S2 E1 • Libérée du mal

John est à la recherche de Finch toujours entre les mains de la jolie Root. En plus des détectives Carter et Fusco, John va trouver en la machine un allié de taille qui ne va pas faillir à sa mission en lui donnant un nouveau numéro d'une personne à aider en plus de Finch.

S2 E2 • Fin de la traque

John part enquêter au Texas sur la disparition mystérieuse d'une adolescente qui a eu lieu plusieurs années auparavant. Avec l'aide de Carter, il espère que la résolution de cette enquête lui permettra de retrouver Finch.

S2 E3 • La Fille du consul

Finch essaye de se réadapter à sa nouvelle vie après son enlèvement. Il établit alors un lien avec Bear, le chien de Reese. Reese essaye d'obtenir le poste de garde de corps pour se rapprocher de Sophia Campos, la fille gâtée du consul du Brésil à New York. Sophia est devenue la cible d'un baron de drogue, qui croit qu'elle et un ami ont été témoins de leurs opérations. Carter rencontre Mark Snow, qui prétend être réassigné, mais en réalité, il est pris en otage par Kara Stanton.

S2 E4 • Un numéro de trop

Reese doit aider Riley Cavanaugh, un tueur qui travaille pour la mafia irlandaise et qui a décidé de trahir son patron en refusant de tuer Annie, sa petite amie, et a décidé de prendre fuite avec elle. Finch est gêné d'être obligé d'aider un tueur. Avec l'aide de Riley, Reese doit libérer Annie qui a été enlevée par la mafia. Finch demande l'aide d'Elias qui gère de derrière les barreaux la plus grande organisation criminelle de New York pour protéger la vie d'Annie. Elias accepte de l'aider en échange d'une partie d'échecs. Riley se sacrifie pour sauver la vie d'Annie.

S2 E5 • Le Scoop

Reese doit protéger Maxine Angelus, une journaliste, qui s'est fait manipuler en accusant un homme innocent d'être le patron de HR. Reese découvre que sa mission va être compliquée puisque Maxine enquête déjà sur l'homme en costume et veut révéler son identité au public. À la fin la police réussit à arrêter le patron de HR mais Finch ne croit pas qu'il s'agit réellement de lui. Le patron réel est montré à la fin de l'épisode.

S2 E6 • Le droit chemin

Reese et Zoe Morgan s'installent dans la banlieue à coté de Graham Wyler. Wyler était dans le passé membre d'une équipe de voleurs et a la capacité de cracker la combinaison d'un coffre fort mais il s'est retirait et a fondé une famille. Il est contacté par ses anciens amis qui l’obligent à faire parti d'un vol. Il décide après d'avouer ses crimes et de dénoncer ses amis. Il est placé en résidence surveillée car le tribunal juge qu'il n'est présente aucune menace pour la société et en raison de son aide pour les autres cambrioleurs.

S2 E7 • Etat critique

Reese et Finch travaillent pour sauver la vie d'un chef de la direction, qui va subir une intervention chirurgical en secret, et l'épouse de la chirurgienne. Leon Tao qui est apparu dans un épisode précédent est encore une fois en danger. Carter travaille sur le meurtre d'un homme et découvre que le meurtrier est l'agent Snow. Elle le rencontre après et lui révèle que Kara Stanton lui a attaché une bombe sur le torse et est obligé de faire des choses pour elle.

S2 E8 • Gages d'amour

La Machine sort le numéro d'un couple qui détient une maison d'édition. Reese et Finch découvrent que chacun d'eux a organisé un plan pour tuer l'autre. Avec l'aide de Carter, Reese kidnappe le couple pour les protéger et Finch essaye d'arranger leur relation.

S2 E9 • Mauvais endroit, mauvais moment

Reese doit sauver la vie d'un chauffeur de taxi qui est en danger après que l'un des passagers a laissé un ordinateur portable qui contient des informations importantes pour la mafia estonienne. Pendant ce temps, HR essaye de faire la paix avec Elias qui n'est pas intéressé.

S2 E10 • Justice pour tous

Reese doit protéger la sœur d'un soldat décédé en Afghanistan et son petit ami qui est aussi un ex-Marine. L'agent Donnelly croit avoir trouvé des indices qui lui permettront d’arrêter l'homme costume et demande à Carter de rejoindre le FBI pour travailler sur l'affaire. Reese, pour qui l'affaire devient personnelle, se met en danger et est arrêté par le FBI ainsi que trois autres hommes.

S2 E11 • 2πR

Finch goes under cover to protect a youth who reminds him of himself; Carter goes on a dangerous mission for the FBI.

S2 E12 • Costume sur mesure

La Machine a sorti un nouveau numéro et c'est Fusco qui doit s'en occuper et Carter interroge les quatre suspects. A la prison Elias offre à John son aide mais ce dernier refuse pour ne pas élever les soupçons des agents du FBI. Carter réussi à provoqué l'un des suspects à l'attaquer et le FBI croit que c'est lui l'homme en costume. Reese rencontre après Carter pour la remercier et ont été surpris par Donnelly qui les arrête. La Machine sort un nouveau numéro et est celui de Donnelly. Une femme percute la voiture de Donnelly et le tue. La femme est révélée être Kara Stanton qui administre un sédatif à John.

S2 E13 • Réunions d'anciens

Carter a survécu au crash et travaille maintenant avec Finch pour localiser Reese. Reese se réveille dans un bus à côté de Kara et Mark Snow. Lui et Mark sont attachés à une bombe et doivent suivre les ordres de Kara. Leur mission est de voler un disque dur. On apprend d'un flashback que Kara a été hospitalisée en Chine et un homme inconnu lui rendait visite et il lui demande de travailler pour lui. Elle accepte en échange de lui donner le nom de celui qu'il l'a envoyé en Chine pour voler l'ordinateur portable. Elle doit alors lui voler un disque dur qui contient une cyber-arme. Kara enferme Mark et Reese et règle leur bombes pour exploser en cinq minutes. Ils réussissent à s’échapper mais Reese refuse l'aide de Carter pour désamorcer la bombe. Il retrouve après Finch qui réussit à désamorcer la bombe. Kara obtient le nom de l'homme qui l'a envoyé en Chine mais en entrant dans sa voiture elle retrouve Mark Snow qui l'attendait. La bombe explose et les tue tous les deux. Le FBI croit que Mark Snow est l'« homme en costume » et clos le dossier. À la fin de l'épisode, on voit le nom que Kara a écrit : Harold…

S2 E14 • Pour quelques milliards

Reese doit protéger Logan Pierce, un crâneur millionnaire. Reese et Finch le sauvent deux fois. Pierce et Reese vont s'installer dans un lieu sûr à Saint-Pétersbourg en Russie. Pierce invite de nombreux amis dans sa nouvelle cachette, Reese croit que Pierce est maintenant en sécurité, il doit aider la prochaine personne d'intérêt, mais, selon la machine, Pierce est toujours en danger. Pierce rencontre ensuite son partenaire qui s'avère être la personne qui essaye de l'assassiner. Reese arrive à temps pour le sauver. Pour le remercier, Pierce donne une montre qui vaut 2 millions dollars à Reese. Finch découvre que Pierce essaye de les suivre avec la puce GPS qu'il a mis à l’intérieur de la montre. Finch croit que Pierce est très dangereux pour eux. Pendant ce temps, Carter enquête sur les deux policiers tués par Fusco. Fusco essaye de lui avouer la vérité mais Carter veut rien savoir. Finch s’inquiète pour son chien qui est en dépression. Dans un flashback, Ingram le partenaire de Finch essaye d'aider les personnes en danger ignorées par le gouvernement.

S2 E15 • Room Service

Reese et Finch doivent protéger Mira, qui a fui la guerre au Kosovo et travaille maintenant comme femme d'étage. Finch croit que la menace vient de son travail où elle passe la plupart de son temps. Pour la surveiller, lui et Reese s'infiltrent dans l'hôtel : Finch occupe le poste de concierge et Reese occupe le poste de groom. Finch découvre qu'elle cache sa vraie identité et qu'on essaye de l'assassiner car elle possède des preuves pouvant incriminer le colonel qui a tué sa famille. Reese la sauve à plusieurs reprises et la confie ensuite à Fusco qu'il l'amène au poste de police. Là un homme essaye de la tuer mais Carter lui tire dessus. Cette dernière reçoit l'offre de rejoindre le FBI et doit passer au détecteur de mensonges. Sous l'ordre du secrétaire d'État, Hirsh poursuit Reese à l'hôtel pour l'assassiner et, après son affrontement avec lui, Reese le blesse mais ne le tue pas. John propose à Zoe Morgan de passer la nuit avec lui dans une suite à l'hôtel. L'épisode se termine en révélant que Root est l'assistante du secrétaire d'État.

S2 E16 • Seule contre tous

Samantha Shaw, une agente de gouvernement, et Michael Cole, un informaticien, travaillent pour le conseiller spécial du chef de l'Etat à neutraliser des terroristes. Un groupe dépendant du Pentagone nommé Research leur donne les informations sur les cibles. Cole commence à suspecter que Research avait peut-être tort sur certaines cibles. Il demande à un ami d'enquêter et découvre que certaines de leurs cibles sont des ingénieurs qui travaillent pour le gouvernement américain, loin d'être des terroristes. Control a alors fourni leur numéro car maintenant le conseiller spécial a ordonné leur mort. Cole a été tué en faisant en sorte que Shaw réussisse à s'échapper avec l'aide de John. Shaw a été capturée par Root qui cherche à savoir où se trouve La Machine. Le groupe envoyé pour tuer Shaw arrive sur les lieux et Root a été obligée de s'échapper. John l'aide une deuxième fois et l'emmène rencontrer Finch qui lui explique que Research n'existe pas et lui offre son aide. Elle refuse, part pour rencontrer le conseiller spécial, lui donne le flash-disque qui contient les informations qu'elle a pu récupérer et tue ensuite l'homme qui avait ordonné la mort de son partenaire. Le conseiller spécial la laisse partir mais, arrivée au milieu de la foule urbaine, son mentor lui injecte un poison. Elle est secourue par Leon Tao, déguisé en auxiliaire médical qui lui injecte un antidote et avec l'aide de Carter et Fusco. Elle rencontre à nouveau Finch et Reese, refusant toujours leur aide, mais elle accepte cette fois-ci la carte que lui tend Finch.

Première diffusion : 21 février 2013

S2 E17 • Le caméléon

Lorsque la Machine sort 6 numéros d'un coup, l'enquête de Reese et Finch les mène dans une petite ville côtière où une tempête a lieu. Tandis qu'ils devront gérer la météo avec les autorités locales, ils se retrouvent avec plusieurs personnes, parmi lesquelles se trouverait le danger...

S2 E18 • Les cartes en main

Lorsque le numéro d'un joueur âgé est sortit par la Machine, Reese et Finch vont à Atlantic City pour espionner la vie de cette nouvelle personne d'intérêt. À New York, Carter par à la recherche du nom d'un détective proche des HR et elle est proche de découvrir que les HR sont présents au sein du FBI.

S2 E19 • Confiance aveugle

Lorsque le numéro d'une dirigeante technique de premier plan sort, Finch infiltre sa société pour recueillir des informations mais il ne peut pas déterminer si elle travaille dans l'intérêt de son entreprise ou si elle envisage de le détruire de l'intérieur. Pendant ce temps, Carter continue de s'interroger sur l'intégrité du détective Beecher après qu'il est fournit des informations incriminant un détective proche.

S2 E20 • 24 heures à vivre

Quand une personnalité dans le monde de la médecine est empoisonnée, Reese et Finch ont seulement 24 heures pour déterminer qu'elle est la toxine mortelle qui est à l'origine de cette mort et mettre la main sur la personne qui est derrière l'attaque. Pendant ce temps, le passé du détective Fusco le rattrape lorsqu'un informateur donne au Bureau des Affaires Internes une information essentielle dont ils ont besoin pour l'envoyer en prison...

S2 E21 • Et tout recommence

Reese et Finch se rendent compte qu'un virus a rendu la machine erratique, l'amenant à ne pas donner les numéros à temps. Dans leur course contre le compte à rebours virale, l'équipe cherche un millionnaire si difficile à trouver que personne ne l'a jamais vu. En outre, le détective Carter a pour mission d'amener l'assassin de Cal Beecher devant la justice, ce qui la met directement dans le collimateur de l'organisation criminelle HR.

S2 E22 • Enfin libre

Reese et Finch font équipe avec de surprenants alliés dans une course contre la montre pour sauver la machine. La vraie nature de la relation entre Finch et son ancien partenaire Nathan Ingram est révélée. Pendant ce temps, Carter tente d'amener le meurtrier de Cal Beecher devant la justice mais elle se trouve en contradiction avec les criminels de HR.