S6 E1 • Haute trahison

L'enquête sur le meurtre d'un contremaître de la Marine conduit Gibbs à mettre à jour une connection troublante entre le crime et la décision de Vance, le nouveau directeur du NCIS, de dissoudre l'équipe de Jethro...

S6 E2 • Agent embarqué

Alors qu'il se trouve toujours sur le porte-avion américain USS Seahawk (depuis 132 jours), Tony est appelé d'urgence car un lieutenant de la Navy aurait sauté par-dessus bord. Néanmoins cette affaire aurait une relation avec différents meurtres...

S6 E3 • En toute confiance

Deux étudiants tombent, lors d'une balade à vélo dans un parc, sur le cadavre d'une femme, qui se révèle être un Officier de la Marine. C'est alors que Gibbs reçoit un appel d'une vieille connaissance avec qui il avait servi autrefois, et qui est devenu depuis Sénateur. L'enquête l'amène alors lui et son équipe dans les locaux du Sénat des Etats-Unis.

S6 E4 • Retrouvailles

Suite à une bagarre dans un bar, un marine est jeté dehors par le videur ainsi que deux de ses collègues. Ayant oublié sa carte de crédit à l'intérieur, il laisse ses amis seuls à l'entrée quelques minutes. A son retour, il les retrouve tous deux gravement blessés ; l'équipe du NCIS est ainsi appelée afin de mener l'enquête, qui les conduira par ailleurs dans la ville natale de Gibbs, ceci donnant lieu à des scènes...inédites.

S6 E5 • Protéger et honorer

Un marine est retrouvé mort dans son garage après avoir été torturé. Mais lorsque Gibbs veut interroger un de ses proches, il s'avère que celui-ci fait l'objet d'une protection rapprochée du FBI...

S6 E6 • Primitus Victor

Un cadavre est retrouvé dans une citerne d'une base de la marine. Dans sa bouche, une capsule contenant un papier sur lequel est inscrit une adresse web. Celle-ci mène à un second cadavre et un second papier. Au recto de ce second papier, une seconde adresse. Au verso un message: "Hello Agent Gibbs".

S6 E7 • Question d'instinct

Une nouvelle recrue, Dwayne Wilson, se joint à l'équipe de Gibbs pour aider à résoudre le vol d'une banque à Quantico. Vol au cours duquel Rudy Vittorio, garde de sécurité, a été abattu.

S6 E8 • Domino (1)

Gibbs et son équipe découvrent un corps ayant été livré à une base militaire top secrète de la marine. Cette base militaire contient Domino, c'est à dire le plan militaire des Etats-Unis dans le cas d'une attaque militaire au Moyen-Orient, en particulier Israel.

S6 E9 • Domino (2)

Un ex-agent de la NSA accusé d'avoir volé des informations top secrètes, est recherché par le NCIS pour l'enlèvement de la fille de l'agent spécial Michelle Lee.

S6 E10 • Fight club

La team enquête sur la mort d'un quartier-maître tué dans un accident de voiture. L'investigation montre que ce dernier participait à des combats clandestins.

S6 E11 • Le fantôme de Noël

La police de Washington est sur une affaire de vol avec un double meurtre de personnes âgées. L'agent en charge de l'enquête, une vieille connaissance de DiNozzo, fait appel au NCIS car les empreintes d'un quartier-maître vétéran du Vietnam sont retrouvées sur les lieux.

S6 E12 • Otages

McGee est pris au piège dans une prison pour femmes après une émeute et prend les devants pendant que l'équipe étudie le meurtre d'un garde.

S6 E13 • Le porteur de mort

Alors qu'il travaille sur une scène de crime, Ducky est poignardé et l'équipe découvre des secrets sur son passé pendant l'enquête.

S6 E14 • La bague au doigt

Le NCIS enquête sur le meurtre étrange d'un sergent dont la vie privée louche pourrait être à la base de son meurtre.

S6 E15 • Force de dissuasion

L'équipe du NCIS enquête sur la mort d'un marine et se retrouve liée à un gang. Gibb doit confronter son passé après avoir trouvé un message sur une scène de crime.

S6 E16 • La règle 38

Quand l'une des anciennes enquêtes de Tony est réouverte, il échange son rôle avec Gibbs afin de fermer enfin le dossier.

S6 E17 • La chevauchée sauvage

Quand un de leurs collègues est tué, l'équipe du NCIS se dirige dans le désert afin de retrouver une femme qui pourrait avoir des réponses concernant le mystérieux meurtres.

S6 E18 • K.O

Gibbs creuse dans le passé de Vance après que le Directeur lui ait emprunté son équipe pour une enquête sur le meurtre de l'un de ses amis.

S6 E19 • Innocence perdue

Une arme est retrouvée dans la chambre d'un enfant. Lorsqu'Abby découvre de la matière cervical dessus, l'équipe de Gibbs est envoyé sur les lieux.

S6 E20 • L'heure des comptes

Gibbs et son équipe doivent retrouver un des criminels les plus recherchés par le NCIS.

S6 E21 • Échec et mat

Le FBI enlève Abby au NCIS pour reprendre des travaux secrets menés par un scientifique qui a mystérieusement disparu. L’équipe de Gibbs s’inquiète pour la sécurité d’Abby, à son tour menacée de mort...

S6 E22 • Légende (1)

L'équipe de Gibbs travaille sur le meurtre d'un 1ère classe de la Marine. Deux frères éveillent très vite les soupçons. L'enquête, dirigée par une autre équipe du NCIS, rejoint une affaire de trafic d'armes. Gibbs, McGee, Tony et Ziva se déplacent à Los Angeles pour collaborer avec les agents spéciaux Alexis Callen, Clara Macy, Nate "Doc" Getz, Lo Kensi, Sam Hanna et Dominic Vaile...

Première diffusion : 28 avril 2009

S6 E23 • Légende (2)

Alors que l'équipe de Gibbs travaille conjointement avec l'équipe en charge du trafic d'arme, Alexis Callen est toujours sous-couverture afin de le démanteler. L'enquête prend un nouveau tournant lorsque le NCIS se rend compte qu'un agent du Mossad a pris la place du trafiquant d'arme...

Première diffusion : 5 mai 2009

S6 E24 • Poker menteur

Après qu'une faille dans la sécurité de la résidence du SecNav a conduit à la mort d'un agent de l'ICE, Gibbs et son équipe sont contraints de travailler avec l'agent Julia Foster-Yates, supérieure de la victime, et l'agent Tobias Fornell (FBI), pour trouver le tueur. L'enquête conduit l'équipe à un ennemi familier.

S6 E25 • Aliyah

A la suite de la confrontation entre Dinozzo et Michael Rivkin, Ziva est de retour en Israël avec Gibbs et l'équipe pour "rendre des comptes" à son père, l'énigmatique et puissant chef du Mossad. Alors que la situation est extrêmement tendue et que Tony, "sur le grill", est sérieusement mis en cause par les services secrets israéliens, Gibbs va être contraint de prendre une décision qui va impacter l'avenir de son équipe...