Premièrement par son esthétisme, le prologue où le spectateur découvre les différents tableaux de la fin du monde vue par Claire (Charlotte Gainsbourg) et/ou Justine (Kirsten Dunst) justifie à lui seul le visionnage et donne un avant-goût de l'aspect métaphorique de ce qui va suivre (soyez attentifs il y a déjà quelques indices).
Ensuite, le film se divise en deux phases. La première sur Justine et son mariage catastrophique sous tout point de vue. La seconde sur sa sœur, Claire, et la fin du monde imminente vécue par cette minuscule cellule familiale. En réalité, cette seconde partie n'est certainement pas à lire au premier degré, car elle nous montre ce qui se passe en réalité dans la tête de Justine, alors atteinte de mélancolie. Tout prend alors une autre dimension, cette planète menaçante (Melancholia) n'est en fait que la métaphore de la phase finale de sa maladie, la collision avec la Terre n'est autre que la mort (suicide?) de cette femme qui finit par accepter l'issue fatale et devient de plus en plus sereine à cette idée, alors que Claire, elle, est paniquée à l'idée de ne plus faire partie de l'univers de sa sœur, elle n'accepte pas de la laisser partir. Elle, qui a tout fait pour cacher sa maladie, pour la rendre plus heureuse (le mariage, faire comme si tout allait bien, lui cuisiner le pain de viande qu'elle préfère...). L'existence du trou 19 (alors qu'on nous martèle qu'il y en a 18), les recherches internet de Claire "Melancholia + Death" au lieu de "Melancholia + Crash", l'impossibilité pour Justine de s'échapper du domaine à cheval (son cheval est la seule manière pour elle de s'évader, mais elle n'y arrive plus et reste prisonnière de sa maladie qui se fait de plus en plus présente dans sa tête : à chaque tentative pour passer le pont elle se résigne en levant les yeux au ciel pour constater la menace de plus en plus proche), le fait que personne ne réveille le petit garçon à l'occasion du premier passage tout proche de Melancholia (on le tient à l'écart de cette phase critique pour Justine), etc... Tous les indices sont là, et vont dans le même sens : Melancholia est un film à plusieurs niveaux de lecture. Le 1er niveau est un film SF pré-apocalyptique vécu par deux sœurs que tout oppose, le 2ème en revanche ne raconte que la mélancolie de Justine, conférent au spectateur une grande illusion métaphorique.