Tourné principalement dans le désert du Sahara, avec une narration souvent sans rapport avec l’image et une bande son des plus éclectiques, Fata Morgana est censé évoquer le phénomène optique du même nom, s’apparentant aux mirages. Cependant, le résultat dépasse largement ce sujet, le film tenant davantage d’une expérience à la croisée du documentaire, du mythique et de l’absurde.
Fata Morgana est divisé en trois parties : I La création, II Le Paradis et III L'âge d'or. Dans la première partie, l'historienne et critique de cinéma Lotte H. Eisner lit une version du Popol Vuh, le mythe de la création maya, écrite par Herzog.
Le propos de cinéaste semble avoir été le suivant : la planète Uxmal est découverte par des êtres de la nébuleuse d'Andromède. Ils réalisent un reportage cinématographique en trois parties.
- "La Création" : un avion atterrit, des paysages primitifs se succèdent, des torchères et des réservoirs de pétrole font leur apparition.
- "Le Paradis" : en prise avec la nature et les restes d'une civilisation, des gens parlent de la catastrophe.
- "L'âge d'or" : un chanteur de bordel et une matrone chantent.
Les trois parties se terminent par la plus grande de toutes les hallucinations, un mirage.
Herzog a déclaré lors d’une interview que son film est conçu comme une collaboration entre le cinéaste et le public, et qu’on peut l'interpréter comme on l'entend. Pour ma part, j’y vois une méditation sur la vie et la mort, et sur la façon dont l'homme s'adapte.
Finalement, tout se passe comme si Herzog avait rapporté des images disparates d’un périple en Afrique, puis trouvé après coup un prétexte pour les assembler en un long-métrage. Le résultat est éminemment personnel mais l'oeuvre reste hermétique, pour ne pas dire confuse. Peut-être l’ai-je regardée au mauvais moment et au mauvais endroit mais je n’ai que moyennement goûté cette expérience.