S5 E1 • Ticket gagnant

Le FBI et le CBI ont accepté de couvrir les circonstances réelles de la mort de Wainwright. Ils travaillent d'ailleurs sur un double homicide. Le double meurtre est bizarre : deux façons différentes de tuer les deux victimes. Patrick demande une seule chose : qu'ils ne prennent pas possession de Lorelei. Il affirme que s'ils ne l'ont plus sous leur surveillance, elle se fera soit tuer soit elle disparaîtra.

S5 E2 • La Tête ailleurs

L'équipe du CBI enquête sur la mort de Viktor Mendelssohn, 62 ans, un tailleur de diamants et propriétaire d'un magasin dans le quartier de San Francisco. La victime a été éviscérée avec une scie circulaire. Cho et Rigsby remarquent le changement d'attitude de Patrick, depuis les évènements survenus à la prison.

S5 E3 • Braquage de cœur

Patrick est chez le cordonnier afin de faire réparer ses souliers, au nord de Sacramento. Pas très loin de là se trouve la banque fédérale de Sacramento où un vol est en train de s'opérer. Un meurtre est aussi commis dans le coffre-fort de la banque. La victime est Ernie Wright, assistant du gérant de la banque. L'équipe doit déterminer si les braqueurs sont responsables ou non du meurtre d'Ernie Wright.

S5 E4 • De père en fils

Quand le père de Rigsby est retrouvé blessé sur une scène de crime, l'équipe doit savoir si cela est lié à une guerre des gangs.

S5 E5 • Un saut dans le passé

Huit ans plus tôt, Jane rencontre pour la première fois Lisbon, Rigsby et Cho. Il tient à lire le dossier John le Rouge mais Lisbon se montre désagréable envers lui alors qu'il a perdu récemment sa fille et son épouse. Afin qu'il n'attende pas inutilement Teresa, Virgil autorise Patrick à la suivre sur la scène du crime de Winston Dellinger. Teresa tente par tous les moyens de se débarrasser de Jane, mais celui-ci est tenace. Contre toute attente, Jane aide le CBI dans son enquête sur le meurtre de Winston Dellinger en utilisant ses « dons » pour démasquer le coupable. Cela lui vaut d'être embauché comme consultant au CBI, par Virgil.

S5 E6 • Coup monté

Un policier est retrouvé mort dans une banlieue chic. L'équipe se rend sur place et Patrick Jane questionne un homme à l'air suspect. Son nom est Isaac Goodwin. Ce dernier est contraint de révéler que son frère, Marcus, et son épouse, Pella, ont été enlevés, mais ceux-ci rentrent chez eux quelques heures plus tard, d'une escapade en forêt. Les victimes sont en fait le couple d'amis de Marcus et Pella, Gary et Sloan, qui, comme Patrick va le découvrir, gardait la maison du couple Goodwin en leur absence. Au moment où le ravisseur téléphone, Patrick Jane provoque le ravisseur afin de faire libérer un otage. C'est Sloan, l'épouse de Gary qui est libérée. Quand le ravisseur téléphone pour donner le rendez-vous pour la livraison de la rançon, c'est Sloan qui est désignée pour apporter l'argent dans un centre commercial. À l'insu de Sloan, l'équipe du CBI feint une intervention contre le ravisseur afin de démasquer les présumés ravisseurs.

S5 E7 • Sortie de route

À Loma Vist Point, un groupe de cyclistes décide de se prendre en photo, quand une voiture arrive et dévale la falaise, avant d'aller s'écraser au pied de celle-ci. Un homme dans une fourgonnette rouge, qui suivait la voiture, arrive près du groupe de cyclistes. En voyant l'accident, il décide d'aller porter secours à la victime et demande au groupe de cyclistes d'appeler les secours. En vérifiant qu'il n'y ait pas de témoin, le mystérieux samaritain tue la conductrice et repart comme il était venu. À peine débarqué à Loma Vist point, Patrick ne veut pas travailler sur une affaire d'accident, mais sur l'affaire Lorelei Martins. Après avoir regardé la carcasse de la voiture et la victime, Patrick déclare qu'il s'agit d'un meurtre, donc d'une scène de crime.

S5 E8 • La Cavale

Patrick Jane, avec l'aide de Bret Stiles, organise l'évasion de Lorelei Martins de la prison fédérale pour femmes à ChowChilla. Il fait croire au CBI que Lorelei et des complices de John le Rouge l'ont enlevée. Bob Kirkland de la sécurité intérieure, Teresa et le CBI se lancent alors dans la traque de Lorelei et Jane.

S5 E9 • Le Repenti

Patrick est hanté par les propos de Loreilei dû au fait qu'il aurait rencontré John le Rouge. Il entreprend donc d'écrire une liste de toutes les personnes qu'il aurait rencontrées et qui seraient susceptibles d'être le tueur.

S5 E10 • Mauvaises Graines

L'équipe enquête sur la mort de Jeremy Reese, tué par balle alors qu'il faisait de l'escalade dans un club de gym privé, à Clearlake. Alors que l'équipe fouille l'appartement de la victime à la recherche d'indices, Patrick Jane fait des découvertes étonnantes dont une boîte casse-tête. Il est persuadé que le contenu de la boîte est intimement lié à la mort de Reese

S5 E11 • Sous influence

Teresa a reçu les résultats de l'autopsie d'Amanda Shaw et confirme ses soupçons sur Tommy Volker. Elle demande à la juge Davis de lui signer un mandat, mais celle-ci est plutôt réticente. Teresa obtient malgré tout un mandat pour fouiller chez Tommy Volker. Par la suite, elle en demande un autre pour perquisitionner chez Charles Milk, l'homme de main de Tommy Volker, ce que la juge Davis refuse. Après le meurtre de Charles Milk, Teresa se résout à demander de l'aide à Jane pour coincer Tommy Volker.

S5 E12 • Un témoin encombrant

Horatio Jones travaille en tant que géologue chez V.N.X Energy. Se préparant à témoigner contre Tommy Volker, il est assassiné sous l'oeil attentif de ce dernier par Charles Milk et Don Clyde. Mais un enfant est témoin de la scène, puis découvert : Clyde refuse de le tuer, malgré la demande de Milk et le confie à une amie. Le corps de Horatio Jones ne sera découvert que deux mois plus tard par le CBI, peu de temps après le décès de Charles Milk. Patrick y découvre une auto téléguidée et en déduit qu'un enfant a été témoin du crime. Alors que Teresa s'occupe de coincer Volker, Patrick découvre l'identité du petit garçon, Marvin Pettigrew.

S5 E13 • Si près du but

Cela fait 10 ans que Teresa a quitté la police de San Francisco pour entrer au CBI. L'équipe et le personnel ont décidé de fêter l'occasion, ce qui embarrasse Teresa. Au même moment, Cho reçoit un appel de la police d'Elliston. Ils ont découvert trois squelettes âgés de 25 ans, des fils de fer, une bague et des balles dans le sous-sol d'une grange. Patrick, pour qui la scène de crime n'est pas intéressante, découvre le smiley de John le Rouge à l'extérieur de la grange. Les premières investigations sur la bague vont permettre d'identifier l'une des victimes : Lester Bradovich puis les deux autres victimes seront identifiées : Martin Talbot et Allan Charney.

S5 E14 • Le Papillon de nuit

Teresa joue au poker avec le juge Manchester, la sénateur Eileen Dawkins et Gale Bertram. Ce dernier a perdu une grosse somme face du juge et cela l'a mis de mauvaise humeur. Alors que Van Pelt a demandé à participer au programme d'entraînement White Hat, Teresa demande l'autorisation à Bertram pour que le CBI lui défraie les coûts de ce programme d'entraînement, ce qu'il refuse. Il prétend que le CBI n'a pas de budget pour ce type de programme. Teresa envoie Jane au bureau de Bertram afin de lui montrer comment jouer avec la bonne méthode au poker dans le but de gagner à la prochaine partie.

S5 E15 • Le Revers de la médaille

Patrick et l'équipe du CBI enquêtent sur la mort d'Elise Vogelsong qui a été brûlée dans sa maison, dont un mystérieux docteur s'inquiétait de ne pas avoir de ses nouvelles. Les premières informations de l'enquête se dirigent vers le phénomène de combustion spontanée du corps d'Elise, mais Patrick n'adhère pas à cette théorie. Au cours de l'enquête, Teresa et Patrick retrouvent le nom du docteur: Dr. Lance Reinhardt. Il affirme qu'Elise était sénile. De plus, Teresa et Patrick vont découvrir, derrière cette affaire, bien plus qu'un problème de mauvaise gestion de la fondation Vogelsong, mais une histoire de querelle de famille et de fraude. À la suite d'une de ces idées, Patrick va faire une découverte surprenante à propos d'Elise Vogelsong.

S5 E16 • Une promesse

L'équipe du CBI se voit imposer par Bertram l'équipe de Bob Kirkland et de la sécurité nationale dans l'enquête du meurtre de Julia Howard dont Lorelei Martin est la meurtrière. Patrick retrouve Lorelei, mais celle-ci refuse son aide. Elle veut vérifier si John le Rouge est impliqué dans le meurtre de sa sœur, Miranda. John le Rouge réussit à mettre la main sur Lorelei et à la supprimer, ce qui attriste Patrick.

S5 E17 • Rouge, Blanc et Bleu

L'équipe du CBI enquête sur la mort de Lucy Greene, médecin et caporal de l'armée, dont le corps a été retrouvé près d'une église. Au moment de débuter l'enquête, des soldats de l'armée arrivent et réclament de se charger de l'enquête, ce que refuse Teresa. Patrick démontre au chef de police que le CBI doit s'occuper de l'enquête en révélant que la victime est une adepte de blues. Au cours de l'enquête, Teresa et son équipe découvriront que Lucy protégeait une collègue, victime de harcèlement sexuel. Cho s'assure que la victime d'harcèlement sexuel soit bien entendue. Patrick réussit à faire retrouver la mémoire à un soldat victime de trouble de la mémoire et qui est le seul témoin du meurtre de Lucy.

S5 E18 • Derrière le rideau

Patrick est à l'hôpital dans l'attente et l'espoir que Jason Lennon, le seul témoin proche de John le Rouge, se réveille de son coma, mais il est vite escorté par l'équipe de Robert Kirkland. Pendant ce temps, l'équipe enquête sur la mort de Sharon Warwick, 23 ans, actrice dans la comédie musicale Torch. Au moment où le spectacle commençait, Sharon est tombée du troisième étage en atterrissant sur une voiture. Patrick sème la zizanie au sein de la troupe de Torch afin de démasquer le meurtrier.

S5 E19 • Dans l'enveloppe

L'équipe du CBI enquête sur la mort de Hollis Percy, 61 ans, propriètaire d'une ville du nom de Percy. Le CBI suit plusieurs pistes dont celle d'une explosion d'un laboratoire de drogue. Au cours de l'enquête, Patrick et le CBI découvrent que Hollis vendait peu à peu la ville et que quelques proches collaborateurs n'appréciaient pas. Ils vont découvrir, derrière le meurtre d'Hollis, une bien triste histoire de famille.

S5 E20 • Docteur Love

L'équipe du CBI enquête sur la mort de Missy Robert, 32 ans, abattue en tenue de sport dans sa salle de bain. Au début de l'enquête, Teresa n'étant pas là, Wayne cherche Patrick. Cho lui suggère de lui téléphoner. Patrick répond et annonce à Wayne qu'il est occupé, mais qu'il veut bien l'aider. Il demande à Wayne et à Cho de lui décrire, par téléphone, le corps ainsi que les pièces de la maison. Arrivée à la cuisine, Wayne découvre et dit à Patrick que la dame est mince, mais que le mari, un dirigeant d'une société d'électroménager de luxe, Kip Robert est grassouillet. Wayne découvre ainsi une feuille d'entraînement et des cupcakes de couleur rouge velours. Patrick, qui en déduit que le mariage de Kip et Missy n'était pas très bon, demande à Cho et Wayne de trouver Kip pour avoir des explications. Au cours de l'enquête, Teresa et Patrick confirme que le couple battait de l'aile et qu'ils voyaient le docteur de l'amour, Buddy Hennings, afin d'améliorer leur mariage. Patrick demande à Wayne et Grace de jouer le jeu afin de démasquer le coupable dans l'émission de Buddy Hennings, mais la démarche se finalise sur un règlement de compte pour les deux.

S5 E21 • C'est dans la boîte

Un cadavre est retrouvé chez J.J Laroche. Il demande à Teresa que Patrick soit assigné à l'enquête. D'après les premières informations de l'enquête, Laroche revenait de New York, quand il a surpris deux cambrioleurs dans sa maison.

S5 E22 • Les nouvelles règles du jeu

Patrick fait brûler les indices se trouvant sur son tableau et annonce à Lisbon qu'il est tout près de découvrir qui est John le Rouge. Comme cela fait une semaine qu'il n'a pas dormi, il va se reposer. Lisbon le réveille, car un meurtre d'une femme inconnue a été commis dans un motel de Sacramento et les autorités pensent que c'est John le Rouge,