S3 E1 • Sans Dessus Dessous

Alors que leurs parents sont partis en Europe, les Spies emménagent dans une nouvelle villa à Beverly Hills, où elle vivront ensemble. Dans le même temps, il y a du changement au WOOHP : le bureau de Jerry a été entièrement refait. Maintenant, il a même sa propre assistante : G.L.A.D.I.S. Elle leur annonce qu'un mystérieux voleur a dérobé des gadgets high-tech dans plusieurs laboratoires secrets. Les Spies sont dépêchées sur place pour mener l'enquête. Alors qu'elles essaient de prendre le malfaiteur sur le fait, soudain, leur univers se retrouve sens dessus dessous – littéralement.

Première diffusion : 12 septembre 2004

S3 E2 • Le cirque de la Peur

Lorsqu'une série de disparitions est soudain signalée dans la région de Toronto, Jerry met les filles sur le coup. Leur enquête les conduit jusqu'à un étrange et nouveau cirque itinérant. Il est rempli de toutes sortes de créatures extraordinaires (des personnes qui ont été kidnappées et changées en mutants bizarres par un inquiétant palais des glaces). Alors que Sam trouve un morceau de glace du palais des glaces du cirque, sa main se transforme en pince de crabe. Lorsqu'une jeune fille se fait enlever dans un manège, Sam Alex et Clover montent dans le manège et se retrouvent devant le palais des glaces et celui qui transforme les gens en mutant est un homme né avec 4 bras et qui veut transformer toute la population en créatures de foire. Alors qu'il s’apprête à faire passer la jeune fille et les Spies à travers le palais des glaces, Sam arrive à s'échapper mais Clover est transformée en éléphant et Alex en poisson puis elles se font enlever par l'homme à 4 bras. Sam doit les sauver et empêcher l'homme de transformer la population en mutant.

Première diffusion : 19 septembre 2004

S3 E3 • Cybermaniaque

Un concepteur de logiciels malfaisant a mis au point un virus informatique qui transforme tous ceux qui y sont exposés en disciples loyaux, de vrais cyber-zombies (les victimes sont contaminées par leur ordinateur, leur assistant numérique personnel, leur téléphone portable et même les gadgets électroniques des Totally Spies). En enquêtant, les cyber-zombies arrivent à kidnapper Clover...

Première diffusion : 26 septembre 2004

S3 E4 • La Menace de l'Espace

Les Spies vont enquêter sur la chute inhabituelle de météorites énormes et très rapides un peu partout sur Terre. Leur enquête les conduit jusqu'à une station spatiale (genre "Moonraker") où elles découvrent le méchant (qui s'avère être une méchante) - une "astrologue des stars" mécontente, furieuse de ne pas avoir été choisie pour participer à un lancement de navette spatiale. Dans le même temps, Jerry a engagé Myrna de La Perrinne, une nounou d'enfer (et ex-agent du WOOP) très envahissante pour veiller sur les Spies.

Première diffusion : 3 octobre 2004

S3 E5 • Disco Spies

Lorsqu'un beau jour, les Spies ne trouvent plus le Q.G. de WOOHP, elles découvrent qu'un malfaiteur a remonté le temps pour persuader Jerry, plus jeune, de s'associer avec lui pour lancer un WOOHP d'un tout autre genre, une organisation mondiale pour répandre le Mal. À leur tour, les filles devront voyager dans le temps et remettre Jerry dans la bonne voie. En intrigue secondaire, Clover explore la dernière tendance : les rencontres express hypersoniques.

Première diffusion : 10 octobre 2004

S3 E6 • L'effet Musclor

Dans le monde entier, des mordus de sport se mettent à se comporter de façon étrange (c'est-à-dire à développer des muscles énormes, à avoir la peau qui vire à une couleur bizarre, à avoir une force surhumaine et un sale caractère de plus en plus difficile à maîtriser). Jerry met les Spies sur l'affaire.

Première diffusion : 17 octobre 2004

S3 E7 • Le Café De L'Angoisse

"Das Coffeehaus", une toute nouvelle chaîne de cafés ultra-chics, ouvre ses portes et devient aussitôt la coqueluche des milieux branchés... littéralement en une nuit. La spécialité de la maison est un plongeon dans le "Perkolator 9 000," une incroyable machine qui submerge les clients dans un bain de café intégral. Il suffit d'un plongeon pour être accro. Lorsqu'on signale la disparition de plusieurs clients, Jerry envoie les Spies enquêter. Mais Mandy qui s'est fait "Woohper" par accident, devient une espionne et fait partie de l'équipe de Sam, Clover et Alex... Sam plonge accidentelement dans le "Perkolator 9 000," et disparaît a son tour...

Première diffusion : 7 novembre 2004

S3 E8 • Panique à Beverly High

Un ancien malfaiteur qui a vu ses plans contrecarrés par les Spies, Tim Scam, cherche à se venger d'elles. Pour mettre son projet à exécution, il a fabriqué un "robot morpheur" (genre Terminator 2), qui peut prendre sans effort l'apparence de n'importe quel être humain.

Première diffusion : 14 novembre 2004

S3 E9 • La Menace des Gladiateurs

Une princesse riche et puissante ("princesse" dans le sens "sale gamine gâtée", pas dans le sens "noble") kidnappe des athlètes de haut niveau, des mannequins, etc. dans le monde entier afin de les enfermer dans son "zoo humain" (situé sur son île privée, naturellement) pour son propre divertissement. Les Spies se rendent sur place pour enquêter.

Première diffusion : 21 novembre 2004

S3 E10 • Supernaze

Arnold se retrouve accidentellement en possession d'une pierre magique qui aspire tout le côté "cool" des gens (pour les changer en gros nazes) et fait d'Arnold un mec hyper cool. Les Spies parviendront-elles à l'arrêter avant qu'il transforme l'humanité tout entière en neuneus ? En intrigue secondaire, Arnold se présente comme délégué de classe.

Première diffusion : 28 novembre 2004

S3 E11 • Panique Chez Le Dentiste

Un dentiste, autrefois de renommée mondiale, veut se venger de ceux qui ont coulé son cabinet. Armé de matériel dentaire bizarre, il transforme ses anciens clients en véritables désastres dentaires. En enquêtant sur son ancien cabinet, Sam se fait enlever par une ex-cliente. En même temps, Mandy se retrouve "ruinée".

Première diffusion : 5 décembre 2004

S3 E12 • Révolte au WOOHP

Lorsque Jerry WOOHPe les Spies au beau milieu d'une démonstration maison de manucure-pédicure (grâce à Clover, voir l'intrigue secondaire), elles sont aussitôt persuadées que l'affaire est grave et c'est le cas... Britney a été enlevée sur une île peuplée des criminels les plus dangereux arrêtés par le WOOHP !

Première diffusion : 12 décembre 2004

S3 E13 • Le Camp des Stars

Les Spies enquêtent sur une étrange maladie qui a mystérieusement fait perdre tous leurs talents à de nombreux ados (danseurs, skateboardeurs, chanteurs, etc.). Les Spies remontent la piste de ce phénomène jusqu'à une colonie de jeunes talents, où les ados se rendent pour se perfectionner. Les filles s'y rendent clandestinement et découvrent qu'une vilaine méchante hyper-aigrie attire les ados dans sa colonie avec la promesse de leur faire rencontrer des dénicheurs de talents qui leur feront signer des contrats mirobolants.

Première diffusion : 19 décembre 2004

S3 E14 • Le Noël de L'angoisse

C'est Noël et WOOHP a organisé sa fête annuelle. Les Spies sont loin d'être ravies : comme toutes les fêtes de WOOHP, elles sont obligées d'y assister. La soirée est encore plus ennuyeuse que prévu : Jerry les coince et les oblige à écouter le récit nostalgique et interminable de ses années de jeunesse (lorsqu'il était lui-même un agent sur le terrain). Mais, comme tout ce qui se passe au sein de WOOHP, la fête ne reste pas longtemps monotone.

Première diffusion : 29 décembre 2004

S3 E15 • Super Spy

Lorsque Sam et Alex se rendent compte que Clover ne fait pas sa part du travail lors des missions, elles lui demandent des explications. "J'y peux rien si ma vie sociale super-active déborde sur ma vie d'espionne !" réplique-t-elle. Au cours de la mission suivante, Sam et Alex perdent la trace de Clover. Lorsqu'elles la retrouvent, elles découvrent que celle-ci a vaincu le méchant à elle toute seule. Mais en fait, elle a été manipulée par une ancienne prisonnière du WOOHP…

Première diffusion : 2 janvier 2005

S3 E16 • Y a-t-il un maniaque dans l'avion ?

Un hélicoptère atterrit sur le toit de l'appartement des Spies, C'est l'avion international d'un concours, Clover découvre qu'elle a gagné le concours, elle doit partir en avion pour aller à Paris, elle rencontre des stars tout ça. Elle appelle Sam et Alex car elle croit qu'il y a un maniaque dans l'avion...

Première diffusion : 9 janvier 2005

S3 E17 • Action-Vérité

C’est la panique à Hollywood ! Acteurs, chanteurs et autres célébrités disparaissent mystérieusement. Les Spies, Sam, Alex et Clover sont chargées de mener l’enquête. Elles vont alors découvrir que le coupable est le rédacteur en chef d’un journal à scandale.

Première diffusion : 16 janvier 2005

S3 E18 • Les Insectes Attaquent

Lorsque des installations gouvernementales secrètes sont envahies par des forces mystérieuses et invisibles, les Spies sont chargées d'enquêter. Elles font une étonnante découverte : apparemment, des insectes ont été entraînés par Max Exterminus, un ancien magnat de la désinsectisation, qui projette de détruire la race humaine.

Première diffusion : 23 janvier 2005

S3 E19 • Le Gourou Fou

Les Spies arrivent au WOOHP et découvrent un endroit, comment dire- différent... agréable... apaisant. Jerry leur révèle que c'est grâce à Liu Wang, le tout nouveau conseiller/gourou du WOOHP en matière de Feng Shui ! "Il est là pour nous rendre tous plus productifs... heureux... équilibrés". Malheureusement, le gourou ne fait que profiter de la Zen attitude de Jerry...

Première diffusion : 30 janvier 2005

S3 E20 • Super Yoga ?

Lorsque Jerry envoie les Spies enquêter sur une série d'enlèvement à Beverly Hills, elles assistent impuissantes à celui de... Mandy. Grâce à une emprunte laissée par les ravisseurs, elles parviennent à remonter la piste jusqu'à leur ancien club de fitness dirigé par Shirley (visible au début de l'épisode "Le Boys Band Fou" de la saison 2). Après s'être fait enlevé par Mandy hyptonisée, elles découvrent que la directrice fait passer ses victimes dans un portail, leur conférant une force surhumaine que même les Spies n'arrivent pas à vaincre. Arriveront-elles à empêcher Shirley d'hypnotiser tout Los Angeles ?

Première diffusion : 20 février 2005

S3 E21 • L'esprit d'Halloween

Clover est de corvée de baby-sitting : elle doit garder Chucky, le fils insupportable de la meilleure amie de sa mère, le soir de Halloween. Heureusement, elle parvient à convaincre Sam et Alex de lui tenir compagnie, pour rendre sa soirée moins désagréable. Après avoir reçu une série de coups de téléphone anonymes à leur donner la chair de poule, les filles emmènent Chucky lors de la chasse aux bonbons dans l'inquiétante résidence où il habite, protégée par des barrières. Bizarrement, aucun des voisins ne semble être chez lui.

Première diffusion : 27 février 2005

S3 E22 • Le Laveur de Cerveau

Un méchant, qui aspire à être la personne la plus évoluée et la plus intelligente sur Terre, invente un appareil loufoque qui fait littéralement rétrécir le cerveau des gens et les fait régresser à un stade primitif. En substance, il transforme tous les êtres humains en hommes préhistoriques.

Première diffusion : 6 mars 2005

S3 E23 • Coup de Foudre à Haut Risque

Jerry convoque les Spies pour leur annoncer qu'il va se marier avec Myrna de La Perrinne, leur ancienne nounou (épisode "La Menace de l'espace", saison 3). Il leur confie la mission d'être les demoiselles d'honneur de ce mariage. Mais alors que Alex et Clover sont très enthousiasmées, Sam trouve bizarre que Jerry épouse une femme qu'il connaît à peine. Après que Jerry ait échappé à la chute d'une falaise, Sam enquête dans la villa de ce dernier et découvre qu'il est manipulé par une bague spéciale. En fait, Myrna ne cherche qu'à se débarrasser de Jerry pour prendre sa place au WOOP. Les Spies parviendront-elles à l'arrêter à temps ?

Première diffusion : 13 mars 2005

S3 E24 • Une Promotion d'enfer - Partie 1

À présent on ne les appellera plus les Spies mais Superspies. Elles ont eu une promotion et doivent accomplir plusieurs petites missions pour l'avoir, avec leur nouveau partenaire Dean. Mais au cours de leur stage, leur hôte Terence change de ton et leur ordonne d'éliminer Jerry, contre la vie de leur nouvel ami.

Première diffusion : 1 mai 2005

S3 E25 • Une Promotion d'enfer - Partie 2

Terence a dit son plan, qui est d'ailleurs diabolique. Les Spies doivent récupérer une puce électronique dans le corps de Jerry, avant le tuer. Sur place à Los Angeles, non pas repérées par Terence, les Spies rencontrent Jerry. Ils forment un plan mais celui-ci tourne mal lorsque Jerry disparaît dans les profondeurs de la mer. En rentrant au centre d'entraînement, les Spies apprennent que Dean est un agent double et qu'il travaille aux côtés de Terence. Elles se retrouvent piégées mais un hélico les récupère in-extremis. Mais qui est le pilote ?

Première diffusion : 1 mai 2005

S3 E26 • Une Promotion d'enfer - Partie 3

Le pilote de l'hélicoptère est... Jerry, sauvé par une combinaison de plongée. Ce dernier pense que Terence compte s'emparer d'un de ses plus vieux projets : le projet "espion droÏde", consistant à créer des espions robotisés. Le retrouvant dans un centre secret, il annonce aux Spies que Terence est son frère jumeau. Il compte se venger de son frère l'ayant accusé à tors de tricherie à un examen. Il veut détruire le WOOHP pour le remplacer par une organisation de malfaisants. Le WOOHP sera-t-il sauvé à temps par Clover‚ Sam‚ Alex et Jerry ?

Première diffusion : 1 mai 2005