En 1750, en Amérique du Sud, la communauté d'indiens Guarani dirigée par le père jésuite Gabriel voit son existence paisible menacée par les tractations politiques et coloniales entre l'Espagne et le Portugal, arbitrées par le Saint-Siège.
Jungle somptueuse et chutes d'eau fabuleuses, Roland Joffé met en scène la mission retirée du père Gabriel, lequel a réussi son évangélisation, dans ce qui ressemble à un un petit paradis. Mais on sait que les paradis ne sont pas des sanctuaires et qu'en ces temps d'expansion coloniale, les européens saccagent tout ce qu'ils conquièrent...
Dans ces contrées admirables, le réalisateur s'attache habilement à conjuguer l'authenticité historique et ethnologique, des considérations humanistes incontournables avec une mise en scène spectaculaire autant que d'une grande beauté formelle. Fort de cette riche matière, Joffé peut aussi compter sur deux acteurs vedettes dans des rôles intéressants, modestes, au sens où, n'occupant pas constamment le devant de la scène, Robert de Niro et Jeremy Irons se fondent humblement dans un histoire qui n'est pas que la leur.
Irons est ce jésuite oeuvrant sincèrement pour la paix et l'amour du prochain. Plus complexe, on découvre en préambule le personnage de de Niro, ce Mendoza féroce, mercenaire et trafiquant d'esclaves dont la destinée est bientôt liée à celle du prêtre et des indiens. De Niro impose son charisme dans un personnage intériorisé et laconique, bien éloigné de ses rôles spectaculaire de gangsters italo-américains. Enfin, la musique d'Ennio Morricone donne à l'action et au sort des uns et des autres une dimension encore plus hiératique et tragique.