Un mutant (Alan Cumming) ayant tenté d’assassiner le président des Etats-Unis, les X-Men partent à sa recherche. Ils découvrent qu’il a été manipulé par un conseiller militaire du président, William Stryker (Brian Cox). Or, celui-ci est une vieille connaissance de Magnéto (Ian McKellen) et du professeur Xavier, et semble en outre avoir connu Wolverine (Hugh Jackman), dans le passé que ce dernier a oublié…
Après un premier épisode en demi-teinte, Bryan Singer reprend la caméra et décide de resserrer les boulons. Il est vrai que, les présentations étant faites, il peut maintenant se concentrer sur ce qui faisait cruellement défaut au premier volet : des personnages un tantinet développés. Ici, les scénaristes ne commettent donc pas la même erreur, et sans aller trop avant dans le pathos, parviennent à donner une réelle épaisseur à leurs personnages, en s’attardant sur les relations qui les unissent.
Cette fois, le spectateur s’implique donc bien mieux dans un récit plus soigné et plus original, qui commence à gommer le manichéisme trop prononcé du premier volet notamment grâce à l’évolution d’un des personnages les plus intéressants de la saga (car incarné par le grand Ian McKellen), à savoir Magnéto, mais aussi grâce aux nouveaux personnages, très bien écrits. Malgré un rôle très secondaire, le personnage de Pyro est sans doute également un des personnages les plus profonds, illustrant intelligemment l’ambiguïté entre les deux ennemis que sont Magnéto et Xavier, par son hésitation entre deux camps qui semblent tour à tour le meilleur. De même, le catholique Diablo apporte d'intéressantes variations sur le thème du mal-être du mutant et de sa volonté de vivre normalement, introduisant une certaine profondeur dans son personnage.
Si les thèmes principaux ne sont toujours pas abordés en profondeur, le scénario leur accorde une place toutefois plus importante que dans le premier volet, ce qui introduit un soupçon de réflexion inattendu, questionnant sans lourdeur excessive le rapport entre l’illusion et la réalité (superbes scènes avec Jason Stryker) ou bien la tension entre une quête de normalité pour les mutants et la conservation de leur identité (en deux lignes de dialogue, le pouvoir de Mystique soulève un dilemme que l’on n'aurait pas soupçonné). Bien évidemment, ces pistes de réflexion ne sont qu’ébauchées, mais disséminées dans tout le film, elles constituent un sous-texte passionnant à suivre au gré d’une narration fluide et captivante.
Il faut dire qu’au niveau de la mise en scène, Bryan Singer conserve sa redoutable efficacité tout en l’agrémentant d’une élégance qui rehausse considérablement l’esthétique du film. Malgré quelques effets spéciaux à la limite du gênant (la poursuite entre avions au milieu des tornades, vraiment laide) et certaines facilités scénaristiques déconcertantes, on se laisse donc volontiers emporter dans le récit que nous offre Bryan Singer avec ce deuxième épisode d’une saga qui n’allait pas tarder à basculer au fin fond de la médiocrité artistique dont Hollywood est par trop coutumière, avec le départ de Singer de cette saga qu’il avait enfantée. La roche tarpéienne n’est pas loin du Capitole, dit-on, mais l’avantage, c’est que lorsqu’on est prévenu, on goûte encore mieux les délices dudit Capitole…