La saison de 12 épisodes est un peu courte mais elle pose très vite les bases permettant à l'intrigue de se développer rapidement. Peut être un peu trop rapidement d'ailleurs ou bien est-ce le combo sous-titres/sur-titres à foison qui brouille parfois les cartes et nous fait passer à côté de certaines subtilités de l'histoire.
Cet univers SF est bien pensé et propose des alternatives à l'évolution de l'homme comme les OGM et la photosynthèse pour remédier à la pénurie alimentaire ou encore les personnes hermaphrodites qui garantissent l'avenir de l'espèce.
Sidonia est un vaisseau spatial et le refuge de l'humanité, on peut y voir aussi des animaux notamment marins représentant la source de la vie et qui donnent à Sidonia des airs d'arche de Noé.
L'intrigue se résume à la survie au milieu d'un univers hostile peuplé d'aliens extrêmement puissants et mystérieux. Cette opposition énigmatique et déséquilibrée évoque par certains côtés L'attaque des titans bien que le contexte soit différent, dans les 2 cas les affrontements font des hécatombes.
L'esthétique de l'anime est un peu froide et grise mais elle colle à l'ambiance, les images de synthèse déconcertent au début mais elles contribuent au style épuré de l'ensemble. L'architecture des décors est mi figue mi raisin, la ville à la Moebius par exemple est superbe mais d'autres éléments comme le look du vaisseau font vraiment moches sans compter les personnages WTF à la japonaise comme l'ourse cuistot.