En 1944 le jeune Lieutenant Keith, fraîchement diplômé, embarque sur Le Caine, un dragueur de mines en mauvais état; l'équipage est semblable, débraillé et peu discipliné. Son commandant est remplacé par le Capitaine Queeg qui s'attelle immédiatement à y remettre la rigueur militaire attendue. Cependant son autorité et son perfectionnisme déplaissent à l'équipage jusqu'aux officiers, seul Maryk son second respecte le commandement de son supérieur. Queeg, avouant que son rôle lui donne l'amertume de se sentir bien seul, sollicite l'aide de ses subordonnés, mais ceux-ci se coalisent contre ses excès de zèle, ses colères et ses erreurs de jugements. De plus l'officier Keffer, un écrivain dans le civil affirme avoir identifié les symptômes de la paranoïa chez Queeg, et envenime le conflit. Surnommé "le père la pétoche" pour certaines actions, pris pour fou en raison de son comportement et de ses accès de rage, il est désormais détesté par tous. Lors d'un ouragan, certain que le navire allait sombrer, le second Maryk, relève de son commandement le Cpt Queeg.
Immaquablement, un tribunal militaire l'accusera et il le jugera pour mutinerie.
Lors du procès prouvera t-on l'acte de mutinerie de l'officier Maryk, ou reconnaitra t-on le héros qui aura sauvé le navire et son équipage? L'avocat de la défense fait-il le procès de l'incompétence du Capitaine Queeg, est-ce que les différents témoignages pourront démontrer son état paranoïaque? Mais encore, la faute ne revient-elle pas aux officiers eux-même qui ont refusé l'aide à Queeg, usé par 18 ans de commandement et par les traumatismes de 4 ans de guerre? Et enfin comment juger la perversité et la lâcheté de l'officier Keffer, seul non militaire, considéré comme intellectuel, qui auront permis de manipuler l'état major du Caine?