Un prophète n'est pas un film sur la prison. Il raconte les rapports entre un homme en devenir et la figure paternelle, qui blesse et étouffe. Et qui questionne. Niels Arestrup, protecteur autoproclamé de Tahar Rahim, lui demande: "Qui a le plus besoin de l'autre ?" Tahar deviendra père à son tour un peu plus tard sans avoir enfanté lui non plus, puisqu'il prendra en charge l'enfant d'un autre.
Un prophète raconte plus généralement la violence des échanges entre les hommes, les manipulations, les calculs, les manoeuvres... Tout ce qui dépasse largement les murs de la prison.
Les femmes y font de rares apparitions, soit en mère protectrice mais impuissante face à la violence des hommes puisqu'elle n'arrive pas à retirer une tache de sang sur la chemise du fils, soit en femme douce mais totalement perdue sans son pendant masculin.
Toute la deuxième partie du film, qui fait du héros un caïd du crime et du trafic, n'est pas la plus intéressante.