Un jeune garçon perdu arrache une épée de son socle et s'en sert pour tuer les monstres qui rôdent sur le chemin jusqu'à son village. A son retour, il est accusé par l'Ancien et ses amis d'avoir retiré l'épée sacrée gardienne et est banni car il représente un danger désormais pour le paisible village. Fort heureusement, un chevalier du nom de Jean le conduit sur une quête: restaurer le pouvoir de Mana et sauver le monde de l'arrivée du Fort Mana. Dans sa quête, il fera la rencontre d'une jeune fille noble éprise d'un chevalier, ainsi que d'un elfe amnésique, qui viendront combattre les forces du mal à ses côtés.
Le jeu se déroule alors sur une planète complète sur laquelle les héros se déplacent de continent en continent et de ville en ville. Ils obtiennent tout au long de leur périple différents sortilèges et incantations magiques divisés en huit éléments: Ondine, Gnome, Sylphide, Athanor, Luna, Ombre, Lumina, et Dryade, qui s'améliorent au fil des utilisations. Tous les personnages peuvent de plus s'équiper d'une panoplie d'armes interchangeables qui deviennent elles aussi de plus en plus efficaces au fil des ennemis vaincus: une épée, une lance, un boomerang, une hache, des gants de combat, un javelot, un fouet et un arc muni de flèches.
Les combats se font en temps réel, il en résulte une dynamique beaucoup plus rapide et moins schématisée que dans la plupart des autres jeux Square. En outre, les ennemis sont visibles et peuvent être facilement évités. Le jeu se distingue également par la richesse de son scénario, qui comprend de multiples rebondissements, et par la trame sonore émouvante composée par Hiroki Kikuta. Hormis le déplacement à pied, deux autres modes de locomotion permettent de se déplacer aux quatre coins de la planète: Le voyage canon et le dragon Flammy.
"Secret of Mana" est le tout premier jeu dans lequel j'ai joué jusqu'à 3 joueurs simultanément sur le même écran.
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