A la recherche de son frère, disparu sur une des iles au sud du Japon, un jeune homme embarque sur un petit bateau avec un ami et en chemin, ils sont attaqués par un monstre marin, qui se révèlera être Ebirah, une sorte de grosse crevette. Une fois sur ces iles, ils découvrent que ce frère, et les habitants sont séquestrés par une organisation. Quoi de mieux pour les aider que de faire appel à Godzilla, emprisonné dans des rochers, ainsi qu'à Mothra ?
Ebirah contre Godzilla marque un (petit) tournant dans la série dans le sens où on va découvrir un autre réalisateur que Ishiro Honda, à savoir Jun Fukuda, qui s'occupera de quatre autres sur une dizaine d'années. Même si on peut encore regretter que la partie consacrée aux monstres soit si courte, la fameuse baston n'intervient qu'à la dernière partie, celle consacrée aux humains est pour une fois bien fichue, car cela fait penser à du James Bond, le côté exotique en plus.
Quant aux bestioles, c'est toujours aussi épatant, et on découvre même qu'à la manière d'un ballon de foot, Godzilla peut renvoyer un rocher en direction de son adversaire, Ebirah en l'espèce, et que Mothra n'est pas aussi méchant qu'on pourrait le croire, car on retrouve aussi les fameuses fées avec qui elles peuvent communiquer.
Le studio Toho a réussi à rendre peu à peu Godzilla comme attachant, bon parfois il s'énerve pour un rien, à balancer son rayon, mais cet épisode-là est tout à fait sympathique.