S3 E1 • Droit au cœur

Au retour des vacances d'été, qui ont été étrangement calmes, les héros sont confrontés à trois nouveaux problèmes : Odd n'est pas dans la même classe que les autres, XANA revient en force, et il attaque dans le 5e territoire. Pour aller dans la même classe que ses camarades, Odd décide de faire chanter Jim, en lui disant qu'il va montrer un film de disco, dont le surveillant est l'acteur. Jim reste quand même sévère avec Odd. Jérémie découvre alors que XANA attaque dans une nouvelle salle du 5e territoire, et que cette salle abrite le cœur du monde virtuel...

S3 E2 • Lyoko moins un

C'est l'élection des délégués de classe. Jérémie, qui pense n'être en rivalité qu'avec Hervé, est confronté à Odd, qui veut recruter tous les élèves de sa catégorie (les cancres). Mais XANA se réveille et prend possession de tous les élèves et professeurs du bus où se trouve Yumi. Ulrich part l'aider dans la forêt avec William. Mais alors qu'Odd affronte les Tarentules, la Méduse revient et attaque Aelita. Après quoi, la Méduse lui implate un virus qui Xanatifie temporairement l'elfe virtuel. Sous le contrôle de XANA, elle rentre dans la tour du passage de la forêt et entre un nouveau code : Code XANA. L'effet est immédiat : le territoire disparaît, et Jérémie a juste le temps de sauver les autres de la mer numérique. Les héros comprennent alors que XANA veut détruire tous les territoires de surface pour empêcher l'accès au 5e territoire...

S3 E3 • Raz de marée

C'est la journée « mangez équilibré » au collège Kadic. Du coup, Odd ne mange pas à sa faim et décide d'entrer en douce dans le réfectoire. Mais il croise Jim qui a la même intention. Mais alors que Ulrich arrive, XANA prend le contrôle de tous les aliments du réfectoire, et s'en sert pour créer un immense monstre de nourriture. Sur Lyoko, XANA fait monter la mer numérique afin d'inonder Lyoko. Aelita et Odd se retrouvent alors seuls sur le 5eterritoire pour empêcher XANA de détruire le cœur de Lyoko. Odd doit même y aller seul car Aelita doit trouver le moyen de faire descendre la mer numérique...

S3 E4 • Fausse piste

Jérémie s'est introduit par erreur dans un système ultra sécurisé, et deux agents ont découvert que des documents top secret avaient disparus. Ils débarquent alors au collège où ils demandent l'aide de Jim. Mais XANA se montre sur un territoire... Du coup, Jérémie est un peu désorienté, et les deux agents arrivent à l'usine et emmènent Jérémie au collège. L'un d'entre eux est resté à l'usine pour voir ce qu'était le Supercalculateur. XANA attaque alors pour de bon, et prend le contrôle des deux agents. Celui présent à l'usine essaye alors de détruire le Supercalculateur, ce qui fait boguer tout Lyoko. Résultat, Odd, Yumi et Aelita sont coincés sur une moyenne plate-forme pour affronter trois Mégatanks...

S3 E5 • Aelita

Aelita a de nouveau des visions de son enfance. Elle demande alors à Jérémie s'il y a un moyen de ramener son père sur Terre. Jérémie, absorbé par ses recherches, déclare que c'est impossible. Aelita, qui est déçue et têtue, décide alors de se rendre dans Carthage pour retrouver la trace de son père. Mais, alors que Odd se rend avec elle sur Lyoko, XANA active une tour dans le territoire des montagnes. Jérémie, Yumi et Ulrich se rendent au labo. Tandis que Ulrich et Yumi affrontent les monstres, Odd active la clé de Carthage, ce qui se voit dans l'holosphère. Jérémie leur ordonne de revenir dans le territoire des montagnes, mais ils découvrent que la tour n'est qu'une diversion : XANA attaque le cœur de Lyoko...

S3 E6 • Le prétendant

Ulrich et Odd aiment se vanter chacun avec leur scores sur Lyoko. Jérémie a donc mis au point un nouveau programme qui va permettre d'enregistrer les statistiques d'un combat sur Lyoko. Il décide d'appeler ceci Lyoko Stat. Johnny, l'ami d'Hiroki demande à Ulrich des conseils pour que Yumi s'intéresse à lui. Ulrich, jaloux, lui répond de tourner autour d'elle, alors que Yumi déteste les pots de colle. XANA active une tour et prend le contrôle des corbeaux. Ceux-ci blessent gravement Yumi. Jérémie active son programme Lyoko Stat et virtualise ses amis dans le Territoire du Désert. Aelita désactive la tour, mais trop tard, car les corbeaux avaient attaqué et assommé Jérémie pour l'empêcher de lancer un retour vers la passé et de sauver Yumi. De plus, Ulrich et Odd sont aveuglés par les Lyoko Stats. Aelita est la seule personne à se battre correctement, mais elle se fait attaquer par la Méduse. Les choses vont très mal : Yumi est blessée, Jérémie est inconscient, des Frôlions attaquent les Lyoko-Guerriers sur Lyoko, Aelita se fait capturer par la Méduse, Odd se fait dévirtualiser, Ulrich perd son sabre et Aelita se fait posséder par XANA et Ulrich ne peut faire que compter sur Odd qui n'arrive pas à programmer un sabre... Une Manta emmène Aelita vers la tour de passage. Ulrich et Odd devront tout faire pour sauver Yumi, Jérémie, Aelita et surtout le Territoire du Désert...

S3 E7 • Le secret

XANA a activé une tour. Yumi sort de son sommeil pour aller aider ses amis, mais elle se fait renverser par William, ce dernier s'était enfui de Kadic pour aller au cinéma. Il lui demande où elle va. Quand Yumi arrive a l'usine après s'être débarrassé de William, la tour était déjà désactivée. Mais, en plein cours, XANA réactive une tour et prend le contrôle d'un ouvrier d'une société d'explosion pour détruire l'usine ... William découvre l'usine avec Yumi et doivent se battre contre l'ouvrier. La tour est désactivée, mais la Méduse s'en prend à Aelita puis la Xanatifie. William, Ulrich et Odd doivent trouver les bombes déposées par l'ouvrier lorsqu'il était sous le contrôle de XANA. Yumi doit aller dévirtualiser Aelita avant qu'elle n'entre le Code XANA et la destruction du Territoire de la Banquise ... Et les héros doivent sauver l'usine de l'explosion...

S3 E8 • Tarentule au plafond

Lors d'une bataille dans le 5ème territoire, 2 Mantas réunissent leur lasers et tirent sur Odd et Ulrich, mais ces derniers ne se dévirtualisent pas alors qu'ils leurs restaient un minimum de points de vie, à la grande surprise de Jérémie. Lors d'une répétition de théâtre, Odd se met à voir des Kankrelats, et Ulrich des Blocks. A cause du tir, Ulrich et Odd se croient dans Lyoko au collège, et au collège quand ils sont dans Lyoko. Pour corriger ce problème, ils doivent aller dans une tour de passage. Mais, au même moment, des monstres attaquent le coeur de Lyoko...

S3 E9 • Sabotage

Un matin, Jérémie constate que le Supercalculateur a été saboté par Michel Rouiller, le jardinier de Kadic, sous l'emprise de XANA. En conséquence, le Supercalculateur sera irrémédiablement détruit si Jérémie ne le répare pas rapidement ! Et c'est le moment que XANA choisit pour activer une tour ...

S3 E10 • Désincarnation

Jérémie pense avoir trouver le moyen de virtualiser ses amis directement dans le cinquième territoire. Ulrich est désigné pour tester le programme. Tout semble bien se passer… Mais, après quelques instants, Jérémie constate qu’Ulrich n’est pas apparu dans le 5ème territoire. Il a… disparu. L’ambiance est à la déprime. En fait, ce que Jérémie et les autres ne savent pas, c’est qu’Ulrich a perdu son enveloppe corporelle. Il n’est plus qu’un spectre, incapable de communiquer. Ce n’est qu’en prenant possession du corps de quelqu’un d’autre qu’Ulrich va être capable de communiquer avec ses amis et de leur dire qu’il a un souci. Informé et rassuré, Jérémie se lance dans la recherche du programme qui rendra à Ulrich sa forme humaine. Mais ce n’est pas si simple… surtout quand XANA décide de lancer une attaque en prime !

S3 E11 • Triple sot

Odd en ayant assez de ne pas avoir de pouvoir, Jérémie lui en crée un : la téléportation. Odd se rend tout de suite sur le territoire Montagne avec Aelita et l'essaie. Mais, au bout de la deuxième fois qu'il l'utilise, Odd constate qu'à chaque téléportation, il crée un clone de lui-même. Odd doit héberger 2 Odds avec lui au collège. De son côté, XANA crée un gaz qui permet de pétrifier tout le collège...

S3 E12 • Surmenage

Les héros sont épuisés. Leur emploi du temps de lutte contre XANA est surchargé… Du coup, côté collège, ils ne s’en sortent plus. Mauvaises notes, convocations chez le proviseur, avertissements… c’est la débâcle. Jérémie, Odd, Ulrich et Aelita suggèrent une nouvelle fois d’engager William dans la bande, mais Yumi s’y refuse catégoriquement. Il est trop tête brûlée ! Il serait un danger pour le groupe !… Xana en profite alors pour lancer une attaque particulièrement vicieuse. Les héros vont vivre une aventure éprouvante au dénouement dramatique. L’avis négatif de Yumi sur William va-t-il changer ?…

S3 E13 • Dernier round

Tous les Territoires de surface sont détruits, l'accès direct dans Carthage a été découvert et William fait désormais partie de la bande. De retour à Kadic, Jérémie, Ulrich et Odd sont bloqués dans le collège tandis que le frère de Yumi, Hiroki, empêche sa sœur de sortir. Seuls Aelita et William peuvent aller sur Lyoko défendre le cœur victime d'une nouvelle attaque. Mais William, novice, se fait capturer par la Méduse. Sous le contrôle de XANA, William est imbattable, il dévirtualise Aelita, Yumi, Ulrich et Odd qui viennent juste d'arriver. Sous les yeux impuissants du groupe, il détruit le cœur de Lyoko. Atterrés par la perte de William, de Lyoko, et par la même occasion de Franz Hopper, le groupe se réunit à l'Ermitage. C'est alors que Jérémie reçoit sur son ordinateur portable un message du Réseau, Franz Hopper est toujours vivant. William, toujours sous le contrôle de XANA, l'est également.