S2 E1 • L'ombre d'un doute

38 jours ont passé depuis la fin de la première saison. Dexter est suivi nuit et jour par Doakes, ce qui l'empêche d'assouvir ses envies de meurtre, et sa première occasion est ruinée par quelque chose de beaucoup plus inattendu. Debra revient au travail et se retrouve sous les flash des journalistes et du public. Chose qu'elle n'apprécie guère. Des chasseurs de trésor font de plus, une découverte horrible au fond de l'océan que Dexter va avoir du mal à avaler.

S2 E2 • Faire le deuil

La chasse contre le Boucher de Bay Harbor commence, menée par l'agent Lundy du FBI. Dexter et son département de police sont sur ses traces dans le Little Chinatown de Miami. Rita a de plus en plus de soupçons sur Dexter à cause de la mort de Paul, et dévoile qu'il est l'auteur de son retour en prison ; mais il se sent contraint de répondre affirmatif quant à la question de Rita qui lui demande s'il est aussi accro. Un bon moyen de détourner l'attention sur sa véritable addiction, mais pas sans conséquences.

S2 E3 • Mensonges et conséquences

Dexter commence à assister à des réunions des Toxicomanes Anonymes (TA), tout en tentant d'échapper au sergent Doakes qui le surveille en permanance. Debra est choisie par l'agent Lundy du FBI pour être dans la nouvelle équipe spéciale chargée de l'enquête sur le Boucher de Bay Harbor.

S2 E4 • Transparence

Rita demande à Dexter de suivre le programme des TA. Entre-temps, Dexter doit trouver un moyen d'amener sur une fausse piste, le bien trop astucieux Agent Lundy du FBI, qui travaille actuellement avec le département de police de Miami. La mère de Rita vient à Miami pour rendre visite à sa fille. LaGuerta retourne à son ancien emploi.

S2 E5 • Le justicier de la nuit

Pendant que les résultats de l'analyse des algues permettent à la police de Miami de restreindre la recherche du bateau du Boucher de Bay Harbor à trois marinas, Lila suggère à Dexter d'aller à la rencontre des hommes à l'origine de la mort de sa mère pour être complétement libéré et en finir avec son addiction. Après avoir découvert qu'un seul de ceux-ci était encore en vie ou en liberté, Dexter et Lila se rendent ainsi à Naples à deux heures de route. Pendant ce temps la mère de Rita tente de convaincre sa fille de se séparer de Dexter. De son côté Debra a beaucoup de mal à faire confiance à son nouveau petit ami Gabriel. L'agent Frank Lundy qui fait équipe avec elle tente de l'aider en lui faisant acquérir plus de sérénité. Laguerta quant à elle s'inquiète au sujet de Doakes suite à sa précédente arrestation lui ayant fait tuer un homme.

S2 E6 • Dex, mensonges et vidéo

Un nouveau tueur imite ouvertement le Boucher de Bay Harbor en prétendant être inspiré par lui. Doakes reprend son enquête sur ce que lui cache Dexter. Quand à Dexter, ses relations avec Rita et Lila prennent un tour dramatique

S2 E7 • Allumez le feu

Le Boucher de Bay Harbor envoie un manifeste au groupe d'agents spéciaux chargés de sa capture pour leur faire perdre du temps. Dans le même temps Dexter cherche à pousser Doakes à la faute, ce dernier se rapprochant de la vérité sur son passé. La relation de Dexter avec Lila devient de plus en plus charnelle et fusionnelle, ce qui n'est pas vraiment au goût de Debra. Mais le tiraillement d'avec son ancienne vie avec Rita et les enfants est toujours présent. De son côté Debra se rapproche de plus en plus de Lundy.

S2 E8 • L'étau se resserre

L'enquête pour retrouver le Bay Harbor Butcher prend une nouvelle tournure interne lorsqu'il est fait état que ce dernier a de fortes chances d'appartenir à la police de Miami. Dexter est saisi de doutes sur l'origine de l'incendie chez Lila, et commence peu à peu à se méfier de son trouble jeu, d'autant que l'attachement à l'excès de cette dernière commence à lui faire perdre pied et baisser sa garde. Debra et Batista trouvent un nouveau témoin susceptible de les rapprocher du Bay Harbor Butcher. Attaqué par l'assassin de sa mère à qui il avait déjà rendu visite, Dexter décide d'en finir une fois pour toutes avec lui, le poussant à se faire suspendre de ses fonctions. De son côté, Doakes, qui a désormais les mains libres, décide de poursuivre ses investigations illégales du côté de chez Dexter, et va faire une découverte des plus bouleversantes... Au même moment, Dex découvre le jeu manipulateur et mesquin de Lila, prête à tout pour le garder.

S2 E9 • Trophées

Dexter prend conscience qu'il aimerait renouer avec Rita, tandis que Lila continue de s'accrocher à lui en utilisant son entourage. Tout va en revanche pour le mieux entre Debra et Lundy, bien que les deux nouveaux tourtereaux ne soient pas totalement d'accord sur la pertinence de révéler leur liaison. Filé par le FBI, puis convoqué en pleine nuit au poste, Dexter croit bien voir arriver la fin pour lui, surtout après avoir constaté la disparition de sa "boîte à trophées" de son appartement. Mais contre toute attente, c'est sur Doakes que toutes les lumières de la suspicion se braquent. Ce dernier continue d'ailleurs de faire cavalier seul, malgré ses récentes découvertes sur Dexter. Désormais protégé et surveillé en permanence par les agents de Lundy, Dexter est très embêté de ne pouvoir terminer de s'occuper du corps de sa dernière victime, Jimenez, l'assassin de sa mère. Dex finit par trouver une ouverture pour aller finir le boulot, mais tombe sur Doakes qui l'avait pisté.

S2 E10 • Harry dans tous ses états

Dexter hésite sur le sort à réserver à son nouveau captif, Doakes. Envisageant d'abord de le tuer, Dexter se ravise lorsque celui-ci est sur le point de révéler quelque chose sur son père. Dexter décide finalement de fabriquer de nouvelles fausses preuves à la charge de Doakes, et de mener enquête et réflexion sur ce nouveau mystère entourant son défunt paternel adoptif. Au poste, Laguerta continue de soutenir la thèse de l'innocence de Doakes. La relation entre Debra et Lundy prend une légère tournure conflictuelle lorsque Debra comprend que leur histoire risque de se terminer une fois le cas du Bay Harbor Butcher résolu, et Lundy parti enquêter vers d'autres affaires. Les choses s'améliorent doucement en revanche entre Dexter et Rita. Sans doute pas du goût de Lila qui manigance quelque chose de son côté en se servant de sa nouvelle relation d'avec Angel.

S2 E11 • Droit devant

Dexter et Rita Bennett reprennent leur relation progressivement en yacht, au beau milieu de la mer, avec toute la famille Bennett pour relier leurs liens, mais Dexter a organisé cela en guise d'adieu, il compte se rendre à la police après les découvertes qu'il a fait sur la cause du décès de son père adoptif Harry. Lila profite de la virée en mer pour se faufiler dans sa voiture et tombe sur son GPS qu'il a utilisé pour pister ses victimes mais aussi pour tracer sa route dans les Everglades jusqu'à la cabane qui retient Doakes. C'est lorsqu'il se prépare à se révéler à sa soeur en tant que "the Bay Harbor Butcher" qu'il se rend compte par les paroles de Deb' qu'il y a Rita, Cody, Astor et elle qui comptent énormément sur lui. Se rendre ? Plus question !

S2 E12 • Âme soeur

Lila, guidée par le récepteur GPS qu'elle a volé à Dexter, trouve le chalet où est enfermé le sergent Doakes et découvre ainsi la véritable drogue de Dexter, le meurtre. Loin d'être effrayée par cette révélation, elle s'auto-proclame âme-soeur de Dexter et faisant sienne sa folie, tue Doakes en laissant ouvert le robinet d'une bonbonne de gaz. Une explosion s'en suit. La police de Miami retrouve par la suite le corps de Doakes, supposé suicidé, alors que tout pointe pour en faire le Boucher de Bay Harbor. Dexter s'interroge avant de comprendre l'immixtion de Lila à la vue de son GPS dans les restes récupéré sur les lieux de l'explosion. Dexter décide alors de la revoir, pour la remercier. Grisée par le côté sombre de Dexter, ivre de son forfait, Lila propose de s'enfuir avec lui; Dexter accepte. Ce n'est bien sûr qu'un stratagème pour se débarrasser d'elle, gêneuse, instable et connaissant son secret. Mais Lila va être sauvée bien involontairement par la présence de Deb et va réaliser que Dexter ne souhaite que l'éliminer. Pour se venger, elle décide d'attirer Dexter chez elle en kidnappant les enfants de Rita, puis en mettant le feu à l'appartement alors qu'ils sont tous les trois enfermés à l'intérieur. Dexter arrive heureusement à sauver sa "famille". La saison se termine sur Lila à Paris où Dexter la surprend et la tue pour le meurtre de Doakes. Et au passage la remerciant d'avoir participé à sa libération du code de conduite de Harry. Il est maintenant livré à son propre code, mais n'est que plus heureux avec la famille Bennett.