S3 E1 • Illuminati

En examinant un crâne marqué par des dents humaines, l'équipe de l'Institut Jefferson met à jour une organisation secrète suspectée de cannibalisme. L'enquête nébuleuse mène Booth et Brennan sur les traces des illuminati. Pour épouser Hodgins, Angela engage un détective pour retrouver son premier mari...

S3 E2 • La relève

Un mini-van explose à proximité d'une aire de repos, tuant la mère de famille qui était au volant. Booth et Brennan arrivent sur les lieux du drame et discutent de Caroline Julian, qui a eu beaucoup de mal à obtenir un droit de visite pour Brennan, à la prison où son père purge sa peine... Des résidus explosifs retrouvés sur le van et des fragments métalliques dans les buissons suggèrent qu'une bombe a causé l'explosion. Brennan examine les restes humains et trouve un pendentif avec la photo d'une petite fille dans son uniforme d'école. Booth et Brennan se demandent pourquoi quelqu'un voudrait tuer une mère de famille...

S3 E3 • Monsieur Ed

Dans les bois, un jeune campeur de 11 ans trouve le corps décomposé d'un homme, auquel il manque les pieds et dont les bras sont attachés ; l'équipe va mener son enquête. L'autopsie mène Brennan et Booth à diriger leur enquête vers un pavillon en Virginie, utilisé pour des pratiques sado-maso... C'est au cours de ces soirées que des femmes jouent au jockey avec des hommes qui se prennent pour leurs chevaux...

S3 E4 • Partenaires

Le corps d'un fermier est retrouvé : les premiers soupçons se portent aussitôt sur les autres fermiers qu'il tentait d'expulser de leurs terres. Mais c'est sans prendre en compte la vie adultère qu'il menait parallèlement.

S3 E5 • Super héros

Une momie est découverte par un enfant dans un labyrinthe le jour d'Halloween. Booth et Brennan se rendent compte au fil de leurs recherches qu'il s'agit du cadavre d'un serial killer.

S3 E6 • Un meurtrier parmi nous

Des employés du Jefferson retrouvent un cadavre calciné dans l'incinérateur de l'institut. Booth et Brennan doivent découvrir l'identité du tueur au plus vite car il s'agit visiblement de l'un des leurs.

S3 E7 • Retour vers le futur

Une capsule "témoin", devant servir de document historique, enterrée par la promotion 1987 d'un lycée est déterrée par un groupe d'anciens élèves. Ceux-ci sont très choqués lorsqu'ils trouvent à l'intérieur le corps d'un ancien camarade ! Booth et Brennan découvrent que la victime était un élève isolé, aussi décident-ils de fouiller dans le passé de la victime pour tenter de trouver son assassin.

S3 E8 • Gormogon

Le corps d'un archevêque est retrouvé sur un chantier par des ouvriers. Ses rotules ont été enlevées de façon chirurgicale, ce qui incite l'équipe à revenir à l'affaire du Fils de la Veuve.

S3 E9 • La magie de Noël

C'est la période de Noël et deux "Elfes" découvrent le corps décomposé d'un homme dans les égouts. La victime s'appelait Kristopher Kringle, un homme estimé dans sa profession... Parallèlement, l'équipe s'apprête à fêter Noël et Temperance Brennan souhaiterait se retrouver en famille avec son père... Booth, quant à lui, est de très mauvaise humeur car pour la première fois, il ne passera pas les fêtes de fin d'année avec son fils.

S3 E10 • A toute vitesse

Un jeune couple découvre les restes d'un squelette dans une mare de boue chaude située en pleine forêt. Après étude, il s'avère que la victime présente de nombreuses fractures... Tandis que leur enquête les mène à s'intéresser de près à un rallye de motos, Brennan et Booth sont invités par le docteur Sweets à passer une soirée dans un cours de sculpture, où il sera également présent en compagnie de sa petite amie April.

S3 E11 • L'esprit d'équipe

Un joueur de basketball universitaire est retrouvé mort sous les gradins du terrain. Le malheureux a été écrasé. Brennan et Booth procèdent à l'interrogatoire d'un grand nombre de suspects allant de sa soeur à son entraîneur, en passant par sa petite amie et un joueur moins talentueux, ayant tiré profit de sa disparition. C'est également l'occasion pour Booth de rencontrer un ancien joueur qu'il admire, reconverti en flic chargé de la sécurité du campus.

S3 E12 • Lorsque l'enfant parait

Une femme est retrouvée morte dans sa voiture, son corps partiellement brûlé. Bien que le véhicule ait quitté la route, le bébé de la victime est retrouvé miraculeusement vivant, non loin de là. Brennan et Booth, chargés de l'enquête, deviennent donc responsables du nourrisson temporairement, tout en recherchant l'assassin dans la petite ville, où vivait la mère.

S3 E13 • La raison et le coeur

Toute l'équipe du Jeffersonian est convoquée à la barre lors du procès de Max Keenan pour le meurtre de Kirby, un agent du FBI. Seule Angela refuse de s'y rendre, par amitié pour Brennan et risque de devoir faire face à de lourdes conséquences... Brennan est nommée conseillère scientifique à la défense et s'efforce de prouver l'innocence de son père, ou du moins semer suffisamment le doute dans l'esprit des jurés.

S3 E14 • Mélodie pour un meurtre

Le cadavre du jeune chanteur Tommy Sour est retrouvé : il a été décapité et tous ses os sont fracturés. Brennan et Booth enquêtent auprès de son voisin et dans le restaurant où il se produisait souvent. Le nombre des suspects est particulièrement important, vu le nombre de candidats à un concours de chant, où ils espéraient tous se faire remarquer par un agent. L'une des fans de Tommy, bouleversée par sa mort, reporte son affection sur l'agent Booth. Celui-ci y prête peu d'attention malgré les avertissements de Sweets.

S3 E15 • L'apprenti

Le serial killer Gormogon fait de nouveau parler de lui. Le squelette en argent disparaît du coffre du Jeffersonian Institute. Suite à une explosion, Zack se retrouve à l'hôpital. La possibilité que le tueur en série ait un complice commence à voir le jour, tous les employés du Jeffersonian deviennent des suspects potentiels...