La vallée des abeilles, c'est l'histoire d'"Ondrej" (André), jeune tchèque tabassé par son père qui l'envoie rejoindre l'ordre teutonique pour remercier Dieu de sa guérison.
Le principal sujet abordé par le film, c'est la guerre.
La guerre et son effet sur les hommes : La guerre qui éloigne, qui altère la psyché, qui rend malade. Les blessures de guerre traversent le film et ne sont réellement visibles que lorsqu'elles sont mises en relief par une comparaison avec la vie civile, paisible, miséricordieuse.
Le rejet de cette vie de guerrier vaut à André d'être poursuivi par son ancien camarade chevalier de Dieu, vétéran des croisades. Ce poursuivant découvre la vie civile, y est confronté, mais est absolument incompatible avec celle-ci. Le chevalier du Christ en vient à assassiner plusieurs civils, qui étaient pourtant eux aussi chrétiens.
On ne comprend malheureusement cette thématique centrale du film que trop tard ; durant la plus grande part du film, on patauge entre images de la Baltique rude et vie rurale en Bohème, sans réellement voir le contraste se dessiner.
L'association avec 1918, ou 1945, serait facile, plutôt évidente : Le concept de brutalisation semble ici trouver une illustration médiévale, soignée, mais indigeste selon moi.