Dix-huit années se sont écoulées entre la sortie de cette suite et celle du FLCL original. Dans la série aussi, à première vue. On découvre de nouveaux personnages, à l'exception de Haruko, toujours présente où l'étrangeté surgit, et quelques clins d’œil à un ou deux anciens persos. Dans l'ensemble, l'animation est de bonne facture, mais l'absence de la maestria des artistes qui ont travaillé sur Evangelion se fait ressentir. À vrai dire, il y a davantage d'idées visuelles dans les eye-catchers que dans les épisodes, où la seule expérimentation viendra de l'épisode 5, confié à un studio différent. L'histoire patine beaucoup plus sur cette nouvelle mouture, puisqu'on se perd en scènes quotidiennes pendant plus de 15min, pour avoir ensuite 5min d'affrontements qui font écho à l'intrigue originelle. Il y a beaucoup d'ellipses, peu de développement de personnage, et les scénaristes attendent le dernier épisode pour tenter de lier tous les éléments et se lâcher dans la démesure, non justifiée ici. La mythologie introduite 18 ans auparavant est à peine effleurée, comme si cette nouvelle version voulait simplement recapturer l'essence de son aînée, sans avoir compris ce qu'elle racontait.