Troublant l'uniformité de l'étendue bleutée, un petit morceau de terre perce la surface des flots. Phare guidant les âmes perdues sur cette mer infinie, il porte une maison au-dessus du déluge. Sous un soleil éclatant, les jeunes Sosuke et Ponyo s'éveillent, s'émerveillent face à cet océan translucide, d'une pureté absolue. Sous leurs yeux, d'immenses bêtes issues de livres de paléontologie flânent par-dessus les habituelles routes, habitations, jardins désormais ensevelis sous les flots, la mer retourne à son état primitif.
La vallée paisible a disparu sous un ouragan surnaturel. Issu du fond de l'océan, il est né de la quête de liberté d'un poisson rouge, fuyant un laboratoire immergé dissimulé par l'envol sous-marin d'un banc de méduses. Ponyo, fille de la déesse de la Mer et d'un scientifique ayant renié sa part humaine pour sauver la nature, s'échappe sur les rives d'une petite colline.
Sur cette colline, un jeune garçon du nom de Sosuke guette chaque soir le passage du bateau de son père. Du haut de son sémaphore, il éclaire la nuit de quelques flashs lumineux et la journée de sa générosité.
En recueillant Ponyo, poisson à tête humaine échoué au bas de sa maison, il donne naissance à une relation sincère, touchante, emplie de tendresse et de joie. Une rencontre avec sa petite sirène.
Une sirène se rêvant humaine, allant jusqu'à exalter la furie des éléments pour retrouver son compagnon. Du fond marin jaillit une vague de lumière, un élan flamboyant portant à sa tête une petite fille en robe rouge, un point écarlate devant un faisceau doré. L'océan tout entier envoie Ponyo retrouver Sosuke à la surface, il laisse éclater toute sa puissance.
Sous une nuit étoilée, un déluge apocalyptique inonde la vallée, des vagues sombres d'une ampleur inouïe viennent lécher chaque minute un peu plus haut les contreforts d'une ville se préparant à l'inondation.
Accompagnant la fuite d'une voiture vers son refuge perché sur la colline, les vagues vivent, voient, cherchent la route. Au sommet de leur étendue bleu nuit, une tache rubis galope avec grâce. Une petite fille court sur la tempête, vole sur les vagues, joue du déluge. Avec une aisance et une douceur surnaturelles, elle fend l'air sur l'eau.
Quelques derniers scintillements, une écume venant mourir sur le perron de sa maison, et Sosuke retrouve Ponyo.
Depuis leur coin de terre, Sosuke et Ponyo s'élancent vers l'inconnu dans une embarcation magique. Leur frêle esquif lézarde la douceur de l'eau. Dans un paysage idyllique, ils s'en vont vers un futur incertain. Le soleil et la lune surveillent leur périple. Insouciants, ils quittent leur refuge pour ceux qu'ils aiment.
Le sourire aux lèvres.