S2 E1 • Lignes ennemies

On est maintenant en 4032. Wayward Pines est aux mains de la nouvelle génération, dirigée par Jason Higgins et Kerry Campbell et aidée par Megan Fisher, avec comme objectif de faire perdurer la vision de Pilcher, quoiqu'il en coûte. Un groupe de rebelles mené par Ben Burke tente de se révolter. Par un flashback dans les années 2000, on découvre le docteur Theo Yedlin, chirurgien cardiaque, au moment où il est "recruté" par Arnold Pope. On retrouve Yedlin réveillé à Wayward Pines où, sentant la situation anormale, il tente d'abord de s'enfuir et découvre un lieu d’exécution. Finalement attrapé, il se voit contraint de procéder à une opération chirurgicale sur Kate Hewson. Theo assiste ensuite à un discours de Jason sur la rue principale, où le jeune homme feint de tenter de mettre fin pacifiquement à la révolte, pour finalement exécuter une rebelle et arrêter Ben et ses acolytes. Dans la foule, Theo retrouve sa femme, Rebecca, déjà installée à Wayward Pines. Plus tard, on assiste au suicide de Kate, qui préfère quitter ce monde que d'y vivre dans ces conditions. À la tombée de la nuit, Theo est jeté dans un camion en compagnie de Ben, et le camion est envoyé au-delà de la clôture, à la merci des Abbies.

Première diffusion : 25 mai 2016

S2 E2 • La récolte du sang

On commence par l'écoute d'un discours enregistré de Pilcher qui explique son choix des survivants. Ensuite tout le monde découvre sur les vidéos de surveillance les Abbies qui attaquent la grille suite à la sortie du camion. Lors de la défense de la grille, Kerry est gravement blessée, et Jason se trouve dans l'obligation d'aller récupérer Theo afin qu'il l'opère pour la sauver. Rebecca ramène alors Theo chez elle et tente de lui expliquer la réalité de Wayward Pines. Pendant ce temps, les dirigeants discutent sur le problème de la récolte de la plantation, qui est au-delà de la clôture. Theo prend ses fonctions comme chef de la chirurgie, tandis que Rebecca rencontre Theresa, inquiète du sort de Ben hors des murs de la ville. À l'école, Megan enseigne aux enfants sa vision de Wayward Pines et de ce que sont les Abbies. Le soir, Theo a une nouvelle discussion avec Rebecca, tandis qu'une stratégie pour permettre la récolte se met en place. À la nuit tombée, les jeeps sortent pour procéder à la récolte. Aussitôt les Abbies attaquent, mais l'assaut est circonscrit grâce à l'usage de lance-flammes. Ben se montre alors à la clôture afin de faire un dernier témoignage à la caméra. Le lendemain, sa mère fait le tour de la ville toujours à sa recherche, et reçoit le soutien de quelques uns. Après avoir discuté avec Theo, Kerry retrouve Jason pour dîner. Gênée, elle lui parle de Theresa et Ben. Au même moment, Ben ne peut échapper à une attaque d'Abbies. Chez lui, Theo se pose de plus en plus de questions. Jason quant à lui semble profiter de la disparition des Abbies sur les caméras... mais sans doute pas pour longtemps.

Première diffusion : 1 juin 2016

S2 E3 • Il était une fois à Wayward Pines

Une patrouille de soldats explore l'extérieur pour confirmer la fuite des Abbies. Un nouvel échange a lieu entre Jason et Kerry, qui lui reproche la mort de Ben. Rebecca explique à Theo que Jason est un "Élu" désigné pour les diriger. On découvre ensuite l'enfance de Jason, premier enfant réveillé et élevé pour être le leader. Dans sa maison, Jason reçoit la visite de Pam qui tente de lui rappeler les principes initiaux du projet, et lui propose son aide. Le lendemain matin, Jason se rend dans la Rue Principale afin d'officialiser le retour de Pam, ce qui semble déplaire fortement à Megan. Plus tard, Theo a une discussion avec Pam, qui semble très mystérieuse à propos de la dernière nuit à Hawaï. Pam retourne ensuite à la base de Pilcher afin de poursuivre ce qui semble un plan bien réfléchi, mais elle y est surprise par Megan au moment où elle dérobait un flacon, et une discussion agitée démarre entre elles. Plus tard, on retrouve Pam chez elle en train de se préparer une injection, mais Theo arrive et interrompt son geste en l'interrogeant sur leur choix des "candidats". Theo parti, elle finit tout de même par s'injecter le produit, qui semble être le virus de la variole. Arrêtée, Pam dévoile son plan d'éradiquer toute la population afin de mettre fin au projet, et avoue à Jason qu'il est son fils.

Première diffusion : 8 juin 2016

S2 E4 • Stratégie de sortie

Xander, un des rebelles du groupe de Ben, se réveille au fond d'un trou. Après avoir résisté à un Abby, il parvient à s'en extraire et finit par rencontrer un autre survivant, Adam Hassler, puis ensemble ils font route vers Wayward Pines. CJ toujours inquiet concernant les ressources en nourriture, décide de monter une expédition afin d'explorer les terres au delà de la clôture. Hassler, victime d'hallucinations à l’hôpital où il était sous surveillance, décide de fuir, et retrouve Teresa qui lui apprend la mort d'Ethan et le bannissement de Ben. Lucy, une jeune fille travaillant à la boutique de Rebecca, semble ne pas vouloir suivre la destinée de procréation des jeunes filles de Wayward Pines, mais Megan ne semble pas enclin à laisser libre cours à ce type de rébellion. Teresa, accompagnée par Adam, décide de se joindre à l'expédition de CJ. Et à la nuit tombée, Adam ramène le corps de Ben. En ville, Franck, le frère de Lucy, tombe nez à nez avec un Abby.

Première diffusion : 15 juin 2016

S2 E5 • Cri d'alarme

Rebecca se remémore son ancienne vie et notamment sa rencontre avec Pilcher et sa contribution majeure au projet. En ville, l'Abbie est capturée et étudiée car il s'agit de la première femelle observée. À l'extérieur, Teresa décide de ne pas revenir en ville. Franck, quant à lui, participe à sa première séance de procréation mais c'est un échec. Kerry rend visite à Theo qui souhaite lui parler de sa volonté de participer à l'étude des Abbies, et celle-ci l'impose comme responsable ce qui agace fortement Megan. Rebecca avoue à Theo que pendant son absence, elle a été en couple avec Xander. La nuit suivante, lors d'une attaque d'Abbies sur les champs, le rôle de la femelle Abbie apparaît bien mystérieux.

Première diffusion : 22 juin 2016

S2 E6 • La cité sur une colline

Rebecca avoue à Theo qu’elle s’est mariée avec Xander lors de son arrivée à Wayward Pines. Le chirurgien encaisse mal la nouvelle et quitte le domicile. Une alerte est donnée en pleine nuit car les Abbies ont décidés de passer à l’attaque. Des troupes de civils armés sont envoyées en renfort afin de sauver les récoltes, mais les blessés arrivent par dizaines à l’hôpital. Jason tente de rassurer les habitants de la ville, tout en refusant de croire aux analyses faites par Theo qui a détecté un niveau d’intelligence supérieur chez les Abbies.

Première diffusion : 29 juin 2016

S2 E7 • L'avenir nous le dira

Theo tente une expérience avec Margareth, la femelle Abbie capturée, et met au jour ses qualités d’empathie. Il est désormais persuadé que celle-ci est le chef de la horde sauvage et que les Abbies masculins lui obéissent aveuglément. Jason fait irruption dans le laboratoire et tire sur les Abbies, compromettant tout espoir de négociation…

Première diffusion : 6 juillet 2016

S2 E8 • Jugement

Theo annonce à Kerry qu’elle a gardé des séquelles de sa blessure et ne pourra donc pas avoir d’enfant, ce qui plonge la jeune femme dans un profond désespoir. Revenu au laboratoire, il découvre le corps sans vie de Megan. La femelle Abbie ayant pris la fuite après son forfait, il donne immédiatement l’alerte. Les enfants sont confinés dans l’école, et le reste de la population est sommée de ne pas sortir de chez elle. Une traque commence pour retrouver Margareth. Des groupes de combattants indépendants se constituent.

Première diffusion : 13 juillet 2016

S2 E9 • La ferme des animaux

Pilcher revient à la recherche de son Élu. D'autre part, alors que les Abbies se rapprochent, Jason prend une décision fatale et Theo et Xander doivent mettre leurs différences de côté pour l'arrêter avant que la race humaine ne disparaisse.

Première diffusion : 20 juillet 2016

S2 E10 • Histoire du soir

Théo est contraint de prendre une décision qui pourrait sceller le destin de l'humanité.

Première diffusion : 27 juillet 2016