Première fois que Jojo est féminin. Jolyne est encore l'incarnation de l'amour et de la pureté. Araki la compare avec la Vierge Marie dès le début du manga. C'est ainsi qu'il a su que le personnage devait être une femme, pour mieux faire face aux difficultés de l'univers. Jolyne est aussi la persévérance même. Victime d'un complot visant à la faire enfermer en prison, elle n'abandonne jamais et fait toujours preuve d'ingéniosité pour se sortir de toutes les situations. En ça, c'était le personnage parfait pour le décor de cette partie.
Stone Ocean est une quête de liberté tant pour Jolyne qui doit s'échapper que pour le prêtre qui tient à libérer l'humanité de sa condition. Et c'est encore un coup de génie de Araki. Le méchant de cette partie, identifié dès le début cette fois-ci, est un des meilleurs méchants tous mangas confondus. L'homme qui autrefois était fasciné par Dio et sa quête du paradis finira par en être obsédé lui aussi. Son désir est simple : guider l'homme vers la béatitude. Les êtres humains au singulier n'ont que peu d'importance, c'est l'univers tout entier qui l'intéresse. La thématique religieuse est plus présente que jamais maintenant et la confrontation des deux côtés dépasse le bien et le mal de la première partie. Le questionnement est davantage théologique, le libre-arbitre sera-t-il respecté s'il atteint son but et ce "paradis" est-il vraiment le souhait de dieu ? Jolyne représente son opposition claire et précise sans chercher à l'être, ce qui en fait donc la parfaite héroïne pour vaincre ce fatalisme. Le récit aura des répercussions définitives sur l'univers et la saga en sera à jamais chamboulée.