S3 E1 • Paradis perdu

Gordon travaille en tant que chasseur de primes dans un Gotham infesté de monstres. Il cherche des réponses concernant les évadés d'Indian Hill et veut savoir pourquoi leurs pouvoirs semblent les tuer. Le sosie de Bruce erre dans la rue. Barbara et Tabitha ouvrent un nightclub nommé The Sirens.

S3 E2 • Terreur sur la ville

Fish Mooney prend les choses en main pour localiser Hugo Strange, forçant Gordon à s'associer avec la journaliste Valerie Vale pour la retrouver. Le Pingouin gagne en popularité après avoir critiqué le travail du GCPD et les recherches sur la Cour des Hiboux faites par Bruce sont compromises. Pendant ce temps, Ivy Pepper réapparait à Gotham City.

S3 E3 • L'Hypnotiseur extraordinaire

L'hypnotiseur Jervis Tetch alias le Chapelier Fou arrive en ville pour retrouver sa soeur Alice, et engage Gordon pour la rechercher. Le Pingouin annonce sa candidature pour le poste de maire.

S3 E4 • Votez Cobblepot !

Alice Tetch est amenée au GCPD mais Gordon sait que son frère Jervis va venir la chercher. L'élection du nouveau maire approche à grands pas tandis que Bruce et Alfred poursuivent activement le sosie de Bruce.

S3 E5 • Raison et sentiments

Le nouveau maire jouit de sa popularité et la criminalité commence à baisser dans Gotham, jusqu'à ce que le gang des Red Hood réapparaisse et le provoque. Bruce Wayne se lance à la recherche d'Ivy.

S3 E6 • Sauve qui peut...

Le Chapelier Fou force Jim Gordon à prendre de terribles décisions pour sauver d'innocentes personnes. Un visage familier resurgit dans la vie de Nygma.

S3 E7 • La Reine rouge

Après être entré en contact avec un puissant psychotrope, Gordon se met à halluciner et à se confronter à son passé, présent et futur. Le Pingouin, de son côté, vit mal la nouvelle relation de Nygma.

Première diffusion : 31 octobre 2016

S3 E8 • Rage sanglante

Barnes commence à ressentir les effets de son récent incident. Cobblepot ne supporte plus la relation de Nygma et Lee se prépare à célébrer ses fiançailles.

Première diffusion : 7 novembre 2016

S3 E9 • Juge et bourreau

À la recherche de preuves, Gordon et Bullock suspectent de plus en plus Barnes. Nygma s'inquiète du manque de nouvelles d'Isabella. Ivy révèle sa nouvelle identité à Selina et Bruce.

Première diffusion : 14 novembre 2016

S3 E10 • La Cour des Hiboux

Alors que le mariage de Mario et Lee approche, ils deviennent les cibles de plusieurs attentats. Gordon se charge de retrouver les commanditaires. Nygma, de son côté, cherche à se venger et Bruce en apprend plus sur la Cour des Hiboux.

Première diffusion : 21 novembre 2016

S3 E11 • Jaloux à mort

Un nouveau meurtre à Gotham semble indiquer qu'un autre infecté au sang d'Alice Tetch est en ville. Gordon en vient à suspecter Mario Calvi. Barbara renseigne Nygma sur la mort d'Isabella.

Première diffusion : 28 novembre 2016

S3 E12 • La Colère du père

Falcone met à prix la tête de Gordon. Bullock et ce dernier découvrent un disciple de Jérôme, qui souhaite le ressusciter. Le Pingouin devient hors de contrôle avant une importante interview et la mère de Selina revient à Gotham.

Première diffusion : 16 janvier 2017

S3 E13 • Un si beau sourire

Gordon et Bullock découvrent le plan de Dwight : ressusciter Jerome grâce à la technologie de Hugo Strange et prendre la tête du culte créé autour du tueur. Lorsque la réanimation échoue, Dwight coupe le visage de Jérôme et le porte comme un masque. Le GCPD infiltre la station et arrête le culte, mais Jerome se réveille tardivement au quartier général du GCPD et enlève Dwight. Barbara, Tabitha et Nygma entament la deuxième étape de leur plan en liguant toutes les familles mafieuses contre Cobblepot, puis le manipule en lui faisant croire que les mafieux se sont retournés contre lui et détiennent Nygma captif. Bruce accepte de payer la dette de Maria à Cole Clemons, mais Selina devient furieuse en découvrant que Maria et Cole sont amants, et que Bruce l'ai déjà deviné, mais ne voulait pas qu'elle apprenne cette vérité douloureuse. Après avoir rattaché son visage, Jerome décide de faire sauter la centrale électrique de Gotham en enflammant des explosifs attachés sur le corps de Dwight, causant une panne d'électricité générale dans toute la ville.

Première diffusion : 23 janvier 2017

S3 E14 • La Nuit la plus longue

Le retour en force de Jerome plonge Gotham dans un chaos sans précédent, les rues sont envahies de fous furieux et la police est débordée pour contenir les émeutes commises par les partisans de Jérome et les citoyens aléatoires corrompus, ce qui inquiète la Cour des Hiboux. Gordon tente de rester concentré sur le seul objectif de Jerome : tuer Bruce Wayne. Jérôme poursuit son plan en kidnappant Bruce et présenter son exécution théâtrale à une fête foraine auprès de ses disciples. Le GCPD Strike Force, dirigé par Gordon et Bullock, accompagné par Alfred arrivent pour arrêter Jerome et sauver Bruce. Ce dernier s'échappe du piège de Valeska et l'attaque dans une maison des miroirs, qui est plus tard défait par Gordon et renvoyé à l'asile d'Arkham. En parallèle, Cobblepot prend conscience de la machination de Nygma pour sa chute. Pendant la panne, Oswald est attaqué par Nygma et est presque tué par un de ses pièges élaborés, mais Cobblepot réussit à s'échapper grâce à l'aide d'un policier. Barbara, Tabitha et Butch les enlèvent tous les deux et les interrogent au Club Sirens. Nygma, malgré le fait que Cobblepot prouve qu'il l'aime vraiment, lui tire dessus au port de Gotham. Gordon est réuni auprès de son oncle Frank. Ce dernier lui informe qu'il fait partie de la Cour des hiboux, et qu'ils ont fait un lavage de cerveau au double de Bruce.

Première diffusion : 30 janvier 2017

S3 E15 • Le Mystère Ed Nygma

Plusieurs semaines ont passé depuis les derniers événements. Le maire Copplebot est toujours porté disparu et les dernières traces du massacre de Jerome peinent à s'effacer. Gordon rend visite à son oncle Franck qu'il n'a pas vu depuis son enfance. Celui-ci lui apprend qu'il est membre de la Cour des Hiboux, tout comme l'était le père de Gordon, assassiné car il n'adhérait pas à leur projet. Franck demande à Jim de l'aider à renverser la Cour des Hiboux de l'intérieur, en devenant membre à son tour. La Cour a formé le double de Bruce comme une copie identique du jeune Wayne, toujours entraîné par Alfred et toujours en froid avec Selina. Celle-ci lui envoie un mot pour qu'ils se retrouvent et se réconcilient. Arrivé sur le lieu du rendez-vous, Bruce se dispute avec Selina puis se bat avec des garçons de rues avant de croiser son double et de comprendre que le mot n'était qu'un piège. Drogué, il se réveille dans une prison en pleine montagne pendant que son clone prend sa place auprès d'Alfred. Nygma est toujours obsédé par la mort d'Oswald et ne cesse de le voir apparaître à ses côtés, en tant que guide spirituel. Il se lance dans une quête pour trouver un nouveau maître qui pourrait le former comme Oswald l'a fait. 6 membres de l'élite intellectuelle de Gotham, échouant à ses énigmes, sont assassinés. Il décide de changer de tactique et de se chercher un ennemi : il le trouve en la personne de Lucius Fox qui a pris la place de Gordon pendant son congé. Fox réussit à répondre juste à une des énigmes de Nygma pour sauver la vie de Bullock et d'une promotion de cadets policiers : celui-ci intrigué le kidnappe et devient The Riddler (l'Homme Mystère). Oswald est en réalité vivant : Ivy l'a repêché et soigné. À son réveil, il décide de partir en quête de vengeance.

Première diffusion : 24 avril 2017

S3 E16 • Passés empoisonnés

La Cour des Hiboux se réunit pour voter à propos du "nettoyage" de Gotham avec une arme secrète qui est censée arriver prochainement. Inquiet, Frank vote à contrecœur mais prévient Jim. De son côté, ce dernier revient au commissariat. Nygma a disparu et personne ne semble avoir remarqué l'enlèvement de Fox. Il enquête sur la mort de son père qui, selon son oncle, est un meurtre commandité par la Cour des Hiboux. Bullock et lui découvrent que le rapport de l'accident a été falsifié : le conducteur souffrait d'une lésion au foie qui lui empêchait de boire de l'alcool, il n'était donc pas ivre au volant. En retrouvant son oncle au cimetière sur la tombe de son père, il croise Lee qui ne comprend pas comment il arrive à tourner la page sans ressentir de culpabilité. Bullock l'appelle : Carmine Falcone, le beau-père de Lee, a payé l'avocat du meurtrier de son père. Jim confronte Falcone, toujours haineux envers lui à cause de la mort de son fils, qui lui avoue avoir un arrangement avec la Cour des Hiboux sans en être membre. Cependant, il lui apprend que c'est son oncle Frank qui a commandité le meurtre. Jim menace son oncle d'une arme mais celui-ci lui dit où trouver l'arme de la Cour : sur les docks, sur un quai fantôme. Jim envoie Barbara et Tabitha avec leurs hommes de main à sa place pour ne pas éveiller les soupçons de la Cour. Alors qu'elles interrogent un docker, un second Talon massacre tous leurs hommes de main et décapite le docker, elles s'enfuient et donnent quelques infos à Jim : l'arme est déjà arrivée et la caisse porte une étiquette d'Indian Hill, ce qui inquiète Bullock. Frank se retrouve face à la Cour car Jim se renseigne sur le meurtre de son père. Elle le charge de tuer son neveu. Frank convoque Jim mais se suicide sous ses yeux pour qu'il puisse intégrer la Cour et finir ce que son père voulait faire : détruire la Cour des Hiboux. Jim prétend donc à Kathryn, la chef de la Cour, qu'il a tué son oncle pour venger la mort de son père et qu'il est prêt à la rencontrer. De son côté, Oswald est soigné par Ivy mais en a assez. Il veut rentrer à Gotham se venger de ses ennemis alors qu'elle lui parle de plantes. Il appelle son ancien homme de main, Gabe, et congédie brutalement Ivy qui se méfie de Gabe. Celui-ci est en effet un traître et assomme le Pingouin puis décide de le vendre aux enchères. Les vendeurs de Gabe arrivent et surprennent Ivy qui rôde autour de la maison. Elle et le Pingouin sont ligotés mais grâce à son parfum enchanteur, elle réussit à envoûter un des vendeurs qui les détache et tue tous ses camarades sauf Gabe, puis est abattu par Oswald. Celui-ci confronte Gabe qui jure d'être loyal mais confesse sous l'emprise du parfum d'Ivy qu'il a toujours servi Oswald par peur et non par fidélité car il le considère comme un monstre. Ivre de rage, Oswald s'emporte et tue Gabe avant de l'enterrer dans la serre d'Ivy avec les autres. Ivy et Oswald décident de s'associer pour créer une armée de monstres avec les spécimens d'Indian Hill. Bruce est emprisonné dans un temple. Un Shaman le renvoie mentalement la nuit de la mort de ses parents en lui expliquant qu'il n'a jamais mentalement réussi à dépasser ce traumatisme et que depuis 3 ans, il y est bloqué. Il souhaite le former pour qu'il devienne le protecteur de Gotham (donc le futur Batman).

Première diffusion : 1 mai 2017

S3 E17 • Le Plus grand des défis

Nygma commence son nouveau plan pour démasquer la Cour des Hiboux, la seule énigme qui lui résiste encore. Il kidnappe le maire Aubrey James et s'en sert d'otage, le menacant de mettre fin à sa vie au cas où il ne découvre pas l'identité de la Cour. Gordon doit intervenir, non seulement pour arrêter l’Homme-Mystère mais également pour protéger le secret de l’existence de la Cour. Il organise une réunion seule avec Nygma au GCPD et réussit à lui faire rencontrer Kathryn. En protégeant la Cour, il en devient officiellement membre. Cobblepot et Ivy commencent à recruter les monstres d'Indian Hill, tel que Victor Fries et Bridgit Pike, pour reprendre la main sur la ville de Gotham City. Le double de Bruce a du mal à se montrer à la hauteur de sa mission, et lutte pour gagner la confiance d'Alfred. Il apprend qu'il est mourant car il a été mal fabriqué par Strange. Lorsqu'il a connaissance du sort de la ville, il décide de prévenir Selina à qui il révèle toute la vérité. Celle-ci n'arrive pas à le comprendre et veut prévenir Alfred. Il est finalement obligé de la pousser par une fenêtre dans une ruelle afin de couvrir sa véritable nature en tant que clone.

Première diffusion : 8 mai 2017

S3 E18 • Dernière valse

Ivy retrouve Selina dans le coma et utilise ses plantes pour guérir ses blessures. Elle finit par se rétablir et se diriger vers le Manoir Wayne, dans l'intention de tuer le double de Bruce. Lee affirme que la mort de Frank est un homicide et tente d'interroger Gordon mais elle suspecte Bullock et Lucius Fox d'aider Gordon avant de démissionner du GCPD. Maintenant introduit dans la Cour des Hiboux, Gordon a accès aux plans de Kathryn et découvre qu'avec l'aide de Hugo Strange, elle compte utiliser le virus du sang d'Alice Tetch comme une arme. La Cour décide de faire un essai de son arme bactériologique sur une réunion d'aristocrates fortunés : avec l'aide d'Oswald, Jim sauve l'élite fortunée de Gotham mais le Pingouin est arrêté et placé dans une cellule voisine de celle de Nygma. Bruce continue sa formation en maitrisant ses émotions et ses souvenirs pour le combat à venir. Il parvient à surmonter sa rage pendant son entraînement et le Shaman le juge prêt à retourner à Gotham et à embrasser son pouvoir. Barnes est enlevée par la Cour et Kathryn lui ordonne de tuer Gordon après avoir découvert sa trahison.

Première diffusion : 15 mai 2017

S3 E19 • Association de malfaiteurs

Selina se rend au manoir Wayne. Elle affronte le clone de Bruce, rejointe par Alfred qui comprend la duplicité, mais celui-ci les assomme et s'enfuit. Selina refuse d'aider Alfred, toujours rancunière envers Bruce ; Alfred la chasse définitivement. Pendant ce temps, le Shaman parvient à purger Bruce de la douleur qu'il ressentait de la mort de ses parents et le met sous son contrôle, lui expliquant que sa mission est de détruire la Cour. Alfred décide de prévenir Jim et Bullock pour qu'ils l'aident et ensemble, ils partagent leurs infos sur la Cour au GCPD. Par ailleurs, ces derniers découvrent une planque de la Cour dans une des propriétés de Kathryn. Là, il trouve un autre hibou de cristal (comme celui trouvé par Bruce, Alfred et Selina). En l'éclairant, ils s'aperçoivent que la statuette cache une carte de Gotham avec différents points, supposément des planques de la Cour. Barnes surgit, assomme Bullock et kidnappe Gordon. Celui-ci se réveille face à Kathryn et Barnes qui le jugent coupable de trahison : au moment où Barnes allait le décapiter, Jim détourne son attention avec une grenade et le GCPD mené par Bullock le libère mais Barnes s'échappe. Alfred rapporte les morceaux du hibou, cassé lors de l'attaque de Jerome Valeska au manoir, au GCPD au moment où Kathryn est arrêtée et mise en détention. Interrogée par Jim, elle refuse de parler mais Alfred la torture pour lui extorquer des infos. C'est à ce moment-là que Barnes prend en otage le commissariat : Jim, Bullock et Alfred l'affrontent mais il est imbattable. Incompris par Kathryn, il la décapite. Jim en profite pour le blesser et l'assommer. Lors de son transfert à Arkham, il s'échappe pendant que Jim et Harvey se préparent à attaquer les différentes planques de la Cour, le hibou d'Alfred ayant été reconstitué entre-temps. Lee fait des cauchemars à propos de Mario : elle va interroger Jervis Tetch à Arkham qui, à force de plaisanteries et poèmes, lui fait comprendre qu'elle est la seule responsable de la mort de Mario, qui a été infectée car elle aime Jim sans se l'avouer. Elle décide de voler un échantillon de sang d'Alice Tetch au GCPD, juste après l'attaque de Barnes, et de se l'injecter après avoir encore reproché sa lâcheté à Jim. Nygma et Oswald sont gardés captifs par la Cour. L'un et l'autre s'avouent leur haine et leur volonté de revanche et de mort. Nygma tente une évasion en endormant le Pingouin avec une fléchette soporifique et en crochetant la serrure de sa cellule mais Oswald alerte les gardes et Nygma, battu et dépossédé de ses crochets, est contraint de s'allier avec son ennemi. Leur évasion réussie, ils se laissent cinq heures pour monter une armée avant de s'affronter face à face, Nygma avec les gangs et la pègre contre Oswald et l'armée monstrueuse d'Indian Hill.

Première diffusion : 22 mai 2017

S3 E20 • Six pieds sous terre

Après avoir pris le virus, Lee enterre Jim vivant dans un cercueil avec comme seule moyen de s'échapper, un échantillon du virus Tetch. Elle se dirige ensuite au GCPD pour les taquiner avec une radio CB et finit par être enfermée dans une cellule. Jim finit par manquer d'oxygène et n'a d'autre choix que d'injecter le virus dans son corps afin de se libérer et d'essayer de sauver la ville du virus d'Alice Tetch. Le Shaman, qui a exécuté la Cour des Hiboux restante, prépare Bruce à faire exploser la bombe depuis le siège de Wayne Enterprises. Alfred interroge Hugo Strange et apprend l'emplacement de Bruce et dit à Harvey qu'il pense que la bombe est à la gare voisine. Alfred arrive ensuite à Wayne Enterprises et tue le Shaman qui, dans ses derniers mots, redirige Bruce vers "La Tête de Démon". Cependant, la bombe, qui a été déclenchée lorsque le Shaman a saisi la main de Bruce, libère le virus à travers la ville. Pendant ce temps, Cobblepot se retrouve avec pour seule compagnie Ivy, les autres ayant déserté pendant sa capture. Lorsque Nygma vient le tuer, il est emmené par Fish Mooney, qui vient lui proposer une alliance.

Première diffusion : 29 mai 2017

S3 E21 • L'Appel du destin

La libération du virus Tetch a provoqué le chaos dans les rues de Gotham. Fish Mooney, Barbara et Nygma comptent profiter de l'anarchie pour mener leurs plans à bien. Gordon lutte pour garder le contrôle de lui-même suffisamment longtemps pour sauver la ville et Lee. Fish kidnappe Strange et parvient à trouver l'antidote au virus, mais elle est assassinée par Gordon, toujours infecté, et l'antidote est détruit. Cobblepot est arrêté par le GCPD après avoir été attaqué par les ninjas de La Ligue des Ombres. Cependant, Gordon propose à Cobblepot de le laisser partir et de l'échanger contre Jervis Tetch. Pendant ce temps, Barbara kidnappe Tetch afin d'obtenir son aide pour inverser les effets du virus. Bruce est furieux de la mort de son mentor et attend la Tête du Démon, mais Alfred veut le libérer de son conditionnement. Le jeune homme échappe à la vigilance de la police lorsqu'ils sont submergés par les personnes infectées et cherche Ra's Al Ghul, qui demande à Bruce de prouver sa valeur en empalant Alfred avec une épée dans la poitrine.

Première diffusion : 5 juin 2017

S3 E22 • Le Chevalier des ténèbres

Après avoir tué Alfred, Bruce se libère de son conditionnement et le fait revivre avec de l'eau du Puit de Lazare, tandis que Ra's al Ghul s'échappe. Barbara, Butch et Tabitha suivent Nygma après avoir enlevé Tetch pour l'échanger avec Gordon, qui commence à ressentir les effets du virus, et ne parvient plus à résister aux pulsions nourries par le virus Tetch. Le chaos continue de ravager Gotham alors que Nygma et Cobblepot mettent un terme à leur duel. A l'aide de Freeze, Cobblepot congèle Nygma et le conserve comme un trophée. L'ambition de Barbara retourne Butch et Tabitha contre elle. Barbara tire Butch dans la tête avant d'être électrocutée par Tabitha. Dans le coma, Butch est envoyé à l'hôpital, son nom de naissance étant révélé comme Cyrus Gold. Cobblepot propose également d'ouvrir une nouvelle night-club appelée "The Iceberg Lounge". Tabitha devient mentor de Selina et lui apprend comment utiliser un fouet. En utilisant le sang de Tetch, un antidote est synthétisé, et Gordon et Lee sont guéris. Avec Gotham guéri du virus, Lee sort de Gotham et laisse une lettre à Jim. Bruce est encouragé à prendre ses propres décisions par Alfred et devient alors un justicier masqué.

Première diffusion : 5 juin 2017