S6 E1 • Ces choses-là

Dexter débarque dans la soirée des 20ans de sa promo avec l'intention d'affronter l'ancien roi du bal. Ailleurs, une enquête sur un meurtre haineux à connotation religieuse conduit Dexter à méditer les questions spirituelles et s'interroger sur l'héritage de son fils. Et une situation inattendue va faire de Debra une héroïne.

S6 E2 • Il était une fois

Frère Sam, un pasteur avec des antécédents criminels, est convoqué par la criminelle pour aider à résoudre un meurtre macabre, mais Dexter le voit pour ce qu'il est réellement, et ce n'est certainement pas un homme de Dieu. Ailleurs, le statut d'héroïne de Debra va provoquer de surprenantes propositions.

S6 E3 • Cours après moi shérif

Dexter est confronté à un aperçu qui donne à réfléchir sur son propre avenir potentiel quand un tueur en série de son passé fait une réapparition surprenante; Debra est à l'aise dans son nouvel emploi; Travis lutte pour garder son mentor heureux, alors que lui et Gellar préparent un nouveau tableau tordu, assurant à Debra l'assurance d'une tâche gigantesque.

S6 E4 • Les Chevaux de l’Apocalypse

Dexter doit gérer une urgence avec Harrison et un nouveau tableau de Gellar et Travis, en plus de sa quête sur les réelle motivations de frère Sam et sa propre foi. Debra donne sa première conférence de presse officielle.

S6 E5 • L’Ange des Ténèbres

Avec l'aide de son nouvel ami frère Sam, Dexter se demande si la lumière est en lui pour contrer sa noirceur, tandis que la recherche du tueur de l'apocalypse l'emmène dans une nouvelle direction; Batista et Quinn font une visite à l'université où enseignait le professeur Gellar ; en raison du règlement après la fusillade, Debra est obligée de commencer une thérapie.

S6 E6 • Lâcher prise

Dexter est absorbé par une affaire très personnelle, qui éveille les besoins de son passager noir; Debra se sent submergés par ses nouvelles fonctions de lieutenant, qui s'avèrent d'autant plus compliquées quand elle découvre que Quinn a couché avec un témoin dans l'affaire du tueur de l'apocalypse.

S6 E7 • Virée entre frères

Dexter se retrouve associé avec un autre passager noir quand il part pour une virée au Nebraska pour régler quelques détails du passé; Debra mène de front les complications de sa promotion en même temps que l'enquête sur le tueur de l'apocalypse.

S6 E8 • La Putain de Babylone

Dexter utilise les leçons qu'il a apprises de Frère Sam pour le suivi de certaines nouvelles pistes dans l'enquête du tueur de l'apocalypse; Debra se prend la tête avec le capitaine Laguerta en plus du cas d'un meurtre d'une call girl.

S6 E9 • Les Coupes de la colère

Debra continue ses séances chez la psychologue, elle tente de lutter contre les pressions de ses supérieurs qui veulent à tout prix laisser le dossier de la prostituée clos, et contre le sentiment de solitude qui l'habite. Louis Greene finit par obtenir les faveurs de Jamie Batista, mais on apprend lors de leur premiers ébats amoureux que Louis détient la main du Tueur au Camion frigorifique. De leurs côtés, Dexter et Travis continuent leur chasse contre Gellar. Dexter décide de piéger Gellar lorsque ce dernier tente de kidnapper puis de tuer le professeur Casey, un théologien prônant l'athéisme. Le piège échoue et on retrouve le professeur mort. Par la suite, Dexter demande à Travis de reprendre contact avec Gellar afin de le piéger de nouveau. Pendant ce temps, Dexter entretient une conversation avec son père sur les raisons qui le poussent à aider Travis. Il retourne dans l'église afin de neutraliser Gellar. Il retrouve Travis sur le sol inconscient. Près de lui sous l'autel une dalle laisse échapper un son, sous celle-ci se trouve une cave dans laquelle Dexter retrouve Gellar dans un congélateur, visiblement mort depuis un certain temps…

S6 E10 • Le Châtiment

Dexter découvre la vérité sur Travis : c'est un homme perturbé psychologiquement qui est persuadé de parler avec le Pr Gellar alors qu'il est mort, faisant de lui le seul Doomsday Killer. Dexter se sent trahi et est bien décidé à le retrouver pour le tuer, mais la Miami Metro se rapproche de Travis. Dexter brouille les pistes en falsifiant les indices pour faire croire que Gellar est encore en vie. De son côté, Debra doit gérer la pression que lui met LaGuerta jusqu'à ce qu'elle apprenne la vérité sur l'affaire de la prostituée morte : LaGuerta couvre en fait le commandant Matthews. Travis est en fuite pour mener à terme son projet. Il recrute un couple de fanatiques du blog de Gellar pour tuer la femme qu'il avait enlevée avant de la relâcher, suite à sa rencontre avec Dexter. Celui-ci comprend vite qu'elle est à nouveau la cible, mais ne parvient pas à la retrouver à temps, et tue le mari en croyant abattre Travis. Cependant, il découvre quelle est l'étape suivante dans le plan de Travis : Wormwood, la libération d'un gaz empoisonné. Batista est furieux de voir son coéquipier Quinn devenir de plus en plus fêtard et moins assidu au travail. Quand il a des informations sur le couple de fanatiques, il décide d'y aller seul, mais il se fait alors capturer par Travis qui décide de relâcher Wormwood dans les bureaux de la Miami Metro.

S6 E11 • Le Lac de l'Enfer

Dexter se retrouve sur le yacht où Travis et ses complices préparaient leur prochain «tableau» et comprend qu'une attaque au gaz se prépare. Travis compte frapper fort en envoyant Beth Dorsey et sa capsule contenant un gaz mortel directement dans les locaux de la police. Inquiet de ne pas avoir de nouvelles de Batista, Quinn se lance à sa recherche. L'affrontement entre Debra et LaGuerta à propos de l'enquête sur le décès d'une call-girl prend de nouvelles proportions. Quant à la psychologue de Debra, elle lui fait une suggestion déroutante...

S6 E12 • La Fin d'un monde

Dexter parvient à rejoindre la côte. Avec la brigade criminelle, il tente d'arrêter le Tueur du Jugement dernier avant une éclipse de lune qui marquera son dernier acte abominable. Batista informe Quinn que celui-ci est transféré en raison de son comportement irresponsable ces derniers temps. Malgré ses difficultés, Debra se résout à affronter son nouvel état émotionnel...