David Freeman (Joey Cramer), un enfant de 12 ans, tombe dans un fossé, dans le bois près de sa maison, et perd conscience. Lorsqu’il se réveille, quelle n’est pas sa surprise de voir sa maison habitée par des inconnus ! En voyant l’âge qu’ont pris ses parents et son frère, il comprend que sa chute a eu lieu 8 ans auparavant, et qu’il a été porté disparu depuis tout ce temps. Il doit alors faire face aux savants de la NASA qui le soupçonne d’avoir été enlevé par des extraterrestres, ses retrouvailles avec sa famille coïncidant avec la découverte d’une soucoupe volante, par ailleurs impossible à ouvrir…
Il y a deux films en un dans ce Vol du navigateur, produit par les studios Disney : un film de science-fiction dans sa première moitié, intrigant à souhait, dans lequel on suit les savants qui cherchent à percer un mystère incompréhensible, suivi d’une comédie qui voit David essayer de prendre en main la soucoupe volante qui l’a transporté, et de faire entendre raison au robot quelque peu borné qui la conduit. Autrement dit, la première moitié se caractérise par un scénario intéressant et une quasi-absence d’humour, tandis que la deuxième est remplie d’humour mais est, pour ainsi dire, dénuée de scénario. C’est un peu dommage, dans la mesure où le film ne paraît pas très homogène, mais on prend à peu près autant de plaisir devant l’un que devant l’autre. Bien sûr, le film aurait pu être davantage construit et légèrement plus complexe sans que cela lui nuise, mais on a tout de même largement de quoi se divertir, et même de quoi rêver, et grâce à cette absence de complexité, il n'en sera que plus atteignable par le jeune public auquel il semble destiné en priorité. En priorité, mais pas en exclusivité, bien sûr...