S13 E1 • D'entre les morts

Après s'être fait tirer dessus par Luke Harris en Irak, Gibbs est transporté à bord d'un navire-hôpital et tous les moyens sont mis en œuvre pour tenter de le sauver. Pendant ce temps, DiNozzo et Joanna Teague se rendent à Shanghai dans l'espoir de mettre fin, une bonne fois pour toutes, aux agissements de l'organisation terroriste connue sous le nom de "La Vocation".

S13 E2 • Une affaire personnelle

Gibbs demande à l'équipe d'aider l'agent de la DEA Luis Mitchell dans une affaire, mais DiNozzo découvre qu'il y a un lien personnel entre l'agent Gibbs et son souhait d'aider Mitchell à résoudre l'enquête. Aussi, l'équipe parle du nouveau look de Gibbs lorsque celui change sa coupe de cheveux militaire standard et ses polos pour une coupe moderne et des chemises sur mesure.

S13 E3 • Incognito

Après qu'un marine est retrouvé assassiné à Quantico quelques heures après avoir appelé Gibbs à propos d'une affaire, Bishop et McGee vont devoir se faire passer pour un couple marié afin de surveiller un lieutenant de la Marine et son épouse.

S13 E4 • Un partenaire particulier

Vance retourne sur le terrain quand un homicide est relié à un ancien agent du NCIS. Il demande de l'aide à Gibbs.

S13 E5 • Abby contre-attaque

En visitant un labo pharmaceutique, Abby est prise en otage et sans aucune communication.

S13 E6 • Compromission

Le NCIS doit dire si un marine tué est la victime d'un tueur en série ou d'un Copycat. McGee et Delilah doivent apprendre à faire des compromis avant de vivre ensemble.

S13 E7 • Elémentaire mon cher

Ducky doit détailler sa vie dans une société secrète lorsqu'un marine à la retraite forcée est tué.

S13 E8 • Sauveteurs sans frontières

DiNozzo retrouve son ex-petite amie, Jeanne Benoit, lorsque des insurgés au Soudan attaquent un groupe de médecins bénévoles, dans lequel se trouve son mari. DiNozzo et McGee se rendent alors sur la scène de crime pour enquêter sur les meurtres et enlèvements et se joignent à la recherche des médecins disparus.

S13 E9 • Une deuxième chance

Afin de réhabiliter son nom, un quartier-maître se porte volontaire pour la cour martiale si le NCIS accepte de mener l'enquête après que son affaire pour meurtre ait été rejetée à cause d'un problème de mandat. Pendant ce temps, Bishop et Jake discutent de leurs problèmes conjugaux.

S13 E10 • Le don de soi

Dans l'espoir d'épargner à une famille une nouvelle tragédie, la Secrétaire de la Marine demande au NCIS d'aider un marin qui se bat contre une leucémie à trouver un donneur de moelle osseuse après la mort de son frère et sa sœur dans l'exercice de leurs fonctions. Pendant ce temps, Bishop rentre chez elle, en Oklahoma pour fêter Thanksgiving.

S13 E11 • Jusqu'au bout du monde

Après que Ducky ait été attaqué par un homme qui prétend avoir des informations sur son demi-frère mort il y a quelques décennies, l'équipe du NCIS se met à la recherche du suspect ce qui plonge Ducky dans les derniers moments passés avec son frère. Aussi, à l'approche des fêtes, Bishop et Jake discutent de l'avenir de leur relation.

S13 E12 • L'union fait la force - 1er partie

After the passengers and crew of a private plane traveling from New Orleans to Washington D.C. are lethally poisoned, all evidence points to the missing chef, Abby’s brother, Luca. Gibbs and the D.C. team work in conjunction with Pride and the New Orleans team to locate Luca and determine why a private tech company was targeted. (Sister City (2) aired on NCIS: New Orleans, season 2, episode 12.)

S13 E13 • Déjà vu

Alors qu'ils enquêtent sur le meurtre d'un marin qui devait témoigner dans un grand jury, l'équipe du NCIS découvre la renaissance d'un trafic humain international. Pendant ce temps, McGee espère passer la nuit dans la maison d'un collègue après qu'une tempête provoque des pannes de courant massives dans la ville.

S13 E14 • De Profundis

Quand un scaphandrier est assassiné sur son lieu de travail, son corps et ses collègues suspectés de meurtres doivent rester dans une chambre de décompression pour 4 jours, laissant l'équipe du NCIS terminer une enquête peu orthodoxe à l'extérieur de la chambre

S13 E15 • La rançon du pouvoir

Quand la Secrétaire à la NAVY Sarah Porter apprend que sa fille a été kidnappée, l'équipe du NCIS s'associe au FBI pour suivre le cas, déterminé à la ramener chez elle. Pendant ce temps, l'ami d'enfance de McGee, l'agent spécial du NCIS Valerie Page est en ville pour assister l'équipe avec des tactiques d'entraînement avancés.

S13 E16 • L'adieu aux armes

Le Docteur Cyril Taft expérimente la vitesse d'une affaire du NCIS après qu'il est assigné à un devoir chirugical pour un suspect de Gibbs et qu'il trouve des évidences clés. Pendant ce temps, DiNozzo passe voir Jeanne Benoit alors qu'il enquête sur des docteurs au Soudan.

S13 E17 • Nuit blanche à Washington

Les plans personnels de l'équipe du NCIS sont interrompus lorsque chacun d'entre eux tiennent des erreurs dans ce qui semble être une simple affaire terminée. Pendant ce temps, McGee et Delilah se disputent sur l'importance de ne pas discuter du travail pendant le dîner alors que DiNozzo s'ennuie avec son rencard qui parle que de boutique.

S13 E18 • Hallelujah

L'équipe du NCIS enquête sur l'embuscade mortelle d'un groupe de snipers en Irak après qu'un couple d'américains ait été attaqué au même endroit six mois plus tard. Gibbs tente de lier connaissance avec le seul survivant, le sergent Davis, traité pour un SPT au Walter Reed Medical Center afin de découvrir des indices.

S13 E19 • Un doute raisonnable

L'équipe du NCIS doit déterminer qui ment, la femme ou la maitresse, après que les femmes s'accusent mutuellement pour le meurtre d'un officier des Affaires Publiques de la Navy. En même temps, Anthony DiNozzo Sr aide une femme sans-abri qui croit qu'il est son père.

S13 E20 • Charade

Après que l'identité de Tony fut volée par de multiples responsables, les faux Agent Spécial DiNozzo commence faire du chantage à des sénateurs.

S13 E21 • L'espion qui m'aimait

Gibbs et l'agent du FBI Fornell s'unissent après que 2 prisonniers britanniques, incluant un ancien espion, s'échappe et arrive aux Etats-Unis via un conteneur d'expédition. Pendant ce temps, McGee est occupé à trouver un appartement et à savoir comment DiNozzo a obtenu son somptueux appartement

S13 E22 • Sur tous les fronts

Quand un jeune de 14 ans déjoue une invasion de domicile, Gibbs le soupçonne de détenir des détails pertinents. En outre, le Directeur Vance et l'Agent Fornell se rendent à Londres dans le cadre d'un dossier en cours sur un espion britannique en fuite.

S13 E23 • L’oeil du traître

L'équipe du NCIS, aux côtés du FBI et du MI6, continue leur chasse à l'homme internationale d'un espion britannique qui est en fuite alors qu'il a laissé derrière lui des collègues qui se battent pour leurs vies en réanimation.

S13 E24 • La famille avant tout

Les équipes du NCIS, du FBI et du MI6 continuent une traque internationale pour un espion britannique échappé qui cible les agents actuels et anciens.