Le film commence en 1944 dans un camp de concentration dirigé par les SS en Pologne. Le Dr. Schmidt, un de ces "médecins de la mort" selon la formule de Philippe Aziz, remarque les capacités extraordinaires dont fait preuve un jeune prisonnier, Erik Lensherr, lorsqu'il est soumis à la colère ou à la douleur. Afin de le forcer à utiliser ses pouvoirs, Schmidt exécute la mère d'Erik sous ses yeux. Les pouvoirs du jeune garçon se déchaînent alors, détruisant tous les objets métalliques de la pièce.
Au même moment, un autre jeune garçon, Charles-Xavier, télépathe, fait la rencontre de Raven, une métamorphe dont l'aspect a de quoi surprendre, qui s'est introduite de nuit dans le manoir de la campagne anglaise où il habite. Loin d'être surpris ou effrayé par son aspect, Charles-Xavier lui révèle que lui aussi est un mutant et il lui propose de l'héberger et de l'aider.
On verra que le scénario du présent film (X-men : le commencement), comme celui de Captain America, commence plus comme Le pianiste, le magnifique film de Polanski (qui se passe dans le ghetto de Varsovie) que comme un banal film d'aventures un peu "mou du cerveau". Il en est de même de Batman begins où le jeune héros voit ses parents assassinés sous ses yeux. Spiderman ou Superman sont eux-aussi des orphelins et la vie ne leur a pas vraiment fait de cadeaux. En cela, ces personnages, pour autant qu'ils soient bien traités par les scénaristes, sont attachants et intéressants.
Je ne pourrai évidemment pas convaincre les irréductibles de regarder l'un de ces films et je ne chercherai pas à le faire. Comme pour la science-fiction ou le fantastique, beaucoup de gens disent ne pas être intéressés ou sont rebutés par l'idée qu'ils se font de ces genres. Tout ce que l'on peut regretter, c'est qu'ils n'aient pas l'esprit assez ouvert pour comprendre que ce n'est pas le « genre » qui compte mais la qualité du film. Un bon film, bien bâti, avec de bons acteurs, reste un bon film, quel que soit son genre.