C'est un polar aux confins du cinéma fantastqiue dont l'intrigue est développée plutôt sérieusement par Mocky, c'est-à-dire que le ton n'est ni ouvertement fantaisiste ni satirique. Seuls les personnages -et ce n'est déjà pas mal- entretiennent le caractère saugrenu ou loufoque dont le cinéaste s'est fait un style. Ce en quoi "Agent trouble" peut être admis dans le cinéma d'auteur.
Le sujet, probablement issu d'une série noire, est donc traité par Micky de façon plus appliquée et plus rigoureuse que par ailleurs. Cette histoire de touristes assassinés, qui gardera une grande partie de son mystère au nom d'une supposée raison d'Etat, n'est pas pour autant passionnante; et d'ailleurs l'intrigue ne s'anime véritablement qu'à la fin, lorsque les investigations de Catherine Deneuve, en enquêtrice amatrice (et brune frisée!) touchent à leur but. Il est vrai que la nature étrange et parfois farfelue des personnages, la liberté de la mise en scène de Mocky relèguent le suspense liée à l'histoire à un rang secondaire.