Conçu comme la suite directe de Mobile Suit Gundam, Zeta Gundam peut néanmoins se regarder indépendamment de la série originelle, nous introduisant à une intrigue et à des personnages qui se suffisent à eux-mêmes. Certains des personnages de 1979 refont leur apparition, mais jouent un rôle secondaire dans l’intrigue, ou n’apparaissent que dans quelques épisodes seulement. Le « lieutenant Quattro » étant la seule exception. S’il y a bien quelques références à la rivalité entre Amuro et Char, à la mort de Lalah, et à la famille Zabi, la série se concentre exclusivement sur ce nouveau conflit entre une forme armée terrienne, les Titans, et l’AEUG, qui s’est constitué pour lutter contre elle.
La série a un format très épisodique. Chaque épisode, à l’exception du premier et des derniers, contient sa propre petite intrigue, qui aboutit à un moment ou à un autre à une scène de combat, suite à laquelle chaque champ retourne chez lui pour la fin de l’épisode. Ce format peut avoir quelque chose d’assez lassant, certains épisodes donnant l’impression de n’être que l’occasion d’une énième escarmouche sans intérêt pour l’intrigue entre les protagonistes et les Titans (combien de fois a-t-on vu Jerid affronter Kamille ?). Mais, à proprement parler, la série ne contient aucun remplissage. Son rythme s’accélère en outre considérablement dans son dernier tiers, jusqu’à un dénouement assez brutal, mais en accord avec son ton grave et dramatique.
Zeta Gundam accorde un intérêt particulier à ce thème, cher à la saga, de la possibilité à comprendre autrui. Il n’y a donc rien d’étonnant à ce que le protagoniste ait des réactions que l’on pourrait à première vue qualifier de capricieuses ou d’impulsives. Il en est de reste du même d’un grand nombre de membres de l’Argama, ce vaisseau de l’AEUG dont on a parfois l’impression que chacun peut y faire ce qu’il veut, n’en déplaise à Bright Noah. A ces apparents caprices s’oppose la sérénité du « lieutenant Quattro », qui joue plus ou moins le rôle de mentor de Kamille et dont le comportement très stoïque peut parfois paraître très prévisible. La série requiert du spectateur une pleine attention dans les scènes de dialogue, qui peuvent parfois paraître excessivement mélodramatiques, mais au fil desquelles on perçoit, tout au long de la série, une véritable subtilité dans la construction et l’évolution de la plupart des personnages. Kamille et Quattro ne sont, à la fin de la série, clairement plus les mêmes que dans les premiers épisodes, et nous révèlent de deux manières différentes ce qu’il advient des « Newtypes » capables de mieux comprendre les autres, et pourtant amenés à faire la guerre.