S6 E1 • Toucher le fond... et refaire surface

House commence un programme de désintoxication pour éliminer la Vicodin de son système afin que ses hallucinations cessent. Dr Nolan, chargée de ce programme, accepte d'écrire une lettre de réhabilitation à condition que House continue son programme.

S6 E2 • Comme un chef

House est de retour à Princeton où il continue à se concentrer sur sa guérison. Il surprend d'ailleurs Cuddy en réalisant un changement majeur dans sa vie. Le dernier sujet de l'équipe est un créateur de jeux vidéos qui a opté pour les conseils de traitement d'une communauté en ligne plutôt que ceux d'un médecin.

S6 E3 • Le serment d'Hippocrate

Quand un politicien africain controversé tombe malade, il est emmené à Princeton Plainsboro pour un traitement. L'équipe lutte pour aider un dictateur sans pitié qui est accusé d'avoir commis un crime contre l'humanité dans son pays. Pendant ce temps, Wilson tente de faire la paix avec son voisin, mais House envenime le problème.

S6 E4 • L'argent ne fait pas le bonheur

Un riche homme d'affaires amène son fils adolescent, qui souffre de douleurs inexplicables à l'estomac, à Princeton Plainsboro, et insiste pour que le Dr. House s'en occupe. Le père du patient estime que la peine karmique de sa réussite financière, fait qu'il soit victime d'une tragédie personnelle, et que la réponse au mystère médical de son fils se trouve dans un revers de destin plutôt que par un traitement médical. En attendant, Foreman et Chase se préparent à présenter des informations sur le cas Dibala.

S6 E5 • Le cœur du problème

Un patient mourant insiste sur le fait qu'il a la même maladie du cœur qui a tué son père et son grand-père à l'âge de 40 ans. Pendant ce temps, House découvre qu'il a un problème d'audition.

S6 E6 • Les mots pour ne pas le dire

House, Cuddy et Wilson rencontrent un vieil ami lors d'une conférence médicale. Pendant ce temps l'équipe s'occupe d'une jeune fille dont les extrémités ont enflé, mais celle-ci refuse d'avouer les circonstances entourant sa maladie.

S6 E7 • Classé X

Alors que Cuddy tente de gérer ses relations privées, House est enfin réintégré et s'occupe du cas d'une star du porno qui souffre de l'œil.

S6 E8 • Heureux les ignorants

C'est Thanksgiving, mais les membres de l'équipe réalisent que leur vie personnelle n'a rien de festive. Pendant ce temps House s'occupe du cas d'un brillant physicien qui a abandonné sa carrière pour devenir coursier.

S6 E9 • L'ami de Wilson

Lorsqu'un vieil ami et ancien patient de Wilson manifeste de la paralysie dans son bras droit, Wilson se met lui-même sur le cas. House parie avec Wilson que les symptômes du patient sont dûs à de nouvelles cellules cancéreuses. Wilson accepte bien qu'il soit réticent à l'idée de croire que le cancer est revenu. Wilson travaille avec l'aide de l'équipe pour diagnostiquer au patient des résultats plus optimistes mais lorsque les choses prennent une mauvaise tournure, Wilson doit faire face à son incapacité à séparer le patient de l'ami. Pendant ce temps, Cuddy cherche des conseils pour sa recherche dans l'immobilier.

S6 E10 • Brouillages

Lorsqu'un dealer s'évanoui mystérieusement lors d'une vente, son complice, Eddie, réussit à le faire admettre à Princeton Plansboro. Mais avec un gros penchant pour la drogue, Mickey ne leur fournit pas assez d'éléments sur son passé ce qui oblige l'équipe à recourir à ses vieilles habitudes de détectives pour résoudre le cas. Pendant ce temps, House et Wilson rivalisent pour savoir lequel des deux est le plus apprécié par le nouveau voisin. Chase, Thirteen et Taub, quand à eux, préparent une blague pour Foreman.

S6 E11 • Absence de conscience

L'équipe s'occupe du cas de Valerie, une femme attirante qui connaît des épisodes aléatoires de douleurs atroces. House accepte de s'en occuper à cause de son regard. Pendant son traitement, les hommes de l'équipe sont charmés par la beauté et la personnalité de Valerie, alors que 13 regarde au-delà du superficiel pour essayer de découvrir un lien à sa maladie. Pendant ce temps House tente de soulager sa conscience en s'adressant à un ancien collègue de l'école de médecine qu'il avait calomnié.

S6 E12 • Passage à l'offensive

House et son équipe vont s’occuper d’une star du football universitaire. Ils vont devoir le guérir à temps pour qu’il puisse participer aux sélections. Mais comme d’habitude le cas est plus compliqué qu’il n’y parait. Pendant ce temps Foreman va recevoir la visite de son frère Marcus.

S6 E13 • 16 heures dans la vie d'une femme

Une journée entière aux côtés de la doyenne de médecine de l'hôpital Princeton Plainsboro, Dr. Lisa Cuddy. Le fonctionnement interne de l'hôpital sera montré à travers ses yeux. Cette journée se révèle être particulièrement éprouvante pour Cuddy qui doit se battre avec les problèmes et les différents du personnel, tout en jonglant avec les problèmes de sa vie personnelle.

S6 E14 • Lecture pour tous

House et son équipe s'occupent d'une bloggeuse passionnée qui est admise avec de nombreuses ecchymoses et des saignements. De son lit d'hôpital, la patiente écrit sur son blog à propos de ses symptômes, des médecins et des diagnostics potentiels et sollicite l'avis des internautes sur son traitement en cours. L'équipe se demande alors où est la vie privée dans tout ça, surtout lorsque des secrets sont révélés sur le passé de House et Wilson. Pendant ce temps, on persuade Chase d'essayer le speed dating.

S6 E15 • Trou noir

L'équipe s'occupe d'une étudiante qui s'est évanouie au cours d'une excursion. A l'hôpital la patiente hallucine à plusieurs reprises. Après avoir épuisé toute sorte de médicaments pour ses mystérieux malaises, House tente une approche controversée pour la diagnostiquer, ce qui consiste à surveiller ses troubles cognitifs et chercher des indices. Pendant ce temps Taub lave son linge sale en public et Wilson essaie de meubler son appartement.

S6 E16 • Personne ne bouge !

Lorsque l'hôpital est bouclé à cause de la disparition d'un bébé, tous les docteurs doivent rester là où ils se trouvent : Foreman et Taub dans la pièce des dossiers, Wilson et Thirteen à la cafétéria jouant à "Action ou Vérité", House dans une pièce avec un patient et Chase avec Cameron. Cuddy essaie d'aider la police à trouver le bébé.

S6 E17 • Amour courtois

L'équipe est en charge d'un homme vivant dans une communauté dont le mode de vie est régi selon les lois médiévales. Wilson a une liaison avec sa 1re femme, ce qui n'est pas du tout du goût de House.

S6 E18 • Permis de tromper

House et son équipe s'occupent d'une femme vivant une union libre avec son mari.

S6 E19 • Le copain d'avant

L'équipe prend le cas d'un malade marié qui ne veut pas divulguer les secrets de sa relation précédente. Sa fiancée tente d'obtenir des réponses à ses nombreuses questions. Pendant ce temps, House passe son temps avec ses collègues de Princeton Plainsboro, en faisant entre autres un karaoké sur une chanson de Gladys Knight & The Pips avec Foreman et Chase, afin de laisser Wilson passer du temps avec son ex-femme.

S6 E20 • Ça va bien et vous ?

Au cours d'une session avec le Dr Nolan, House raconte le cas d'une femme qui est arrivée aux urgences de Princeton Plainsboro avec une maladie inexpliquée et aucun souvenir de qui elle est. Tout en essayant de résoudre le mystère de la maladie de la femme, il doit également l'aider à reconstituer son identité.

S6 E21 • Sauvez Moi

Cuddy, House et les membres de l'équipe rejoignent une équipe d'urgentistes sur les lieux d'un effondrement d'immeuble. House aide une femme bloquée sous les décombres. Deux cas seront traités : celui du grutier responsable du drame et celui d'une jeune femme prisonnière des décombres.