeffersonian commence à rechercher la tête manquante pendant que Booth replonge dans le sport qu'il affectionne. Booth et Brennan essaient de faire du ménage dans leurs affaires mais ne parviennent pas à se détacher de tout.

S11 E20 • Mystère en Alaska

Le corps d'un milliardaire disparu lors d'une expédition près du cercle polaire a été retrouvé 15 ans plus tard. L'équipe du Jeffersonian est chargée de l’identification et découvre qu'il est mort assassiné : les quatre survivants de l'équipe, dont Clark Edison, sont considérés comme suspects. Camille reçoit une visite de sa sœur Felicia, surexcitée à l’idée d'organiser le mariage de sa sœur.

S11 E21 • Les Joyaux de la discorde

Le Jeffersonian est chargé d'analyser le corps d'une femme retrouvé dans une benne à verre ; un inspecteur français l'identifie comme la femme d'un noble devenu cambrioleur international et il est persuadé qu'il est le tueur. Aubrey se charge de l'enquête, poussant Booth à s'occuper de sa vue qui baisse. Au laboratoire, des objets se mettent à bouger autour de Hodgins.

S11 E22 • Le Pire Cauchemar

Une nouvelle victime du Marionnettiste a été retrouvée et les premiers indices montrent que le tueur a tout fait pour qu'elle ressemble au Dr Brennan. Obsédée par l’affaire, Brennan commence à avoir des cauchemars troublants qui selon un psychiatre seraient un indice vers le tueur.