S2 E1 • Nouvelle donne

Nikita et Michael complotent pour abattre la Division et Oversight et sont prêts à utiliser le contenu de la boîte noire pour cela. Amanda est maintenant à la tête de la Division, mais Oversight a désigné un de leur agent nommé Sean pour garder un œil sur elle. La Première mission d'Amanda est de récupérer de la Boîte Noire de Nikita, et elle compte sur l'aide d'Alex pour cette mission. Cependant, Alex refuse jusqu'à Amanda lui dise qu'elle va l'aider à trouver l'homme qui a tué le père d'Alex. Pendant ce temps, Nikita et Michael trouvent de l'aide auprès d'un allié improbable.

Première diffusion : 23 septembre 2011

S2 E2 • Les marionnettes

En enquêtant sur un vieux programme de la division corrompue, P9, qui semble avoir refait surface, Nikita et Michael rencontrent Owen. Il leur dit qu'il est à la recherche du Dr Joseph Mars, qui n'est pas seulement le cerveau derrière P9, mais qui a aussi inventé les "Regimen" et pourrait aider à sevrer Owen de la drogue dangereuse. Michael hésite à faire confiance à nouveau à Owen, mais Nikita que décide les trois doivent unir leurs forces. Percy demande à voir Alex.

Première diffusion : 30 septembre 2011

S2 E3 • L'homme de fer

Birkoff révèle à Nikita et Michael qu'un des fichiers de la Boîte Noire indique qu'un terroriste international nommé Ramon, crédité pour de nombreux assassinats politiques graves, travaille en fait pour la Division. Nikita en est bouleversée car elle était l'agent qui a capturé Ramon et livré à Percy. Amanda convainc Alex de tuer Anton Kochenko, un homme qui travaillait pour le père d'Alex, et prévoit de faire de Ramon l'assassin aux yeux du monde. Toutefois, lorsque Nikita défait le plan d'Amanda, celle-ci se défend en prenant ce que Nikita aime le plus...

Première diffusion : 7 octobre 2011

S2 E4 • Laissée pour compte

Nikita apprend que Kelly, son ancienne partenaire au sein de la Division, s'est échappée d'une prison turque. Elle en est stupéfaite, la croyant morte au cours de la mission où elle a quitté la Division et s'en voulant depuis pour cela. Sachant qu'Amanda poursuivra Kelly, Nikita décide d'aller en Turquie pour l'aider. De son côté, Amanda envoie Alex et Roan pour empêcher les anciennes partenaires de se retrouver...

Première diffusion : 14 octobre 2011

S2 E5 • La première dame

Michael découvre que Cassandra, une femme qu'il a séduite lors d'une mission pour la Division, est en danger. Se sentant coupable de la façon dont les choses s'étaient terminées, il veut l'aider, mais Nikita soupçonne qu'il ya plus que le soulagement de sa conscience. Amanda manipule Alex et Sean pour avoir leur aide sur une mission en Biélorussie, mais Sean découvre les petits mensonges d'Amanda et commence à douter des véritables motifs de la Division...

Première diffusion : 21 octobre 2011

S2 E6 • Test de paternité

En analysant le contenu de la Boîte Noire, Birkoff tombe sur le certificat de naissance de Nikita. Nikita et Michael partent donc rencontrer le père de Nikita, Richard, mais la réunion ne se déroule pas tout à fait comme prévu. Percy dit à Alex que la boîte noire que Nikita détient contient des informations qui pourraient l'aider à venger la mort de son père.

Première diffusion : 28 octobre 2011

S2 E7 • Meurtres à la hausse

Bien qu'en prison, Ryan découvre des preuves révélant la façon dont Oversight se finance. Il arrange une rencontre pour en informer Nikita, mais Amanda intercepte leur message codé et en informe Oversight, qui décide de l'interroger. Nikita et Michael décide de faire évader Ryan de tout urgence avant qu'Oversight le récupère. Pendant ce temps, Alex découvre que Gogol est sur ses traces, et se retrouve ainsi face à face avec une personne de son passé...

Première diffusion : 4 novembre 2011

S2 E8 • L'appel de Londres

Michael s'inquiète pour Cassandra quand il découvre qu'un général, Tupolev, la menace de mort. Il l'accuse d'avoir volé 2 millions de dollar et veut les récupérer. Michael et Nikita partent donc l'aider à Londres mais comme l'histoire ne tient pas, Nikita s'interroge sur ce que Cassandra peut leur cacher. Pendant ce temps, Percy tente Alex en lui proposant de lui fournir les moyens de se venger...

Première diffusion : 11 novembre 2011

S2 E9 • Sauver Birkohff

Nikita vide la caisse noire d'Oversight, les forçant ainsi à organiser une réunion d'urgence. Nikita et Birkoff espèrent ainsi espionner et identifier les autres membres d'Oversight. Mais l'affaire tourne mal et Birkoff est capturé et emmené à la Division, où Amanda le torture pour découvrir où est Nikita. Pendant ce temps, Alex décide de mettre en oeuvre sa vengeance. Étant recherchée par Gogol sur tout le territoire dirigé par Semak, elle se rend compte que le seul moyen de retourner en Russie est le même que celui qui l'en a fait sortir, le réseau de prostitution clandestine...

Première diffusion : 18 novembre 2011

S2 E10 • Dangereuses alliances

Michael étant à Londres avec son fils, Nikita se tourne vers Owen pour voler la Boite Noire d'un gardien. Mais elle découvre qu'Owen travaille avec des personnes qui pourraient compromettre toute son opération. De son côté, Amanda découvre que les informations qu'Alex a reçues sur Semak ne peuvent provenir que de Percy. Furieuse que Percy se soit joué d'elle, elle lui retire tous ses privilèges. Enfin de retour en Russie, Alex se dirige vers la maison de son ennemi, mais une surprise de taille l'y attend...

Première diffusion : 2 décembre 2011

S2 E11 • Le berceau des illusions

La vengeance d'Alex pour détruire Semak arrive à son terme lorsqu'elle s'infiltre dans sa maison d'enfance et se retrouve face aux fantômes de son passé. De son côté, Nikita se retrouve elle aussi dans cette demeure mais pour voler la Boîte Noire qui est entre les mains de Gogol. Nikita et Alex se rencontrent et décident de s'rentraider, mais se retrouvent prises au piège devant un problème imprévu. Pendant ce temps, Michael et Owen unissent leurs forces pour découvrir le plan secret de Percy impliquant les Gardiens...

Première diffusion : 6 janvier 2012

S2 E12 • Divisions

Nikita retrouve ses amis et tous en profite pour resserrer les liens. Pendant ce temps, Percy menace Amanda en prédisant son évasion imminente et Sean se rapproche de Nikita, dans le but de protéger sa mère, qui elle essaye de raisonner les membres d'Oversight prêts à prendre une décision radicale contre la Division...

Première diffusion : 13 janvier 2012

S2 E13 • Opération Clean Sweep

Le plan de Percy a été lancé : soit il est libéré, soit les membres d'Oversight sont tués tandis qu'un gaz tue tous les membres de la Division. Amanda n'a d'autre choix que de gagner du temps en laissant Percy partir. Malgré leur lutte contre elle, Nikita, Michael et Alex aidé de Sean décident de sauver la Division. Alex retourne à la Division tandis que les autres partent sauver les membres d'Oversight...

Première diffusion : 3 février 2012

S2 E14 • Le programme

Maintenant que Percy est libre, son seul but est de récupérer la Division. Pour se venger de l'intervention de Nikita, il la menace de tuer Carla, la femme qui l'a sortie de la rue quand elle était une junkie. Pour éviter cela, Nikita lui fait passer un message par l'intermédiaire de Madelin, malheureusement intercepté par Percy. Une course s'engage alors entre eux pour retrouver Carla... Pendant ce temps, Amanda convaint Alex qu'il est temps pour elle de contrer Semak et de révéler au monde entier qu'Alexandra Udinov est en vie...

Première diffusion : 10 février 2012

S2 E15 • Aux origines

Nikita et Michael aident Carla à se souvenir de son passé, qui pourrait contenir la clé de la chute d'Amanda. En même temps, Alex se dévoile lors d'une conférence de presse organisée par Semak, forçant celui -ci à agir s'il ne veut pas perdre son empire volé...

Première diffusion : 17 février 2012

S2 E16 • Union et décision

Des agents de la division sont assassinés les uns après les autres, et tout pointe vers Gogol. En tentant de sauver la future victime, Nikita et Michael découvrent que l'attaque vient en fait de Percy, souhaitant ainsi révéler les liens entre Amanda et Ari. Coincée, Amanda demande à Nikita de capturer Percy en échange de Ryan Fletcher...

Première diffusion : 16 mars 2012

S2 E17 • L'effet papillon

Après que Michael découvre un nouveau secret sur Cassandra, il fonce la retrouver à Moscou en compagnie de Nikita. En même temps, Ari met en œuvre un plan pour se débarrasser de Semak, et Alex tente de joindre sa mère via la télévision.

Première diffusion : 23 mars 2012

S2 E18 • La roue tourne

Amanda et Ari ont provoqué une réunion du comité de direction de Zetrov dans le but d'en prendre le contrôle. Après un face à face tendu entre Nikita et Amanda, Nikita se rappelle de sa relation avec Amanda lors de son arrivée à la Division Pendant ce temps, Alex essaye de contrecarrer Ari en faisant une apparition au comité de direction...

Première diffusion : 30 mars 2012

S2 E19 • Un mal pour un mal

Brandt,un ex-criminel capturé par Nikita, s'évade de prison grâce a Percy. Cette évasion à pour but la récupération d'un équipement nucléaire détenu par Brandt. Brandt libre tue la sénatrice Madeline Pierce sous les yeux de Sean. Ceci a pour but de faire sortir Nikita de sa tanièrepour la capturer. Son entreprise réussit, Nikita est enlèvée par Brandt et torturée. Brandt veut la faire souffrir comme elle l'a fait souffrir des années auparavant. En effet au cours d'une des mission pour la Division, elle l'a torturée allant jusqu'à lui arraché un œil. Un acte de torture fait de son propre chef sans en avoir reçu l'ordre de Percy. Brandt se rend très vite compte qu'il ne viendra pas à bout de Nikita en la torturant physiquement. Il sollicite alors l'aide de Percy...

Première diffusion : 20 avril 2012

S2 E20 • Signé Shadow Walker

Nikita convainc Birkhoff d'utiliser 20 millions de dollars de son propre argent pour piéger Percy. Toutefois, les choses tournent mal, et celui qui devait être pris vole plutôt le magot ! Comble du malheur, le génie de l'informatique se fait arrêter par le FBI après être entré par effraction dans un réseau informatique. Percy envoie une équipe pour récupérer Birkhoff, mais Nikita, Michael et Sean ne l'entendent pas ainsi.

Première diffusion : 27 avril 2012

S2 E21 • Coeur de cible

Percy a obtenu les codes pour lancer un missile, il lui manque juste le missile. Ryan pense que le seul moyen d'obtenir le maximum d'informations est de contacter la CIA. Mais après ce qu'il leur est arrivé l'an passé, Nikita est absolument contre. Malheureusement, ils n'ont pas le choix et Ryan est persuadé que le nouveau directeur de la CIA, Morgan Kendrick, est un type bien. Nikita l'ayant déjà croisé lorsqu'elle travaillait pour Division n'a pas confiance. Sean a été grièvement blessé alors qu'il tentait d'empêcher Percy d'obtenir les codes ; Alex s'occupe de lui.

Première diffusion : 4 mai 2012

S2 E22 • La meilleure défense...

Percy utilise les services de Robbie, une ancienne recrue de Division que Alex croyait mort. Celui-ci a attaqué une base et a volé des composants électroniques. Nikita et Michael rendent visite à l'un des ingénieurs qui travaillaient sur un vieux programme "Crossbow" mais avant que ce dernier explique ce que ce programme peut faire, il se fait tuer par une équipe envoyée par Percy.

Première diffusion : 11 mai 2012

S2 E23 • ... C'est l'attaque

Déterminés à capturer Percy, qui se terre dans son bureau, Nikita et Michael s'en approchent dangereusement. Alex et Sean prennent part à un échange de coups de feu mortel avec des Marines, tandis que Ryan doit convaincre le président des États-Unis de ne pas détruire le quartier général de la Division jusqu'à ce que Nikita et Michael en soient sortis. Toutefois, le chef d'État est impatient de mettre fin au règne de Percy... et ce dernier a encore plus d'un tour dans son sac.

Première diffusion : 18 mai 2012