Reprenant après les événements du cinquième épisode, on retrouve brièvement notre ninja Saizō Kirigakure (Ichikawa Raizō), qui confie à son fils Saisuke un terrible secret : sa sœur est en fait la princesse Yuri, la fille du légendaire seigneur Sanada qu'il a accepté d'adopter et de cacher à la mort de ce dernier. Peu de temps après, Saizō est tué en essayant d'assassiner le seigneur Matsudaira d'Izu à la bataille de Shimabara (1637), le jeune Saisuke et la petite Yuri seront à leur tour séparés. Quatorze ans ont passé, Saisuke (également interprété par Raizō Ichikawa) est à présent un ninja accompli et il désire toujours accomplir la vengeance de son père en assassinant le seigneur Matsudaira, aujourd'hui un proche conseiller du shogun Tokugawa. Saisuke trouve des alliés parmi les rōnin, ces samouraïs sans maison ni emploi qui errent dans les rues de la capitale après la dissolution de leurs clans tombés en disgrâce auprès du shogunat. La colère gronde et les rōnin, sous l'influence d'un certain Yui, fomentent un coup d'État contre le shogunat. Mais le seigneur Matsudaira emploie de son côté son propre réseau de ninjas pour espionner les rōnin, parmi lesquels une troublante femme-ninja, et tente par tous les moyens de les attirer dans un piège et de mettre au jour leur complot. Saisuke et la femme-ninja croiseront le fer, jusqu'à ce que Saisuke découvre derrière le masque sa propre sœur, Yuri, élevée par le seigneur Matsudaira dans l'art du ninjutsu...
La rébellion de Keian (慶安事件, Keian Jiken) est une tentative ratée de coup d'État menée contre le shogunat Tokugawa en 1651. C'est dans ce contexte trouble que Kazuo Mori inscrit son film, une histoire plutôt complexe où l'on finit par douter de la duplicité des uns et des autres.