A un moment, l'Architecte pose un choix à Neo : rebooter la Matrice, et la guerre reprend avec un nouveau Zion et une nouvelle Matrice ; ou alors éteindre la Matrice en tuant tous ses utilisateurs, ce qui revient à éteindre l'espèce humaine puisque Zion est détruit de toute façon. Le choix se porterait évidemment sur la deuxième possibilité, car il vaut mieux que personne ne ressente quoi que ce soit plutôt que faire souffrir des Zioniens (si on ne compte pas les gens cultivés dans la Matrice, puisque Neo ne peut plus y retourner). Neo aurait sûrement choisi d'achever tout le monde, si il n'avait pas eu à sauver Trinity. Mais ça nous ramène à la seule question qui nous reste à la fin du premier flim : Pourquoi choisir la pilule rouge, si c'était en connaissance de cause ? Pourquoi, après que Morpheus ait expliqué aux gens que la Matrice n'est pas le monde réel, pourquoi une seule personne aurait-elle envie de rester dans le monde réel ? Qui choisirait ce monde diabocaliptique, après l'équilibre et l'ordre de la Matrice ? Pourquoi donc Zion est-elle peuplée ? La réponse est que Morpheus ne donne pas véritablement le choix aux gens. Il ne leur dit la vérité qu'une fois dans le vaisseau, quand ils ne peuvent plus revenir en arrière. C'est la seule raison de l'existence des rebelles. Morpheus est un hypocrite qui manipule les gens pour grossir ses rangs, et qui les maintient dans l'ignorance tant qu'il n'a pas obtenu ce qu'il veut.
La fin du flim fait partie de la même fange qu'Interstellar : la science-fiction qui, après un flim et demi, se transforme en fantastique sous l'influence de scénaristes mal intentionnés (et tricheurs). Soit Neo se connecte à la Matrice de manière magique, et de là, éteint les sentinelles ; soit son avatar est resté dans la Matrice grâce à ses pouvoirs d’Élu, mais Neo coordonne ses gestes avec la Matrice de manière magique et tombe dans le coma sans raison.