S5 E1 • Réanimation

Reese et Finch essayent de décompresser le code source de la Machine avant que celui-ci ne se détériore trop. Root, elle, se bat pour sa vie contre une multitude d'agents de « Samaritain » alors que Fusco, lui, doit répondre à beaucoup de questions après les morts de Elias et de Dominic. De nombreux flashbacks montrent Harold programmer la Machine et se demandant si il faut brider sa création.

Première diffusion : 3 mai 2016

S5 E2 • Erreur de jugement

La Machine subit plusieurs bugs lors de son redémarrage, envoyant notamment une trentaine de numéros à l'équipe, pas forcément vraiment impliqués dans des meurtres. Elle identifie également Finch et Root comme des menaces.

Première diffusion : 9 mai 2016

S5 E3 • Fantôme du passé

Reese et sa partenaire du temps de la CIA Kara Stanton sont envoyés par leur patron Beale en Afghanistan afin d'enquêter sur un soldat qui aurait pu vendre des informations aux Talibans. Après lui avoir posé plusieurs questions, Reese détermine qu'il est bien un traître et le tue.

Première diffusion : 10 mai 2016

S5 E4 • Sous contrôle

Shaw est vue en train d'être opérée par des agents du Samaritain, qui lui implantent notamment une puce électronique au niveau de l'oreille. Elle parvient cependant à échapper à la vigilance de ses geôliers et à retrouver l'équipe. Ensemble, ils arrivent à capturer Greer. Imprévisible et paranoïaque, Shaw reproche à John et Harold de l'avoir laissé tomber. Sameen parvient à retirer du bras de Greer une clé USB que Finch identifie comme étant un «kill-switch», un bouton d'arrêt du Samaritain. Shaw révèle ensuite à Root qu'elle a subi une intense torture psychologique lorsqu'elle était prisonnière...

Première diffusion : 16 mai 2016

S5 E5 • Détectirs

Reese protège un analyste du Real Time Crime Center appelé Ethan Garvin. Celui-ci travaille sur le logiciel ShotSeeker, capable de repérer un coup de feu dans toute la ville en utilisant des micros placés un peu partout. L'utilisation de ce logiciel était sur le point d'être arrêtée car trop de bruits anodins comme ceux de pots d'échappement étaient pris pour des coups de feu mais Ethan est intervenu et est arrivé à différencier les fausses alertes des vrais coups de feu. Un soir, alors qu'il était sûr d'avoir analysé des coups de feu chez une ancienne connaissance, Kupra, ShotSeeker classe l'événement en fausse alerte. Cela met Ethan en danger...

Première diffusion : 17 mai 2016

S5 E6 • Une union parfaite

La Machine envoie Reese et Finch à un mariage afin de protéger les mariés avant leur nuit de noce. Pendant ce temps, Fusco est de plus en plus énervé d'être tenu à l'écart par l'équipe et continue d'enquêter de son côté sur l'augmentation des suicides et des personnes disparues.

Première diffusion : 23 mai 2016

S5 E7 • Code radio

Root se rend sous couverture à une station radio pour protéger son présentateur, fan des théories du complot. Une de ses théories pourrait justement l'avoir mis en danger. De son côté, « Samaritain » essaye de convaincre Shaw que ses objectifs sont nobles.

Première diffusion : 24 mai 2016

S5 E8 • Le virus

Reese et Finch se retrouvent piégés dans un hôpital qui devient le point de départ d'une épidémie virale mortelle. De leurs côtés, la nouvelle recrue de Samaritain a des doutes et Shaw continue à lutter avec la réalité. Shaw s'évade de la prison où la tient Samaritain. Reese suit quant à lui monsieur Ko, un homme d'affaires international, tombé malade. Infecté par un virus mystérieux, Ko meurt aux urgences d'un hôpital. Reese et Harold se retrouvent par conséquent piégés dans cet hôpital, où ils tentent à la fois de trouver le véritable responsable de la mort de Ko et de juguler l'épidémie...

Première diffusion : 24 mai 2016

S5 E9 • Une voix familière

Reese et Finch se retrouvent une nouvelle fois face à LA VOIX . Elle s'en prend cette fois à leur nouveau numéro, Terry Easton, contraint de poser une bombe sous peine de ne jamais revoir sa femme vivante. Reese tente de sauver l'épouse mais c'est alors une pluie d'alertes à la bombe qui tombe sur le 8ème district, contraignant tout le poste de police à prêter main forte aux démineurs. Mais toute cette opération n'est qu'un leurre, orchestré par La Voix, alias Terry Easton, pour vider le poste afin d'éliminer un tueur en détention. Il exécute l'homme en question et s'en va avant d'être rattrapé par Finch et Elias. Elias le tue en faisant exploser sa voiture...

Première diffusion : 30 mai 2016

S5 E10 • Pour Finch

Le numéro de Finch tombe quand celui-ci commet une erreur qui dévoile sa couverture et déclenche une série de rencontres meurtrières avec des agents de Samaritain. Sentant que la fin est proche, et soucieux de préserver la vie de ses amis, Finch espère avoir des réponses directement de la Machine avant de l'éteindre. Finch continue d'avoir des divergences philosophiques avec Root qui souhaite donner à la Machine les outils nécessaires pour se défendre, alors que Finch ne l'avait pas créée avec cette intention. Celui-ci s'est peut-être inconsciemment jeté dans la gueule du loup car son numéro tombe ce qui signifie que sa couverture comme professeur d'université est grillée...

Première diffusion : 31 mai 2016

S5 E11 • Mission capitale

Root a été enterrée anonymement. Reese, Shaw et Fusco se trouvent pour la première fois, à la demande de la Machine, face à un numéro pertinent. Et pas n'importe lequel puisque la menace pèse sur le Président des États-Unis. Un groupuscule de terroristes nationaux se préparent à éliminer le numéro un américain pour mettre un terme à son projet de surveillance massive. Ils parviennent à empêcher son assassinat. Mais le fait que ce numéro leur soit revenu prouve que Samaritain n'a pas considéré le Président comme étant pertinent. La super intelligence artificielle aurait-elle décidé de laisser supprimer des chefs d'état ?

Première diffusion : 7 juin 2016

S5 E12 • Un autre destin

Reese et Shaw se démènent pour rejoindre Finch, qui s'est infiltré sur un site gouvernemental de haute sécurité pour accomplir une mission qui pourrait être fatale à Samaritain, mais aussi à la Machine et à lui-même. Finch part en mission pour détruire Samaritain en lui inoculant le virus informatique le plus dangereux au monde. Il continue en même temps à discuter avec la Machine de ce qu'elle a fait de bien ou de mal. Elle lui fait part de simulations sur ce qui serait arrivé à différentes personnes si elle n'avait jamais existé. Finch découvrira par ce biais si la Machine a développé son propre instinct de conservation et en a fait une priorité absolue...

Première diffusion : 14 juin 2016

S5 E13 • Une vie à la fois

Finch, Reese, Fusco et Shaw s'embarquent pour une dernière mission pour empêcher Samaritain de détruire la Machine et de consolider son emprise sur l'humanité. Shaw se rend sur la tombe de Root pour un dernier adieu. Reese et Lionel sont à deux doigts de disparaitre pour toujours quand le chef de la police finit par comprendre que John est en fait l'homme en costume. Ils sont sauvés par l'intervention de Finch. L'équipe se sépare en deux, Lionel et Shaw restent avec la Machine pour la protéger, tandis que Reese et Finch tentent de détruire une copie de sauvegarde de Samaritain. Finch dit adieu à son ami Reese. Blessé, il hallucine qu'il voit Root, au moment où Reese sacrifie sa vie. Shaw venge enfin la mort de Root...

Première diffusion : 21 juin 2016