Le film commence en 1964 à Paris. Madeleine (Ludivine Sagnier) est vendeuse dans un magasin de chaussures. Après un larcin, elle perd son emploi et se retrouve à la rue, se prostituant occasionnellement. Cette activité lui fait rencontrer Jaromil (Radivoje Bukvic) , un séduisant médecin tchèque, dont elle tombe amoureuse, qui l'épouse et l'emmène avec lui à Prague. Elle devient maman d'une petite fille, Véra. Mais les choses ne se passent pas comme elle l'imaginait. Prague est encore sous contrôle communiste et son mari, engagé dans la lutte contre les communistes, passe plus de temps avec les militants et, en séducteur invétéré, dans les bras de jeunes militantes plus jeunes que sa femme, qu'avec elle. Ayant découvert qu'il la trompait, elle quitte Prague envahie par les chars russes, et rejoint Paris avec sa fille.
J'avais adoré les Chansons d'amour pour leur légèreté et la joie de vivre que ce film dégageait malgré les difficultés de l'existence. La mort y était aussi présente puisque Julie (la charmante Ludivine Sagnier), la fiancée d'Ismaël (Louis Garrel), meurt d'un arrêt cardiaque dès le début du film et que le reste est une valse-hésitation de sentiments contrariés entre Ismaël, Erwan et Alice.
Rien de tel dans Les Bien-aîmés, film déprimant où l'égoïsme des passions prime sur les sentiments. D'autre part, bien qu'écrites par Alex Beaupain, les chansons qui accompagnent ce film sont moins prenantes, moins bien intégrées au scénario que dans Les chansons d'amour. On a l'impression de quelque chose de beaucoup plus artificiel, de plaqué, que dans le précédent film où la BO faisait partie intégrante des dialogues.