S1 E1 • La Machine

John Reese, un ancien agent de la CIA et soldat dans les Forces Spéciales qui est devenu maintenant un sans-abri et sombre dans l'alcoolisme, se livre à une bagarre contre un groupe d'adolescents qui essaye de lui voler sa bouteille d'alcool. Il est emmené au poste de police, mais il est libéré avant que l'inspectrice Joss Carter ne l'interroge sur ses liens avec plusieurs meurtres. Reese est emmené rencontré Harold Finch, un millionnaire et le créateur d'un logiciel nommé « La Machine ». Après les attaques du 11 septembre, Finch a développé le logiciel qui est capable de prédire de nouvelles attaques en s'appuyant sur de nombreuses données. La Machine peut aussi prédire les crimes ordinaires et donne les numéros de sécurité sociale des personnes qui y seront impliquées, mais le gouvernement a décidé de ne rien faire. Finch demande à Reese à travailler pour lui pour aider ces personnes en danger. Reese accepte l'offre de Finch, et les deux doivent alors aider Diane Hansen, une assistante qui travaille au bureau du procureur. Reese l'espionne pour découvrir dans quoi elle est impliquée mais découvre qu'elle n'est pas la victime, mais une criminelle qui dirige un groupe de policiers corrompus et prépare un meurtre. Reese fait chanter Lionel Fusco, l'un des policiers corrompus et devient maintenant sa source d'informations au sein de la NYPD.

S1 E2 • Besoin de Personne

La Machine a sorti le numéro de Teresa Whitaker, une fille présumée morte avec le reste de sa famille des années auparavant. Reese découvre que le meurtre a été maquillé en meurtre-suicide et que la fille est toujours en vie et qui est la cible de la personne qui a tué sa famille. L'inspectrice Carter commence son enquête sur Reese et essaye d'accéder à son dossier en utilisant ses empreintes, mais elle découvre qu'il a été supprimé.

S1 E3 • Braquages

Reese et Finch doivent aider Joey, un ancien soldat. Juste après son retour d'Irak, Joey rejoint un gang de braqueurs de banques composé d'anciens soldats. Reese rejoint le gang et leur mission est de voler une boite de dépôt des preuves de la NYPD. Ils volent un dossier nommé « Elias, M. », mais Latimer, leur chef, les a trahi et commence à les éliminer un par un et s'échappe. Reese découvre après que Latimer a été assassiné après avoir donné le dossier à son employeur. Le dossier contient des photos d'un des crimes.

S1 E4 • Soulager la Souffrance

Reese surveille le Dr Megan Tillman qui, selon la machine, sera impliqué dans un crime. Lui et Finch croient qu'elle est la cible d'Andrew Benton, accusé dans le passé de persécution, de harcèlement, et d'agressions sexuelles mais n'a jamais été inculpé. Ils découvrent après que c'est Tillman qui le traque et a planifié un plan pour l'assassiner ; l'une des victimes de Benton était la sœur de Tillman et s'est suicidée juste après l'agression. Reese attaque un groupe de dealers qui ont menacé Fusco et vole leurs drogues pour piéger Benton avant que Tillman ne l'atteindre. Après avoir visionné l'enregistrement de braquage de dépôt, Carter découvre que Finch est probablement lié à Reese. Pour saboter l'enquête de Carter, Reese réussit à faire chanter un capitaine de police pour faire transférer Fusco au poste de police où elle travaille.

S1 E5 • Le Dernier Jugement

Un gang polonais connu sous le nom SP-9 kidnappe le fils de Samuel Gates, un juge qui mène une lutte personnelle contre le crime. Pour la libération de son fils, les kidnappeurs ont demandé qu'il fasse en sorte qu'une banquière, accusée de délit de fuite, sorte libre. Finch découvre qu'elle les aide pour blanchir leur argent. Reese, avec l'aide de Fusco qui lui analyse des preuves de la scène de crime, essaye de trouver l'endroit où se cachent les kidnappeurs.

S1 E6 • La Négociatrice

Reese doit aider Zoe Morgan, une fixeuse professionnelle, et pour cela il devient son chauffeur. Reese la sauve des hommes d'un dirigent d'une grande compagnie pharmaceutique qui ont été sur le point de l'assassiner après leurs avoir remis l'enregistrement qu’ils l’ont chargé de récupérer. Finch découvre que l'affaire est liée à celle de Dana Miller. Avant qu'il ne rencontre Reese, la Machine a déjà sorti son numéro, mais Finch n'a pas pu la sauver. Pendant ce temps, Carter enquête sur une affaire de meurtre dont l'arme de meurtre est celle utilisée dans l'affaire de « Elias M. ».

S1 E7 • Protection de Témoin

Reese doit protéger Charlie Burton, un professeur d'histoire qui a été témoin dans un meurtre commis par la mafia russe. Reese et Burton s'enfuient et se rendent dans un territoire contrôlé par la mafia bulgare et Reese perd le contact avec Finch. Pendant ce temps, Carter cherche elle aussi Burton pour le protéger. Reese réussit à sauver Charlie mais il s'avère que Charlie est Elias et avertit Reese de rester en dehors de son chemin. Reese se sent coupable d'avoir sauvé la vie d'un criminel.

S1 E8 • Passage à l'Ouest

Reese et Finch traquent Ulrich Kohl, un ancien agent de la Stasi. Kohl, qui a été emprisonné pendant vingt-quatre ans par le gouvernement allemand, s'est échappé et recherche à tuer ses anciens compagnons Hauffe, Wernick et Steiller, qui l'ont vendu aux gouvernements américain et allemand en échange de nouvelles vies à New York. Kohl croit qu'ils sont responsables du meurtre de sa femme Anja, mais il apprend qu'elle est toujours en vie et a une fille. On apprend aussi que Reese était lui aussi un espion et que John Reese est un alias qui lui a été donné par un autre agent de la CIA.

S1 E9 • Il Faut Sauver Carter

Reese doit protéger l'inspectrice Carter qui est devenu la cible de Carl Elias. Cette affaire est compliquée pour Reese puisqu'il ne peut pas approcher Carter. Carter enquête le meurtre d'un adolescent. Reese réussit à sauver la vie de Carter.

S1 E10 • Quarté Perdant

Reese et Finch doivent protéger cette fois-ci quatre personnes et selon Finch ils sont tous liés. Reese découvre qu'une des personnes est morte et n'a pas pu empêcher le meurtre d'une autre. Il découvre que tous les quatre étaient tous présents sur les lieux d'un accident de voiture d'un dealer et lui ont volé son argent. L'inspectrice Carter a été suspendu après la mort de son informateur (tué par Reese pour la protéger). Snow, Un homme de la CIA, s'adresse à Carter pour l'aider à arrêter Reese. Il lui explique que Reese a tué Kara Stanton, la partenaire de Reese au CIA. Reese réussit à sauver les deux femmes, mais avant qu'il s'en aille, il se fait tirer dessus par un agent de la CIA. Carter décide enfin de le laisser partir.

S1 E11 • Fenêtre sur Cour

Finch réussit à trouver un chirurgien pour Reese blessé par une balle dans l'épisode précédent. Finch loue un appartement pour Reese qui est en fauteuil roulant. La Machine a sorti le numéro d'Ernie Trask, le concierge de l'immeuble. Trask vient d'acheter une arme et Finch s'introduit dans son bureau et découvre des photos de Lily, une des locataires, dans son bureau et croit que Trask la harcèle. Reese croit que Trask veut tuer Rick, le petit ami de Lily. Il confronte Trask qui lui révèle que c'est Rick qui la harcèle. Finch, Trask, et Reese sauvent Lily et Rick tombe d'une fenêtre. Carter essaye de retrouver Finch. Finch accepte de la rencontrer et lui demande de surveiller Derek Watson, une autre personne qui serait impliqué dans un crime. Carter empêche Watson de commettre un meurtre.

S1 E12 • Pour sa Défense

Reese rencontre enfin l'inspectrice Carter pour les aider, lui et Finch, sur leur affaire. Ils doivent aider Andrea Gutierrez, une avocate qui défend des détenus et d'ex-détenus qui ont porté plainte concernant leur séjour derrière les barreaux. Ils découvrent que l'officier de probation de King, un client d'Andrea, est peut-être l'homme qui veut l'éliminer. Pendant ce temps, Reese demande à Fusco d'enquêter sur Finch. Finch rencontre Nathan Ingram, le fils de son ancien associé. Will commence à poser des questions sur la mort de son père et la nature de son travail.

S1 E13 • Le Bouc Émissaire

Reese et Finch doivent aider Scott Powell, un père de famille au chômage à cause des restrictions budgétaires mais en place par Michael Delancey, un membre du congrès. Ils découvrent que Scott Powell avait envoyé des menaces de mort à Delancey et concluent qu'il compte le tuer. Powell s'est fait piéger pour le meurtre de Dalancy et est arrêté par le FBI, mais Reese l'aide à s'échapper. Finch a été piraté et ne peut plus utiliser ses systèmes informatiques. Il demande alors l'aide de Zoe Morgan, et retrouvent que c'est Peter Matheson—Delancey qui a engagé un assassin et un hackeur connu le nom de "Root" pour tuer Delancy et piéger Powell. Matheson est retrouvé mort, Root contacte Finch et admit avoir tué Matheson. Root savait aussi le nom de Finch.

S1 E14 • Le Loup et le Gosse

La machine désigne Darren, un adolescent dont le frère vient d'être assassiné, comme une personne à surveiller. De son côté, Finch s'inquiète car il pense que le fils de son ancien associé est sur le point de découvrir le logiciel qu'il a développé...

S1 E15 • Code Bleu

Pour se rapprocher de la personne que le logiciel de Finch a désigné, Reese infiltre un réseau de contrebande. Il n'est pas au bout de ses surprises...

Première diffusion : 16 février 2012

S1 E16 • Risques

Reese et Finch découvrent l'univers impitoyable de Wall Street lorsqu'un jeune trader d'une des principales banques du marché se retrouve impliqué dans une vaste escroquerie...

Première diffusion : 23 février 2012

S1 E17 • Baby Blue

Lorsque le logiciel leur fournit le numéro d'un bébé âgé de six mois, Reese et Finch se transforment en parents surprotecteurs. De son côté, Carter remet en question son entente avec les deux hommes lorsqu'Elias réapparaît...

Première diffusion : 8 mars 2012

S1 E18 • Crise d'Identité

La nouvelle mission s'annonce comme un véritable défi pour Reese et Finch, la personne n'ayant aucune empreinte virtuelle, et une double vie...

Première diffusion : 29 mars 2012

S1 E19 • Sang et Peau

Quand la machine sort 5 numéros en même temps, qui s'avèrent correspondre aux 5 patrons des familles du crime de New York, Reese et Finch suspectent Elias de chercher à les tuer. Ils devront donc les protéger, aidés par leurs amis policiers.

S1 E20 • La Loi du Plus Fort

La machine fournit à Resse et Finch le numéro d'un convoyeur de fonds. Reese décide donc de devenir un membre de l'équipe pour le surveiller et découvre que la sécurité n'est pas de premier ordre. Cette mission le met également face à certains de ses souvenirs du temps de la CIA...

S1 E21 • Heureux Retours

Finch offre un jour de congés à Reese car c'est son anniversaire. Mais il s'avère aussi que Finch veut également que Reese ne s'occupe pas du nouveau numéro donné par la Machine, en lien avec le passé de celui-ci...

S1 E22 • Mauvaise Action

La nouvelle mission de Reese et Finch pourrait s'avérer compliquée, étant donnée que la curiosité de la victime l'a impliqué dans une machination gouvernemental top secrète, que connait très bien Finch... En même temps, Reese en apprend un peu plus sur le passé de Finch.

S1 E23 • Pare-feu

En protégeant sa nouvelle mission, une psychiatre spécialisée dans les hommes très puissants et donc dangereux, Reese devient la cible des ripoux embauchés pour tuer sa cible, du FBI voulant le capturer ainsi que de ces anciens collègues de la CIA. Il ne pourra compter que sur l'aide de Finch, Carter, Fusco et d'une vieille amie pour s'en sortir sans problèmes...