S2 E1 • Le jour J

Juste avant l'arrivée, Will travaillait au FBI. Il soupçonne son équipière, Devon, d'avoir touché des pots-de-vin et compte demander une mutation. Tous les agents sont appelés en urgence pour retrouver des personnes importantes qui ont disparu. Snyder est responsable des achats dans un lycée miteux et en instance de divorce. Deux hommes mystérieux, qui semblent tout savoir de lui, viennent lui proposer un poste prestigieux. Broussard vient de rentrer de mission. Il reçoit un appel lui demandant de rejoindre un lieu de rendez-vous avec tout son équipement. C'est alors que le courant est coupé dans toute la ville.

Première diffusion : 12 janvier 2017

S2 E2 • Charlie

Bram est en cours de transfert pour une destination encore inconnue. Affolée, Katie appelle Maddie à l'aide. Celle-ci convainc Nolan, non sans mal, d'intervenir. L'adolescent échappe à l'usine et il est envoyé dans un camp de travail géré par Snyder. Katie, qui espérait la libération pure et simple de Bram, va voir Nolan. Il lui fait comprendre qu'il ne fera rien de plus. Maddie est furieuse contre sa soeur. Malgré tout, les projets du couple se concrétisent : la cérémonie d'intégration de Maddie a lieu. Elle fait désormais partie de «l'élite» de la colonie. Dan Bennett, le nouveau chef du département de la sécurité intérieure, a des doutes sur la loyauté de Jennifer.

Première diffusion : 19 janvier 2017

S2 E3 • Les yeux vers le ciel

Will demande à Devon de leur présenter un passeur pour retourner dans le secteur de Los Angeles. L'homme exige un paiement exorbitant pour leur faire franchir le mur à l'aide d'une corde. Lors de l'ascension, un drone les repère et élimine Devon, le passeur et un autre homme, mais épargne Will et son fils. Katie s'inquiète de voir le prosélytisme des raps avoir un effet sur sa fille. Elle se rend à un groupe de discussion interreligieux puis montre à Grace que d'autres croyances existent. Jennifer met la pression à Katie : livrer Broussard ou risquer d'être elle-même arrêtée.

Première diffusion : 26 janvier 2017

S2 E4 • Haute surveillance

Récemment nommée gouverneure générale, Helena plaide la cause du secteur de Los Angeles devant un parterre de représentants mondiaux des colonies. Elle obtient gain de cause en promettant une mise sous surveillance totale du secteur. Will, qui est rentré avec Charlie, est effondré lorsqu'il apprend que Bram a été arrêté. Katie et lui sont toujours en froid, mais ils font tout pour réapprivoiser Charlie. Ce dernier, qui a détesté Lindsey au premier regard, met discrètement le feu au précieux livre de la préceptrice qui rentre chez elle, choquée. Will s'aperçoit de la présence de caméras dans les alarmes incendie de toute la maison et en informe Katie.

Première diffusion : 2 février 2017

S2 E5 • Cavalier seul

Broussard et sa cellule parviennent à immobiliser assez longtemps un drone pour y fixer une caméra. Ils découvrent que le mur est un nid géant pour des milliers de drones et entendent des sons étranges qui pourraient être leur mode de communication. Will souhaite reprendre son poste afin de découvrir ce que Jennifer a appris grâce aux caméras cachées chez eux. Elle n'est plus dans le service et il fait l'objet de forts soupçons de la part de son patron, Dan, et de son nouvel équipier, Burke. Bram a accepté de servir d'informateur à Snyder, mais il joue un double jeu en proposant à Maya de lui fournir des informations qui les arrangent.

Première diffusion : 9 février 2017

S2 E6 • La mort dans l'âme

Katie et Will découvrent que le Yonk n'est pas sous surveillance. Par ailleurs, le fichier contenant des informations sur Bram ne peut s'ouvrir que depuis un ordinateur de l'autorité. Pour ce faire, Will demande à Betsy de l'aider. Ils sont interrompus par Burke qui fait transférer Betsy, le jour même, en représailles. Broussard ne donne toujours pas de nouvelles aux membres de sa cellule. Eckhart ne supporte plus d'être enfermé dans le bunker. L'état de santé de Butch est alarmant. Il s'effondre dans les bras de Morgan qui court demander de l'aide à Katie. Will et elle réquisitionnent de force le docteur Weisman, qui vit paisiblement dans la zone verte.

Première diffusion : 16 février 2017

S2 E7 • Sacrifices

Frankie, une résistante, séduit et recrute de jeunes hommes pour les convaincre de servir de kamikazes sur des cibles de l'occupation. Will et Burke localisent sa cellule et la capturent avec d'autres insurgés, qui sont tous abattus par Burke pour tenter d'obtenir des informations. De retour au poste, il torture Frankie, mais elle est victime d'un malaise. Alors que Will cherche à la réanimer, elle se suicide en avalant du poison. Broussard apprend que les sons échangés par les drones contiennent un compte à rebours codé. Il ressemble à celui entendu par les astronautes, qui décomptait le temps avant l'arrivée.

Première diffusion : 23 février 2017

S2 E8 • La traque

Lors d'une descente dans une planque de la main rouge, Will permet à Emmet Halstead, un jeune guetteur, de s'évader. La surveillance du secteur révèle la fuite et l'identité d'Emmet. La traque est lancée. Will retourne sur les lieux et y trouve la mère de Frankie. Elle s'effondre en apprenant le décès de sa fille. Touché, Will lui permet également de s'enfuir. Katie et Bowman tentent de retrouver Emmet avant l'occupation pour protéger Will de ses éventuelles révélations. Le garçon est rattrapé par l'occupation. Lors de son interrogatoire, il ne parle pas de Will, mais il révèle le nom de la chef de sa cellule : Karen, qui n'est autre que la mère de Frankie.

Première diffusion : 2 mars 2017

S2 E9 • En chute libre

Deux résistants venus de l'extérieur de la colonie se parachutent à l'intérieur. Seule la piote arrive à se poser en vie. Elle a pris contact avec Hennessey pour récupérer le gant volé aux raps. Burke interroge le jeune qui s'était échappé lors du raid sur la planque de la main rouge. Il est convaincu que Will et sa femme sont des résistants et persuade Schultz de les arrêter. Ils capturent Will et, en menaçant ses enfants, l'obligent à prendre contact avec la pilote pour monter une embuscade.

Première diffusion : 9 mars 2017

S2 E10 • Les vestes noires

Katie retrouve discrètement Maddie pour lui proposer de fuir le secteur avec elle. Maddie la rejette en la blâmant pour tous les problèmes que le vol du fichier lui cause à Nolan et elle. Broussard passe un marché avec Noah : dès qu'elle aura récupéré le gant, son équipe et lui l'aideront à quitter le secteur de Los Angeles et rejoindront avec elle, sa cellule dans le secteur de San Fernando. L'unité de Van Warmerdam, dite des «Vestes noires», interroge Maddie sur ses liens avec sa soeur. Pour leur prouver son dévouement à l'occupation, elle accepte de tendre un piège à Katie en prétendant accepter sa proposition.

Première diffusion : 16 mars 2017

S2 E11 • Prêt à tout

Une attaque de La main rouge met la zone verte à feu et à sang. Elle est observée successivement par plusieurs des personnages principaux. Bram sort en cachette de l'abri pour rejoindre La main rouge. Sa chef l'envoie participer à l'attaque avec un autre jeune soldat, Patrick. Ils s'introduisent dans une maison, mais le jeune rebelle est abattu par l'occupant. Maddie entend les coups de feu et s'enferme chez elle. Bram frappe à sa porte et lui demande de l'aider à quitter la zone verte. Elle parvient à lui faire passer la grille mais comprenant qu'il a participé à l'attaque, elle le dépose au bord de la route.

Première diffusion : 23 mars 2017

S2 E12 • La guerre des résistants

En 2014, Broussard travaillait pour une société militaire privée en Irak. Un de ses hommes avait alors commis une bavure. Malgré ses protestations, ce dernier avait était couvert par ses employeurs. Suite à cette affaire, Broussard était rentré aux Etats-Unis. De nos jours, Alcala somme Nolan de se débarrasser de Maddie et d'Hudson. Il obtempère et envoie le jeune garçon dans un camp pour enfants de notables pour le protéger, mais il livre Maddie au département de la sécurité. Snyder saute sur l'occasion pour soutirer des informations sur Nolan à Maddie en échange de sa liberté. La jeune femme est libre.

Première diffusion : 30 mars 2017

S2 E13 • L'heure du départ

Un flash-back au moment de la récupération de l'hôte montre qu'en fait, il n'a pas été tué : un médecin humain, suivant les instructions des hôtes, a simplement dû transférer «le noyau» contenu dans le casque du raps vers un nouveau scaphandre. Snyder apprend que la résolution totale de la colonie a été décidée. Helena le rassure : il partira avec elle à l'autorité globale et sa fille a été mise sur une liste d'exemption. Katie et Will passent à la cachette d'Hennessey pour tenter de contacter par radio les résistants à l'extérieur de la colonie. En rentrant, ils sont suivis par les vestes noires qui les attaquent.

Première diffusion : 6 avril 2017