S3 E1 • Trio de choc

La Machine, maintenant totalement autonome et ayant des objectifs inconnus, continue de donner des numéros "non-pertinents" à Finch, dont l'un est celui d'un soldat de la marine, en ville durant la Semaine de la Flotte américaine. Cependant, la présence de nombreux marins à cette période de l'année complique la protection de celui-ci, pour Reese et Shaw.

S3 E2 • Rien à cacher

La personne d'intérêt est un entrepreneur Internet dont le job est de supprimer la vie privée des gens et qui se retrouve dépouillé à son tour. Alors que sa vie devient hors de contrôle, Reese essaye de le protéger. Finch fait appel à Carter, Fusco et Shaw pour découvrir qui en a après lui. Quant à Carter, elle se voit attribuer un nouveau partenaire, Mike Laskey, une jeune recrue.

S3 E3 • Une revanche à prendre

Le nouveau numéro indiqué par la machine est celui d'Ian Murphy, un jeune investisseur. Quelques années plus tôt, il a hérité de façon inattendue de la somme de cent mille dollars. Il a ainsi pu se constituer un solide portefeuille d'affaires. Reese et Shaw commencent par l'observer durant un rendez-vous galant. Puis, Reese part visiter son appartement, laissant à Shaw le soin de poursuivre la filature. Leurs investigations les invitent à pense que Murphy est un prédateur, qui traque des femmes à propos desquelles il compile des renseignements avant de les rencontrer via une application en ligne. L'une d'entre elles, Dana Wellington, est morte. Une autre, Jenna Lakritz, est portée disparue. Reese échafaude un plan pour piéger Murphy avec la complicité de Carter, Shaw et Zoé Morgan.

S3 E4 • À la vie, à la mort

Vanessa Watkins, ancien procureur du district de New York, est le nouveau numéro. Elle est accusée du meurtre de son mari, Jeremy, avocat de la défense, qu’elle a elle-même déclaré disparu en mer alors qu’ils étaient sur leur yacht. Mais le numéro a été délivré après la disparition. La menace est donc autre. Vanessa en sera-t-elle la victime ou l’instrument ? Elle parvient à s’évader du poste de police où elle était interrogée. Pourquoi va-t-elle, ensuite, chercher un pain de cocaïne auprès d’un homme qu’elle a envoyé en prison ? Pourquoi le lieutenant Cameron tient-il tant à l’arrêter, morte ou vive ? Pourquoi piège-t-elle l’homme qui a permis de retrouver l’arme avec laquelle on pense qu’elle a tué son mari ? Incapables de déterminer le rôle que joue leur nouveau numéro, Finch et Reese ne voient qu’une solution : l’entendre comme le ferait le jury d’une cour, avec l’assistance de Joss Carter. Au terme de cette audition, ils décident de la relâcher.

S3 E5 • Sur écoute

Shaw et Finch se concentrent sur la nouvelle personne en danger, Genrika Zhirova, une jeune fille de 10 ans passionnée d’espionnage. En plus d'aider ses deux collègues, John travaille également avec Carter pour l'aider à arrêter des personnes travaillant pour le « HR ». Cependant l'équipe se rend vite compte que les deux affaires sont liées, la jeune fille ayant en sa possession des enregistrements compromettants de membres du « HR ». La jeune fille est finalement sauvée par Shaw et cette dernière commence à ressentir des sentiments pour la petite. Des éléments sur le passé de Shaw sont révélés, notamment sur le fait de savoir comment elle est devenue la personne qu'elle est aujourd’hui. Dans un autre temps, Carter avoue qu'elle a découvert que Laskey (son coéquipier) travaillait pour le « HR » et le fait chanter pour qu'il travaille désormais pour elle. Plus tard, Root fait une apparition dans la chambre de Shaw et l’assomme.

S3 E6 • À la croisée des destins

Shaw, qui a été enlevée sur ordre de la machine par Root, est obligée de travailler avec cette dernière. Les deux femmes savent seulement que cette mission, donnée par la machine, concerne la survie de cette dernière. Elles doivent sauver un homme, Jason Greenfield, un hacker qui faisait partie de l’organisation de Peter Collier mais qui a voulu la quitter. L’organisation, maintenant connue sous le nom de « Vigilance », menace de le tuer, ainsi que son frère adoptif, Timothy Sloan. Celui-ci s'avère être le nouveau numéro donné par la machine à Finch. Cependant, ce dernier, Reese, Shaw et Root parviennent à sauver les deux hommes mais Collier arrive quand même à s'enfuir. Root est désormais enfermée dans la bibliothèque de Finch, sans contact avec la machine. Pendant ce temps, Laskey, qui travaille en infiltration pour Carter dans le « HR », commence à sérieusement se poser des questions sur les méthodes de ses collègues.

S3 E7 • L'Enchère de trop

L'équipe enquête sur le cas d'un hypnotiseur, Hayden Price, qui se révèle être un arnaqueur envers ses patients. Se retrouvant impliqué dans un trafic du « HR », avec un de ses clients, Sven Vanger, ces deux personnes se mettent automatiquement en danger. John et Shaw ainsi que Fusco et Carter interviennent respectivement pour les sauver. Dans un autre temps, cette dernière tue le lieutenant corrompu Terney après que celui-ci a lui-même tué Laskey, le partenaire de Carter. Avant de mourir, Terney révèle à Carter le nom du chef du « HR » qu'elle cherchait à trouver depuis la mort de Cal Beecher : Alonzo Quinn.

S3 E8 • L'Assaut final

Carter, qui connait maintenant le nom du chef du « HR », Alonzo Quinn, est déterminée à se venger de la mort de Cal Beecher. Elle met alors au point un plan, sans l'aide ou même l'accord de John et Harold, afin de monter l'un contre l'autre le « HR » et les Russes de Peter Yogorov. Elle demande pour ce faire l’assistance d'un de ses nouveaux alliés, Carl Elias. Alors qu'une bataille sanglante est sur le point d'éclater entre les deux belligérants, Finch reçoit la bagatelle de 38 numéros, tous de policiers corrompus au solde du « HR » étant visés par les Russes. Cependant Carter reste toujours fidèle à la loi, en appelant les fédéraux pour arrêter à la fois les hommes du « HR » et les hommes de Yogorov, et en demandant également, à un juge, un mandat afin d'arrêter Quinn. Cependant le magistrat s'avère être lui aussi corrompu et prévient Alonzo de l'arrivée immédiate de Carter. Cette dernière est finalement sauvée par John in extremis. Carter et Reese, qui emmènent Alonzo Quinn au FBI, sont alors filmés par une caméra de surveillance d'une voiture de police. Simmons, un membre haut placé du « HR », diffuse la photo de John à tous ses autres collègues corrompus en disant que « l'homme au costume va mourir ce soir ».

S3 E9 • La Traversée de New York

Après s'être échappés de la maison du juge Andrew Monahan (qui sera tué plus tard par Simmons car il savait beaucoup trop de choses), John et Joss, accompagnés de leur prisonnier Alonzo Quinn, essayent de se rendre aux bureaux du FBI en centre-ville. Mais Simmons, qui possède une photo de John, promet une récompense à tous les criminels de la ville qui l'arrêteront ou le tueront. De ce fait, le numéro de John, ou tout du moins d'un de ses alias, est donné à Finch par la machine. Après plusieurs combats avec des membres de gangs ou du « HR », le trio quitte le métro de New York et se rend dans une morgue afin d'y rester à l'abris. Pendant ce temps, Fusco est arrêté et torturé par les policiers du « HR », dont Simmons. Root propose alors de l'aide à Harold pour qu'il puisse retrouver tout le monde sain et sauf, mais ce dernier refuse. Root lui dit également que « John n'est pas le premier singe qui l'aide ». Fusco refuse cependant de dévoiler la location du coffre dont Carter lui a donné la clé et qui contient toutes les preuves impliquant le « HR » ou la mafia russe. Simmons envoie alors quelqu'un chez le fils de Lionel, Lee, pour le faire parler. Shaw tue l'homme avant qu'il ne puisse faire du mal au garçon. Fusco arrive quand même à se libérer en se coupant lui-même son pouce afin de quitter ses menottes et en tuant le lieutenant du « HR » qui le surveillait, Petersen. De retour à la morgue, John et Joss se rappellent de leur première rencontre et finissent par s'embrasser. Un groupe de policiers corrompus fait cependant irruption dans l'endroit et coupe le courant pour essayer de neutraliser les trois personnes, dont Quinn, qui est inconscient. Reese détourne l'attention de Carter afin d'aller se battre tout seul contre les policiers du « HR » et laisser Carter en sécurité emmener Quinn au FBI. Reese arrive à sortir de la morgue en tirant sur plusieurs officiers du « HR » et s'enfuit dans la rue. Il est alors arrêté par de honnêtes policiers, à la demande de Finch, ce qui lui évite de se faire tuer. Carter arrive enfin à emmener Quinn aux locaux du FBI, ce dernier étant arrêté et inculpé, comme quasiment tous les membres du « HR » à l'exception de Simmons. Carter, de nouveau lieutenant, retrouve Reese au commissariat et ce dernier la remercie de ce qu'elle a fait pour lui aujourd'hui. Alors que Finch arrive, une cabine téléphonique se met à sonner. Finch s’apprête à répondre à cet appel de la machine mais il entend déjà des coups de feu : Simmons vient de blesser Reese et de toucher Carter au cœur, qui meurt dans les bras de John. Il réussit à s’enfuir alors que la cabine continue de sonner.

S3 E10 • Le syndrome du survivant

Après le meurtre de Carter et l'agression de Reese, Patrick Simmons est recherché par les autorités, mais également par les Russes qui n'ont plus confiance dans la DRH. Malgré ses blessures, Reese refuse d'être hospitalisé. Avec l'aide de Shaw, il décide de retrouver Simmons. La seule personne susceptible de savoir où se trouve le fugitif est Quinn, qui est retenu par le FBI...

S3 E11 • Mémoire morte

Après la mort de Carter et la guerre avec le « HR », Reese quitte ses amis, toujours extrêmement attristé par la mort de Joss, et part pour le Colorado où son père vivait. Pendant ce temps, la machine tente de donner un nouveau numéro à Harold, mais celui-ci est plutôt réticent. Après avoir été convaincu par Root, il finit par accepter. La nouvelle personne d'intérêt est donc Arthur Claypool, un ancien ami d'Harold quand celui-ci étudiait au MIT.

S3 E12 • Samaritain

Harold, Shaw et Arthur sont détenus par Contrôle car cette dernière veux obtenir des informations. Shaw étant déclarée inutile, elle est sur le point de se faire tuer quand Root fait irruption dans la pièce et réussit, avec des armes et l'aide de la machine, à faire sortir les trois personnes vivantes. Cependant, pendant leur fuite, elle est capturée par Contrôle.

S3 E13 • Trafic à haute altitude

Après avoir clairement dit à Finch, qu'il arrêtait tout, Reese embarque dans un avion, laissant son passé derrière lui et l'équipe.Mais il est en colère, quand il comprend que ses plans de voyage ont été modifiés.Lors du vol, Reese devra contre son gré, sauver un ingénieur informatique, où plusieurs personnes veulent le tuer. Il pourra compter sur l'aide d'une hôtesse de l'air, de Finch et de Shaw.

S3 E14 • L'Art du vol

Reese rejoint Finch à New York, mais quand l'équipe reçoit le numéro d'un voleur d'antiquités hautement qualifié, une surprenante tournure des événements leur fait planifier un hold-up.Cela pourrait bien leur faire prendre de gros risque, jusqu'en prison par exemple.

S3 E15 • Dernier appel

Finch s'infiltre dans un centre d'appels d'urgences pour protéger un opérateur de police secours.Mais il comprend rapidement que la menace est plus importante, que ce que l'équipe avait prévu.

S3 E16 • Avant Reese

Les secrets de Harold Finch sur son fonctionnement avant de recruter John Reese sont révélés, y compris des liens choquants avec les évènements d'aujourd'hui.

S3 E17 • Le Complot

La machine donne pour mission à Root de rechercher un concierge avec un passé mystérieux, mais quand sa présence met sa vie en danger, Finch reçoit également son numéro.

S3 E18 • Diplomatie

Finch et Reese doivent plonger dans les eaux troubles de la politique internationale quand on leur donne le numéro d'un ancien entrepreneur du gouvernement qui guette un diplomate de l'ONU.Pendant ce temps, Root est sur la trace de Greer.

S3 E19 • Une soirée inoubliable

John Reese et Samantha Shaw se font passer pour des anciens élèves à une réunion de l'école afin de garder les yeux sur la dernière personne d'intérêt, Matthew Reed.C'est un procureur aux poursuites criminelles difficile, qui est hanté par un sombre secret de son passé.Pendant ce temps, Harold Finch et Fusco se rendent à Washington, DC, pour enquêter sur les motivations derrière la dernière attaque de Vigilance.

S3 E20 • Le Dilemme

John Reese se présente comme un agent des services secrets pour se rapprocher de la dernière personne d'intérêt, un membre du Congrès des États-Unis.Ce dernier peut détenir la clé permettant de faire dérailler les plans de Décima d'apporter une seconde Machine "Samaritain" en ligne.

S3 E21 • À la poursuite de Finch

Décima utilise "Samaritain" afin d'alimenter la traque de Samantha Shaw, Root et de John Reese.Pendant ce temps Greer, afin de tenter de faire sortir Harold Finch de sa cachette, utilise la plus grande faiblesse de Harold : son amour pour son ancienne fiancée, Grace Hendricks.

S3 E22 • Le Blackout

Quand une entité inconnue empêche la Machine de voir l'image complète d'une catastrophe imminente, elle envoie cinq numéros distincts, pour aider la team à reconstituer le tableau d'ensemble.L'équipe de hackers, recrutés par Root, débarque à New York.

S3 E23 • Une page se tourne

L'équipe prend des mesures désespérées dans sa course pour empêcher l'AI "Samaritain" d'être mis en ligne et de faire cibler ses premières victimes. Pendant ce temps, les longs mois de bataille avec le groupe terroriste anti-surveillance "Vigilance" arrive à une conclusion choquante.