Au Japon, au XVIIe siècle, les Européens y sont déjà implantés grâce au commerce (marchands hollandais) et à la religion (missionnaires espagnols et portugais). Sauf que le shogun qui a réunifié le pays, n'apprécie guère l'influence grandissante des Occidentaux et commence à réprimer la religion catholique.
On suit l'arrivée du père Ferreira, prêtre portugais apostat (qui a renié sa foi), qui travaillera ensuite activement avec l'inquisition nipponne... Ainsi que différents personnages historiques qui ont assisté au repli des japonais en réaction au comportement des Européens.
On repense aux images du film Silence de Scorsese (adapté du livre éponyme de Shusaku Endo), notamment la scène de fumi-e « fouler du pied l'image » comme preuve de renoncement à la religion catholique.
Mais ce roman historique très documenté balaye la situation de l'ensemble des Européens de l'époque, avec aussi bien du vocabulaire précis que des commentaires humoristiques.
Si les Espagnols attaquent, ce sera à partir des Philippines, dit Ferreira. C'est leur plaque tournante en Asie! Mais tout ça est absurde. Combien de fois moi-même, comme mon ancien supérieur feu Mattheus de Courros, n'avons-nous pas expliqué à toute cette plèbe inculte de franciscains et dominicains espagnols que le Japon n'est pas le Mexique! Qu'on ne pourra jamais renouveler les exploits d'Hernan Cortès soumettant l'Amérique avec cinq cents conquistadors! Le Japon est trop bien gouverné, trop organisé, trop aguerri.