S2 E1 • éMergence

Les Mutants Souterrains interviennent lors d'une descente des Services Sentinelles. Marcos et Caitlin partent à la rencontre d'un cyber hacker mutant capable de pénétrer tous les systèmes informatiques afin de mettre la main sur des informations précieuses concernant les plans du Cercle, dont Reeva Payge a pris les commandes en tuant tous les autres dirigeants. Lorna se prépare à faire naître son bébé dans un complexe que le Cercle a acheté afin d'être en sécurité si les pouvoirs de Lorna devenaient incontrôlables. Andy promet à Lorna que si les choses tournaient mal durant l'accouchement, ils devraient coûte que coûte mettre le bébé à l'abri du Cercle.

Première diffusion : 25 septembre 2018

S2 E2 • crise faMiliale

Pour utiliser les informations sur le Cercle, John décide de rendre visite à Evangeline, une avocate mutante qui l'avait placé à la tête de l'antenne des Mutants Souterrains d'Atlanta. Le départ d'Andy continue de briser la famille Strucker, mais de son côté, Andy ressent la force de sa connexion avec Lauren et Reeva remarque qu'il est perturbé. Loin de sa vie parmi les Sentinelles, Jace Turner essaie de devenir avocat mais reste obsédé par les mutants et les perturbations de courant lors de l'accouchement de Lorna le troublent.

Première diffusion : 2 octobre 2018

S2 E3 • coMplications

Dawn, la fille de Lorna, souffre d'une jaunisse que les médecins ne peuvent guérir. Les sœurs Frost sont donc chargés de ramener Marcos pour soigner sa fille. avec ses pouvoirs. John et Clarice partent chercher Erg, un mutant vivant dans les égouts de Washington, et découvrent qu'il est le chef des Morlocks, des mutants dont l'apparence physique a changé avec leurs pouvoirs. Reed et Lauren sont surpris par Jace Turner, encore obsédé par la traque des mutants, alors que les pouvoirs destructeurs de Reed se manifestent.

Première diffusion : 9 octobre 2018

S2 E4 • Mission à haut risque

Décidée à retrouver Andy, Caitlin manipule un mutant drogué pour le forcer à utiliser ses pouvoirs de piratage contre le Cercle et découvrent qu'ils comptent attaquer un hôpital psychiatrique détenant illégalement des mutants. Jace Turner est contacté par un policier, membre d'un groupe sectaire anti-mutants.

Première diffusion : 16 octobre 2018

S2 E5 • rivalités entre Mutants

Jace accepte de rejoindre les Purificateurs et propose de rechercher les mutants évadés plutôt que de provoquer les pro-mutants lors d'une manifestation à venir. John et Caitlin essaie de maintenir en vie un mutant évadé, blessé mais dont la sueur et le sang acide rendent difficiles les soins. La mutante récupérée par le Cercle reste encore prostrée et Andy l'aide à s'ouvrir.

Première diffusion : 30 octobre 2018

S2 E6 • l'eMpreinte

Jace établit le plan de la prochaine attaque des Purificateurs, en visant un église de Baltimore où des mutants se sont réfugiés afin de les forcer à sortir. Lorna en a assez d'être tenu à l'écart des décisions de Reeva et celle-ci force les sœurs Frost à la convaincre par tous les moyens. Lauren et Caitlin partent en savoir plus sur Rebecca, la mutante libérée par le Cercle et donc Andy se rapproche.

Première diffusion : 6 novembre 2018

S2 E7 • pas de coMpassion

Reeva règle le dernier détail avant le cambriolage de la banque Creed en forçant un des banquiers à lui obéir. Les Mutants souterrains sont trop occupés à déplacer Reed, dont le pouvoir est devenu incontrôlable. Jace découvre qui est derrière les Purificateurs : Benedict Ryan, un présentateur télé qui veut que Jace révèle les secrets du service Sentinelles.

Première diffusion : 13 novembre 2018

S2 E8 • chiMères

Le massacre commis par Rebecca à la banque déclenche une vague de violence contre les mutants à travers Washington. La mutante en fuite, John et Clarice essaient de la retrouver. Lorna veut protéger sa fille et ne voit pas d'autre solution que de faire le même choix que son père : l'éloigner d'elle. Les Strucker retrouver Madeline Gerber, une scientifique qui a repris le flambeau d'Otto Strucker sur la thérapie génique visant à contrôler le gène mutant.

Première diffusion : 27 novembre 2018

S2 E9 • changeMent de règles

Rebecca a été capturée et maintenue en isolation par Reeva et Andrew n'apprécie pas qu'elle reste aussi détachée. John, Clarice et Marcos préparent l'enlèvement du comptable de l'entreprise Regimen afin de découvrir pourquoi le Cercle les vise, mais les choses tournent mal et une chasse à l'homme, menée par les Purificateurs, est lancée. Lauren a découvert que Madeline compte éradiquer le gène mutant et prévient ses parents qui veulent s'assurer des intentions de la médecin.

Première diffusion : 4 décembre 2018

S2 E10 • l'ennemi de Mon ennemi

John a été capturé par les Purificateurs et emmené dans un repaire secret. Pour le localiser et le libérer, Marcos ne voit pas d'autre idée que de contacter Lorna pour utiliser les ressources du Cercle. Lorna et Andrew acceptent de les aider dans le dos de Reeva, mais les retrouvailles ne sont pas joyeuses.

Première diffusion : 1 janvier 2019

S2 E11 • le trio Maléfique

Reeva a de nouvelles recrues mutantes que Lorna reconnait comme responsables d'un massacre. Doutant des plans du Cercle, Reeva recontacte Marcos pour prévenir les Mutants Souterrains qu'un nouveau grand coup se prépare. Depuis ses brèves retrouvailles avec Andrew, Lauren est devenue obsédée par la boîte à musique d'Andreas von Strucker, et l'écoute augmente ses pouvoirs. Jace Turner part pour une nouvelle mission pour les Purificateurs dans un refuge pour SDF.

Première diffusion : 8 janvier 2019

S2 E12 • division Mutantes

Apprenant que Lorna se retourne contre le Cercle, Evangeline organise la réunion des chefs des Mutants Souterrains et invite Erg à représenter les Morlocks. Les pouvoirs de Laurent s'intensifient et quand Andy le découvre, les sœurs Frost proposent d'utiliser leur lien pour recruter Lauren.

Première diffusion : 15 janvier 2019

S2 E13 • retourneMents

Lorna finit par découvrir que le Cercle compte envoyer le trio de mutants criminels détruire les bâtiments du gouvernement américain. Une Morlock au sang particulier est blessée lors d'un raid et Blink ne voit pas d'autre solution que de demander l'aide de Caitlin. Lauren se maintient éveillée autant que possible pour éviter d'être attirée par Andy et le pouvoir de Fenris, mais Reed sait que la tentation sera trop forte.

Première diffusion : 22 janvier 2019

S2 E14 • calaMité

Suite à la disparition de Max, Reeva emprisonne tout les mutants dans son bâtiment car elle est persuadée qu'il y a une taupe parmi eux. Grâce aux triplées, Reeva apprend que la taupe est Sage et Reeva l'élimine sans entendre les explications de la jeune femme qui clame son innocence. Lorsqu'Andy vient annoncer à Lorna que Reeva a tué Sage à cause de sa trahison qui a couté la vie à Max, la mutante culpabilise sans en montrer de réels signes car Andy semble content du sort de Sage qu'il prend pour une traitre à la cause du Cercle. En parallèle, Reeva demande à Benedict Ryan de s'en prendre aux Morlocks en y envoyant Jace Turner et un groupe armé. Les Morlocks sont attaqués par les Pacificateurs et Clarice fait son maximum pour les faire évacuer grâce à John, Eclipse et la famille Strucker en transportant tous les mutants des égouts vers une ruelle. Mais la police arrivant sur les lieux les oblige à fuir. Ne pouvant pas faire encore appel à ses pouvoirs à cause du sérum de son père, Lauren laisse sa mère s'en prendre aux voitures de police avant de prendre la fuite. Quant à lui, Reed Strucker a décidé de suivre sa fille et de ne plus prendre de sérum afin de devenir un mutant à part entière. De son côté, alors que Clarice parvient à faire évacuer Erg in extremis des égouts vers la ruelle, elle est touchée par trois balles de fusil sous les yeux de John qui ne peut intervenir car le portail de la mutante se referme avant qu'il n'aie pu la rejoindre.

Première diffusion : 12 février 2019

S2 E15 • Monstres

Le massacre des Morlocks laisse l'agent Turner en proie au doute sur les intentions de Ryan et des Purificateurs. Lauren et Caitlin sont encore en fuite, traquées par la police et John est encore trop marqué par la mort de Clarice pour les pister. Reeva prépare maintenant la dernière étape de son plan pour créer une nation mutante séparée des humains, mais Lorna voit les failles et veut fuir avec Andy.

Première diffusion : 19 février 2019

S2 E16 • Malheureux présages

Malgré les départs de Lorna et Andrew, Reeva peut mener son plan à bien : elle demande à Benedict Ryan d'envoyer les Purificateurs vers le refuge des derniers Mutants souterrains pendant que les sœurs Frost vont forcer Andrew et Lauren à détruire le siège des Services Sentinelles. Les mutants ont peu de temps pour ce qui apparait comme le dernier combat pour éviter la scission entre mutants et humains.

Première diffusion : 26 février 2019