S2 E1 • Nouvelle donne

Pour mieux affronter les prochaines attaques, Jérémie a fabriqué des véhicules à ses amis sur Lyoko, mais, en rétorsion, XANA crée un nouveau monstre : la Tarentule, nommée ainsi par Odd. Jérémie a aussi profité de son temps libre pour programmer un Super Scan, un détecteur de tours contrôlées par XANA plus puissant que l'ancienne version. En résumé, Aelita n'est plus obligée de rester constamment sur Lyoko, et elle peut maintenant vivre sur Terre. Elle est même inscrite au collège avec l'aide de Odd, qui fait croire au proviseur qu'elle est sa cousine canadienne. Mais voilà que Aelita a des visions. Guidée par la peur et l'instinct, elle se retrouve dans une étrange maison abandonnée nommée l'Ermitage. Alerté par Jérémie, Odd, Yumi et Ulrich, guidés par Kiwi retrouvent Aelita. Yumi et Ulrich se retrouvent alors coincés dans une pièce où la chaleur monte, sous l'effet d'une attaque de XANA, Odd et Aelita partent sur Lyoko désactiver la tour...

S2 E2 • Terre inconnue

Aelita, ne pouvant plus supporter d'être si seule au collège, décide de se virtualiser sur Lyoko. Une fois arrivée, elle se fait enlever par surprise par un transporteur qui l'emmène dans un territoire inexploré. Cherchant un moyen de la retrouver, Jérémie détecte un faible signal qui lui fait découvrir le cinquième territoire de Lyoko. Pendant ce temps, une Méduse créée par XANA tente de voler la mémoire d'Aelita. Ses amis doivent aller dans le territoire inconnu pour la sauver...

S2 E3 • Exploration

Nos héros veulent explorer le cinquième territoire de Lyoko pour tenter de découvrir de nouveaux renseignements. Mais ils sont contraints par un chronomètre de trois minutes qui, arrivé à terme, reconfigure tous les murs et chemins s'ils n'activent pas à temps un interrupteur. Réussissant à passer cette épreuve, nos héros accèdent à une interface de contrôle. Aelita, en farfouillant dedans, découvre que le cinquième territoire est l'antre de X.A.N.A.

S2 E4 • Un grand jour

Un soir, à l'heure d'aller se coucher, Sissi enregistre une conversation dans le couloir entre Jérémie et Aelita où celle-ci lui parle de sa peur que l'on découvre qu'elle est virtuelle. Le lendemain, elle menace de tout dévoiler à son père, qui est le proviseur de Kadic, si Ulrich ne se met pas à sa merci. Soudain, XANA passe à l'action en prenant contrôle du retour vers le passé... Jérémie découvre, lors d'un troisième retour dans le temps, que XANA devient de plus en plus fort à chaque retour vers le passé, et qu'il peut désormais prendre possession de n'importe quel être humain, Sissi en étant la première victime...

S2 E5 • Mister Pück

Aelita n'arrête pas de refaire le même cauchemar chaque nuit. Elle vient en parler à Jérémie qui lui propose de retourner explorer la maison abandonnée nommée l'Ermitage. Nos héros trouvent une poupée du nom de Monsieur Pück qui est apparemment dans les cauchemars d'Aelita depuis qu'elle est sur Terre. Plus tard, lors d'un chahut dans la classe, ils trouvent une clé cachée tombant de la poupée qui ouvre un casier de consigne de gare, et y trouvent des CD-ROM cryptés contenant le journal de la vie de Franz Hopper. Mais, un peu plus tard, XANA active une tour pour prendre possession de Jérémie, lui faisant détruire tous les cédéroms et attaquer ses amis. Odd, Ulrich, Aelita et Yumi ne pourront compter que sur eux-mêmes pour tenter de désactiver la tour. Après que Jérémie n'est plus sous le contrôle de XANA, Yumi lui dit que la réponse du fait que Jérémie peut être sous le contrôle de XANA est claire: Jéremie n'est pas un lyoko-guerrier !

S2 E6 • Saint Valentin

Aelita reçoit un beau matin de 14 Février un cadeau anonyme devant sa porte. Apporté par un mystérieux inconnu possédé par XANA. Elle en parle à Yumi, qui présume que c'est Jérémie qui le lui a offert pour la Saint Valentin. Elle court donc remercier Jérémie qui, pour ne pas la décevoir, fait semblant d'être bel et bien l'expéditeur. Il demande, lors du cours d'histoire, à Ulrich et Odd si ce sont eux qui ont fait ce cadeau. Odd répond qu'Aelita est censée être sa cousine, Jérémie insiste, ayant du mal à le croire, et se met à piquer une grosse crise de jalousie, perturbant ainsi le cours d'histoire. Odd et Jérémie se retrouvent donc chez le proviseur. Pendant la récréation, Aelita se sent mal à l'aise et s'en va boire un peu d'eau, quand, soudain le collier de XANA se met à prendre le contrôle de la conscience d'Aelita. De retour en classe, elle insiste auprès de Jérémie pour aller explorer seule le cinquième territoire de Lyoko en prétextant savoir où pourraient se trouver les codes sources qui permettraient à Jérémie de fabriquer l'antivirus. Jérémie refuse dans un premier temps en lui disant que c'est trop dangereux d'y aller seul. Un peu plus tard, Jérémie, sous la pression conjointe d'Aelita et de Yumi, cède. Une fois arrivée sur Lyoko, Aelita fausse compagnie à Yumi et fonce avec un Overboard en direction du territoire Banquise pour se faire voler sa mémoire par la Méduse. Commence alors une infernale course-poursuite pour Yumi, qui va devoir tenter d'arrêter Aelita avant qu'il ne soit trop tard...

S2 E7 • Mix final

Aelita, aidant William à réparer la table de mixage à platines de disques pour la soirée DJ organisée, s'essaye au mixage. William découvre qu'Aelita est assez douée pour être disc jockey. Il lui propose alors d'animer la soirée techno : Aelita accepte. Plus tard, après les examens partiels des élèves, XANA prend possession de Jim qui, pendant la soirée de la fête, envoie un court-circuit via le disjoncteur du gymnase en direction de la table de mixage, ce qui électrise alors Aelita. Jim, possédé par XANA, kidnappe Aelita et la virtualise sur Lyoko pour que la Méduse puisse tenter de lui voler sa mémoire...

S2 E8 • Chaînon manquant

Yumi, Ulrich, Odd et Aelita se retrouvent dans le territoire de la forêt pour aller faire une excursion sur le cinquième territoire, mais la Méduse vole l'A.D.N. virtualisé de Yumi, ce qui l'empêche de se faire rematérialiser sur Terre. Et comme c'est le jour de la photo de classe, Odd et Ulrich vont devoir tout mettre en œuvre pour tenter de la remplacer sous peine qu'elle se fasse exclure. Aelita a alors une idée : transférer son A.D.N. à Yumi pour lui permettre de revenir sur Terre. Jérémie, en désaccord avec cette suggestion, tente de dissuader Aelita de commettre cette erreur, mais elle refuse de l'écouter en coupant la communication. Ce qu'elle ne sait pas, et ce que Jérémie tentait de lui dire, c'est que cela risque de donner un accès libre à XANA sur sa mémoire. Jérémie rappelle alors Odd et Ulrich pour leur faire porter le message d'avertissement à Aelita sur Lyoko. Réussissant à avertir Aelita, cette dernière arrête le transfert d'A.D.N.. Mais à ce moment-là vint une idée à Jérémie : ils doivent aller dans le cinquième territoire pour récupérer l'A.D.N. de Yumi. Mais XANA compte bien les empêcher de réussir dans leur mission...

S2 E9 • Les jeux sont faits

Le père de Yumi s'est fait licencier de son travail, ce qui risque de l'obliger, lui et sa famille, à retourner au Japon, leur pays d'origine. Si ce projet venait à se concrétiser, Yumi ne pourrait plus rester à Kadic pour aider ses amis à combattre XANA. Plus tard dans la soirée, Ulrich, étant en train d'écrire une lettre au président tout en écoutant la radio dans sa chambre, entend les résultats de la Loterie Nationale, ce qui lui donne une idée : il note les numéros gagnants sur un bout de papier et file en douce à l'usine pour déclencher un retour vers le passé. De retour dans le matin de la même journée, Ulrich fait valider un ticket de loterie dans un kiosque à journaux et s'en va sonner à la porte des parents de Yumi pour leur donner ledit ticket, gagnant. Pendant ce temps, Jérémie, Yumi, Aelita et Odd s'interrogent sur la façon dont le retour dans le passé a pu se produire alors que XANA n'y est pour rien, et que Jérémie avait créé un logiciel pour en bloquer le processus. (Voir l'épisode Un grand jour.) Jérémie soupçonne alors Ulrich et le bannit de leur bande, car chaque usage du retour dans le passé renforce la puissance de calculs et de connaissances de XANA...

S2 E10 • Marabounta

Après un cours de Mme Hertz sur la vie sociale des fourmis et après une question de Sissi sur les fourmis tueuses d'humains, Jérémie a alors une idée qu'il tente de partager avec ses amis. Ces derniers, fatigués d'avoir suivi pendant deux heures le cours de Mme Hertz, l'interrompent par l'intermédiaire d'Odd qui lui dit qu'il a des choses plus importantes à faire. Yumi, Ulrich et Aelita lui en disant autant, Jérémie prend alors l'initiative de développer seul un logiciel à l'usine, sur le modèle des fourmis tueuses. Il nomme sa création la Marabounta. Un peu plus tard, il propose à Aelita et Odd de venir sur Lyoko pour tester et observer sa création. Ces derniers acceptent et se font virtualiser sur Lyoko. Mais la Marabounta commence alors à échapper au contrôle de Jérémie et s'en prend à Aelita, en croyant qu'il s'agit d'une créature de XANA, à cause du virus que ce dernier lui a implanté. Odd la défendant, la Marabounta se met à recouvrir tout le territoire. XANA vient alors étonnamment en aide à nos héros, car lui non plus ne veut pas perdre Aelita...

S2 E11 • Intérêt commun

Le supercalculateur a un énorme problème : sa pile nucléaire à l'uranium arrive en fin de vie. Résultat, Aelita, liée à XANA, fait des arrêts cardiaques pendant que Lyoko s'efface. XANA prend alors possession de Pierre Nanquin, un détenu dangereux en cours de transfert vers sa prison pour voler une barre d'uranium de remplacement. Jérémie doit alors aider XANA à sauver le supercalculateur tout en échappant à l'homme « xanatifié »...

S2 E12 • Tentation

Depuis quelque temps, Jérémie agit de plus en plus bizarrement. En effet, il insiste pour recourir aux retours dans le temps contre l’avis de ses amis qui connaissent le danger que cela représente : XANA augmente sa puissance à chaque retour dans le passé. Après enquête, les héros découvrent que, tenté par XANA, Jérémie a utilisé les notes de Franz Hopper pour construire une machine qui utilise les retours dans le temps pour décupler son potentiel intellectuel. Mais le procédé met la santé de Jérémie en péril, et ses amis essaient donc de l’aider à sortir de cette obsession...

S2 E13 • Mauvaise conduite

Ce jour-là, au collège Kadic, les élèves de 4e et 3e sont en apprentissage du « code de la route ». Objectif : familiariser les adolescents avec les règles de la conduite. Ulrich et William, qui veulent briller aux yeux de Yumi, sont à couteaux tirés. Pendant ce temps, XANA a lancé une nouvelle attaque. Pour venir à bout de ses ennemis, il a réussi à matérialiser trois Krabes dans le monde réel. La lutte pour contrer XANA va être rude et obligera Ulrich et William à faire équipe...

S2 E14 • Contagion

Un matin, un des spectres de XANA s'attaque à Kiwi, le chien de Odd. Celui-ci répand un virus contagieux en mordant les élèves du collège Kadic, qui se transforment alors en zombies. Le groupe doit rejoindre Lyoko sans se faire zombifier à leur tour...

S2 E15 • Ultimatum

Jérémie invente une bombe EMP capable, par impulsion électro-magnétique, de détruire les individus possédés par XANA. Mais une tour a été activée sur Lyoko, et Jérémie, Aelita et Ulrich sont néanmoins contraints de se rendre en cours par Jim. Malheureusement, voilà que Yumi et Odd se font enlever par le proviseur, possédé par XANA. William, qui a assisté, impuissant, à la scène, alerte l'école entière de l'agression. Jérémie reçoit en cours un message de XANA exigeant Aelita en échange de leurs deux amis...

S2 E16 • Désordre

Après une mission sur Lyoko, nos héros se rematérialisent dans les scanners. Problème : un dysfonctionnement du programme a échangé les personnalités de Yumi et Odd. Les deux amis sont obligés de s'adapter tant bien que mal à un corps qui n'est pas le leur, sous l'œil amusé du reste de la bande. Mais l'incident prend des proportions plus graves lorsque nos héros se rendent compte que les structures atomiques de Yumi et Odd sont instables et que tous deux risquent la désintégration définitive...

S2 E17 • Mon meilleur ennemi

Au collège, c'est la zizanie amoureuse, et Jérémie va même jusqu'à se disputer avec Aelita. Ne comprenant pas ce qui arrive à son ami, elle s'enfuit à l'Ermitage. Mais elle y est rejointe par Jérémie qui en profite pour se réconcilier avec elle, et même l'embrasser. Mais quand Jérémie l'accompagne hors de l'Ermitage ce sont Odd, Ulrich, Yumi et... Jérémie qui l'attendent. Le Jérémie en face d'elle lui explique que l'autre Jérémie est un clone polymorphe. XANA capture alors Aelita, et essaye de l'emmener de force à l'usine. Sur Lyoko Yumi est dévirtualisée, tandis que le clone arrive à l'usine...

S2 E18 • Vertige

Ulrich est sujet au vertige, ce qu'il n'a jamais avoué aux autres. Durant un concours d'escalade, il se fait ridiculiser sous les yeux de Yumi par William. Par ailleurs, lors de leur précédente mission dans Carthage, les Lyoko-guerriers ont récupéré des données qui ont permis à Jérémie de libérer Aelita de XANA. Mais le programme bugue, et Aelita devient invisible. Presque aussitôt, XANA attaque en prenant le contrôle des loups de la forêt...

S2 E19 • Guerre froide

J.T, éminent journaliste, vient au collège où il est admiré par tous les élèves. Il cherche les élèves dont la moyenne est en dessous de 8/20. Seul Odd semble être dans ce cas. Mais le Superscan sonne; et une tour s'active dans la montagne. Alors qu'Aelita entre dans la tour, elle se désactive d'elle-même. Une nouvelle tour fait pareil dans la banquise. Du coup, Jérémie inspecte le Supercalculateur avec Aelita, mais XANA lance alors une vraie attaque en faisant tomber la température en dessous de -20 °C...

S2 E20 • Empreintes

Aelita a de nouveau des visions d'elle et de Franz Hopper. Elle en informe Jérémie, qui pense que XANA y est pour quelque chose. La classe de Jérémie va à la piscine où Aelita a de nouveau de nouvelles visions. Elle part alors à l'Ermitage, où les visions continuent. Jérémie se rend compte qu'une tour est activée. Les héros partent sur Lyoko, mais Aelita se rend à l'extrémité du territoire, et va dans le 5eterritoire où l'attend la Méduse...

S2 E21 • Au meilleur de sa forme

C'est la visite médicale au collège et XANA en profite pour prendre le contrôle de Yolande, l'infirmière. Elle kidnappe Aelita et l'emmène à l'usine. Ulrich essaie de l'intercepter alors que Jérémie pixellise Odd en activant une tour à son profit, afin qu'il puisse être de taille à affronter Yolande. Mais XANA essaie de prendre le contrôle de la tour de Jérémie. Aelita a alors deux choses à faire : sauver Odd, et arrêter Yolande qui va s'en prendre à Jérémie...

S2 E22 • Esprit frappeur

Après avoir lu dans le journal du collège une rumeur qui affirme que la chaufferie serait hantée, Sissi invite Ulrich à un rituel pour invoquer l'esprit du mort. Mais XANA fait planter le Superscan et active une tour sur Lyoko. Quand Sissi commence l'invocation, XANA fait apparaître un spectre qui commence à s'en prendre à Ulrich. Plus tard, à l'usine, Odd part inspecter les territoires pendant que Aelita et Yumi vont déboguer le Superscan depuis le 5eterritoire. Mais ce n'est pas facile avec une clé piégée...

S2 E23 • Franz Hopper

Alors que Yumi dort, Jérémie l'appelle en lui disant que XANA a activé 5 tours en même temps. Mais lorsqu'ils arrivent au labo, une surprise de taille les attend : Franz Hopper assis aux commandes en train de désactiver les tours. Il explique aux Lyoko-Guerriers qu'il a réussi à s'échapper de Lyoko. Mais le lendemain, il décide de désactiver le Supercalculateur. Jérémie lui explique alors que XANA a transmis un virus à Aelita, et que, si le Supercalculateur est éteint, Aelita meurt avec. Mais, à la fin de l'épisode, les intentions de Hopper deviennent évidentes : il a été créé par XANA dans le but de livrer Aelita à la Méduse...

S2 E24 • Contact

Sissi se met à agir bizarrement, comme possédée. Une tour est activée sur Lyoko, mais les signes indiquent que X.A.N.A. n'est pas à l'origine du mal. M. Delmas envoie sa fille à l'hôpital. X.A.N.A. prend alors le contrôle d'une médecin, et tente de se débarrasser de Sissi. Secourue par le groupe qui l'emmènent à l'usine, elle n'aura que le temps de fournir des données cryptées à Jérémie avant que la tour sur Lyoko ne soit déconnectée par des Mégatanks. Les héros découvriront par la suite que c'est Franz Hopper qui a tenté de les contacter, et qu'il souhaite leur venir en aide contre X.A.N.A.

S2 E25 • Révélation

Jérémie a décidé d'activer une tour pour décrypter le journal de Hopper. Mais XANA crée un clone polymorphe à l'effigie de Odd. Le clone est virtualisé à la place de ce dernier, qui est enfermé à l'Ermitage sous une plaque d'égout qui s'inonde rapidement. Tandis que, sur Lyoko, XANA essaye de s'emparer de la tour que Jérémie a activée afin d'accéder à la partie sécurisée du Supercalculateur, où Jérémie a installé tous ses programmes. Heureusement, Franz Hopper réagira juste à temps pour sauver la tour...

S2 E26 • Réminiscence

Jérémie a enfin découvert comment libérer Aelita de XANA. Celui-ci ne lui a pas transmis de virus, mais lui a volé un fragment d'elle. Jéremie croit l'avoir trouvé dans le 5e territoire. Mais Aelita n'est pas de cet avis, et elle tente d'arrêter le Supercalculateur, pour mettre un terme à sa vie. Jérémie arrive à temps pour rallumer le Supercalculateur et sauver Aelita. Malheureusement, le fragment s'avère être un leurre, et, tout a coup, la salle où se trouve le fragment s'écroule, ce qui entraîne la dévirtualisation des Lyoko-guerrierrs. Il n'y a plus rien à faire : Aelita est seule, et la Méduse a tout son temps pour lui voler sa mémoire. XANA est désormais libre du supercalculateur, et Lyoko va être détruit. Seule lueur d'espoir pour les héros : Franz Hopper sauve finalement sa fille, et fait revivre Lyoko.