S3 E1 • Notre père

Lors d'une de ses chasses nocturnes, Dexter tue un homme inconnu qui l'agresse. Il vient de bafouer le Code de Harry : il a ôté la vie à un innocent, frère du procureur qui plus est. De plus, sa vraie cible a disparu dans la nature, après avoir vu le visage de Dexter. L'affaire est confiée à Debra, qui espère passer détective. De son côté, Dexter se rapproche de plus en plus de Rita, qui lui annonce qu'elle est enceinte...

S3 E2 • A la recherche de Freebo

La grossesse de Rita est confirmée, mais Dexter a d’autres soucis. Il doit retrouver Freebo et l’éliminer avant que ses collègues ne lui mettent la main dessus. Miguel Prado s’impatiente et, alors que personne ne le voit venir, Debra pourrait bien répondre à ses attentes en reliant son enquête à celle d’Angel.

S3 E3 • Prédateurs

Maintenant que Freebo est mort, Miguel et Dexter doivent pousser la police dans une autre direction, celle du nouveau tueur qui sévit à Miami, celui qui liquide tous ceux qui sont liés à l’affaire. Dexter est également préoccupé par son futur rôle de père.

S3 E4 • Jeu de rôle

Dexter et Rita annoncent aux enfants que leur mère est enceinte, ce qui amènera la question du mariage. Miguel doit comprendre que son frère est un problème. Quinn joue de son charme au détriment de Deb qui est de plus en plus sollicitée par l'agent Yuki.

S3 E5 • L'Appel du large

Rita veut que Dexter vienne vivre avec elle et les enfants, mais pour cela il faut acheter une maison plus grande, ce qui ne l'enchante pas. Peu enclin à en discuter, il préfère suivre les indications de Miguel Prado et traquer un tueur. Deb retrouve Wendell, le gamin qui surveillait l'entrée de la maison de Freebo.

S3 E6 • Vouloir, c'est pouvoir

Alors que Miguel connaît la véritable nature de Dexter. Celui-ci décide de le mettre à l'épreuve pour vérifier ses convictions. Ils montent ensemble un plan d'assassinat contre un néo-nazi. Debra, toujours sur l'enquête du dépeceur, se met à suspecter Ramon Prado.

S3 E7 • C'est du gâteau

Miguel explique à Dexter qu'il devient nécessaire d'éliminer l'avocate Ellen Wolf car celle-ci fait libérer des assassins. Dexter, après réflexion, refuse car cela ne colle pas avec son code. Les deux amis se brouillent. Finalement, l'avocate permet l'arrestation d'un de ses clients recherchés. Miguel comprend son erreur et se réconcilie avec Dexter. Ce dernier accepte finalement d'abréger les souffrances de Camilla qui lui a plusieurs fois demandé. Debra, quant à elle, refuse de laisser Anton servir d'appât pour « l'écorcheur » et trouve une autre piste : le tueur serait un élagueur qui utiliserait sa profession pour surveiller ses futures victimes.

S3 E8 • L'Effet papillon

Miguel souhaite désormais passer à l'étape supérieure : Il veut éliminer lui-même un assassin en liberté. Il demande à Dexter de le guider, de lui enseigner sa technique. Dexter se laisse finalement convaincre et leur choix se porte sur l'homme de main d'un bookmaker. Miguel tue ainsi son premier assassin, selon le rituel de Dexter. Celui-ci assiste pour la première fois en simple spectateur à son propre rituel. Du côté de Debra, la piste semble se confirmer. Un chef d'entreprise d'élaguage d'arbres désigne l'un de ses employés comme étant l'« écorcheur » potentiel. Il s'avère en fait que c'est une fausse piste, le véritable « écorcheur » semblant être en réalité le chef d'entreprise lui-même. Alors qu'elle suivait cette fausse piste, Debra perd la trace d'Anton.

S3 E9 • Tous en scène

En enseignant à Miguel les rudiments du parfait meurtrier, Dexter a créé un monstre. Le lendemain du premier meurtre orchestré par son élève, Dex apprend que celui-ci n'est pas directement rentré auprès de Sylvia. Ellen Wolf est introuvable et le tueur en série fait rapidement le rapprochement entre l'aversion de son ami pour l'avocate et sa disparition. Dexter tente de provoquer le procureur adjoint afin que sa vulnérabilité soit palpable par les enquêteurs... Depuis le kidnapping d'Anton, toutes les patrouilles recherchent activement George King. Doutant de la sincérité de son ami, Dexter analyse le sang de la chemise offerte en gage de confiance et s'aperçoit qu'un monstre l'a manipulé...

Première diffusion : 23 novembre 2008

S3 E10 • Options

Dexter se sent pactiser avec le diable lorsqu'il feint la politesse auprès des proches de Miguel après son double jeu. Dexter se trouve lui-même comme dans un jeu d'échecs contre son ancien ami en espérant que Miguel ne prendra pas le pas sur lui. Pendant ce temps, Dexter regarde impuissant Miguel se rapprocher de Rita au moyen d'un magnifique cadeau de noces. Debra, à présent de retour après son contact rapproché avec « l'écorcheur », se demande si sa relation avec Anton mérite de mettre en péril sa carrière.

Première diffusion : 30 novembre 2008

S3 E11 • Adios, amigo

Dexter se réveille ligoté dans le coffre d'une voiture. Alors qu'il parvient à enlever les ficelles, le coffre s'ouvre. Dexter frappe son kidnappeur et se rend compte qu'il s'agit de son collègue de travail qui en réalité l'emmenait pour l'enterrement de sa vie de garçon auquel participe aussi Miguel qui fait d'ailleurs un discours. Dexter prend la décision de tuer Miguel, se rendant compte que celui-ci le manipule. Il organise alors un piège et le tue selon son rituel habituel, à la seule différence qu'il l'étrangle à l'aide d'une corde de piano dans le but de faire suspecter l'« écorcheur » à sa place.

Première diffusion : 7 décembre 2008

S3 E12 • Demain, je me marie

Miguel Prado est retrouvé mort sur la plage, ce qui rend fou de rage son frère Ramon. Soupçonnant Dexter de ce meurtre, il l’expulse de l'enterrement et saccage son appartement. Après s'être fait arrêter par la police, Ramon s'explique avec Dexter. Pendant ce temps, Debra hésite sur son insigne d'inspecteur et sur son amour envers Anton. Puis, Dexter se fait capturer par l'« écorcheur », sur ordre de Miguel Prado. Il parvient à le tuer après une lutte violente et à s'enfuir juste avant que la police arrive. Dexter arrive à temps pour son mariage avec Rita, tout se termine bien pour lui et sa famille.

Première diffusion : 14 décembre 2008