S4 E1 • Voyage dans le temps

Adam Worth crée une machine à remonter le temps et voyage en 1898 à Londres pour sauver sa fille mourante Imogen, avec Helen Magnus à sa poursuite pour l'empêcher d'endommager la chronologie. Quand elle le perd, James Watson la trouve et découvre rapidement qu'elle vient du futur. Magnus doit aussi éviter de rencontrer son moi passé. Cependant, Adam a déjà changé le cours de l'histoire en prenant Imogen avant qu'Adam (du passé) ne demande l'aide de Magnus. Avec l'aide de Watson, Magnus trouve Worth, mais en route elle rencontre John Druitt, cependant elle se bat avec lui et lui conseille de rester loin d'elle. Quand Magnus confronte plus tard Worth de nouveau, elle constate qu'Imogen a été guérie. Worth décide de poursuivre Magnus, mais finit par tuer accidentellement Imogen. Magnus se saisit alors de son arme Praxian et le désintègre, rétablissant la chronologie. Après ceci, Watson suggère que Magnus vive dans la solitude avant qu'elle ne puisse refaire surface en 2011, soit 113 ans après ces évènements (elle aura alors vécu 273 ans).

Première diffusion : 7 octobre 2011

S4 E2 • L'Insurrection

Revenue dans le présent, le Sanctuaire découvre que Magnus à disparu après la destruction de Praxis, Will Zimmerman est nommé chef du Réseau des Sanctuaires. Cependant son autorité est ignorée par les Nations unies, qui nomment la juridiction de Corps de Défense de Lotus sur le camp de réfugiés phénomènes. Les phénomènes se regroupent dans trois caldeiras. Après que Thelo meurt dans une explosion, Garris prend le contrôle, essayant de résoudre les troubles paisiblement. Henry Foss entre dans le camp et convainc Garris de libérer les otages. Après que le Général Villanova lance une attaque de missile de croisière contre la caldeira chilienne, Will demande à Abby Corrigan de pirater le système de Villanova, où ils apprennent que l'Indonésie est la cible suivante. Magnus refait surface et découvre que la caldeira est placée sur un basilic (rencontré en 1944) alimentant la Terre et qu'une attaque pourrait aboutir à un événement sismique cataclysmique, qui ouvrirait une voie à l'invasion des phénomènes. Peu après le plan de Fallon est révélées, en simulant sa mort elle voulait inciter la guerre. La crise prévenue, Garris arrête Fallon et consent à faire que son peuple retourne en Terre Creuse pour reconstruire leur société avec Kate Freelander étant nommé pour les surveiller.

Première diffusion : 14 octobre 2011

S4 E3 • Les Incorruptibles

Emissaire de L'ONU, Greg Addison vient au Sanctuaire, où Will et Magnus doivent répondre d'une mission à Jakarta, en Indonésie qui avait pour but de capturer un fugitif phénomène qui peut plier les gens à sa volonté. Une équipe de soldats a été envoyée par Addision mais le phénomène s'échappe. Addison propose que le Sanctuaire soit sous le contrôle de l'ONU. Magnus refuse et perd leur financement. Cependant Magnus revele a ses coequipiés qu'elle souhaite cette fin afin de se défaire de l'autorité d'une organisation qu'elle ne pouvait contrôler et ainsi jouer avec ses propres règles. En attendant, Erica, la petite amie d'Henry, lycane aussi, arrive pour annoncer qu'elle est enceinte. Cependant, il y a des préoccupations quand Erica ne peut pas contrôler ses transformations. Magnus met en place une procédure pour le corriger, mais cela ralentirait la grossesse de deux ans.

Première diffusion : 21 octobre 2011

S4 E4 • La Saison des moussons

Ayant besoin de fonds suite à l'arrêt des financements de la part des gouvernements, Helen Magnus part trouver un riche homme d'affaires qui ne vit presque que dans son avion. Elle doit retrouver ce dernier sur une île à 400 kilomètres de la côté africaine. Les choses ne vont malheureusement pas se passer comme prévu lorsque débarquent des phénomènes hors-la-loi dans l'intention de vider leurs comptes en banque.

Première diffusion : 28 octobre 2011

S4 E5 • Changement de camp

Le Sanctuaire décide d'infiltrer une forteresse du SCIU mais l'opération échoue, Henry et Magnus prisonniers découvrent alors que le directeur de l'établissement n'est autre qu'un vieil ami.

Première diffusion : 4 novembre 2011

S4 E6 • Les Liens du cœur

Pendant que Will se retrouve en pleine guerre civile au Liberia alors qu'il était en visite au sanctuaire de Monrovia, Helen Magnus et les autres membres du Sanctuaire ont à faire avec deux phénomènes chauve-souris assez facétieux qui ne veulent pas leur révéler leurs véritables intentions.

Première diffusion : 11 novembre 2011

S4 E7 • Le Brise-glace

L'équipe du Sanctuaire visite un navire pris au piège dans la glace. Ils découvrent vite que ce dernier transportait des phénomènes ayant le pouvoir de manipuler leur perception des choses. Malheureusement, plusieurs de ces phénomènes pourraient s'être échappés et se faire passer pour ce qu'ils ne sont pas...

Première diffusion : 18 novembre 2011

S4 E8 • Rhapsodie

Abby est possédée par une entité qui la fait chanter et risque de la tuer. Will est désespéré et obligé de faire une chose qu'il ne fait plus depuis la mort de sa mère pour pouvoir communiquer avec Abby.

Première diffusion : 25 novembre 2011

S4 E9 • Réalité virtuelle

Un parfeu qu'avait mis Nikola Tesla lors de la découverte de Praxis provoque des dysfonctionnement au Sanctuaire. Nikola et Magnus entrent dans l'ordinateur pour régler le problème et ont une drôle de surprise.

Première diffusion : 29 novembre 2011

S4 E10 • Acolyte

Des terroristes phénomènes venant de la Terre Creuse ont décidé de commettre un attentant contre le SCIU lors de la prochaine réunion de celui-ci. Helen Magnus en informe Addison et ce dernier lui livre en retour une bien étrange information.

Première diffusion : 9 décembre 2011

S4 E11 • Les Profondeurs

Henry réussissant à avoir accès aux informations du SCIU grâce à Tesla, l'équipe du Sanctuaire découvre que ces derniers mènent une opération en Bolivie pour étudier et capturer l'anormal Quetzalcoatl. Le père de Magnus ayant déjà tenté en vain de le capturer, Magnus et Will partent dans l'espoir d'empêcher que le SCIU ne soit dépassé par les évènements.

Première diffusion : 16 décembre 2011

S4 E12 • La Patrie(1)

Magnus se lie avec un dangereux phénomène et en fait libérer d'autres. Cette décision est incompréhensible pour tous, surtout pour Will. Elle devient ensuite de plus en plus énigmatique mais Bigfoot aussi.

Première diffusion : 23 décembre 2011

S4 E13 • La Patrie(2)

Will est engagé par le SCIU et a pour première mission d'arrêter Helen. Il découvre qu'elle l'a banni du Sanctuaire. Lors de ses recherches, Will comprend de mieux en mieux que tout ceci avait été manigancé par Magnus pendant ses 113 ans d'isolement. De son côté, Caleb essaye d'en profiter pour réveiller les gênes latents dans l'A.D.N des humains et attaque le Sanctuaire. Helen, juste après avoir donné un baiser à Tesla, affronte son ennemi et le Sanctuaire prend feu alors qu'elle est encore à l'intérieur…

Première diffusion : 30 décembre 2011