Raoul Kraft perd son fils dans un accident de voiture alors qu'il suivait un traitement dérivé d'un essai clinique. Il n'accepte pas la thèse de l'accident et cherche à savoir si les médicaments que prenait son fils ont un rapport avec sa mort. Il sera accompagné durant sa quête de vérité par Diane, militante qui a également perdu un être cher.
Le Nouveau Protocole est un thriller original qui pose clairement la question de la place actuelle des médicaments dans la santé des Français. La multiplication des maladies entraîne une sur-commercialisation de médicaments dont les risques peuvent être variables : les fameux « effets secondaires » qui peuvent autant vous rendre dépendants que vous tuer. Les essais cliniques réalisés à tour de bras par les grands lobbys pharmaceutiques dans le tiers-monde, puis sur des volontaires en France ne proposent pas de véritable suivi des patients, pouvant très bien contenir dans leur métabolisme un facteur inconnu entraînant leur mort. Le film est d'autant plus d'actualité, dix ans plus tard, avec par exemple l'affaire Naomi Musenga en 2017 qui est décédée après avoir pris du paracétamol, le médicament le plus élémentaire et le plus distribué. La confiance est rompue entre patient et docteur / pharmacien.
Raoul Kraft, c'est l'homme qui n'est plus « patient », il n'attend pas une affaire juridique qui durera des années et où la culpabilité du laboratoire en question ne sera peut-être même pas prouvée. Il veut des réponses maintenant ! Pour cela, il va se mettre en quête de vengeance et de vérité. Si le scénario (Thomas Vincent et Eric Besnard) est mené tambour battant, il affiche une trop grande facilité dans l'évolution du personnage principal (un simple bûcheron) face aux obstacles : il rentre dans le bureau du chef d'un grand laboratoire parisien et dérobe des informations confidentielles, il se bat et échappe à des policiers à la solde du lobby, il rentre dans la grande conférence finale déguisé en personnel de sécurité et échappe à la vigilance de tous alors qu'il est l'homme à abattre. La séquence finale est néanmoins explosive : au moment où la raison ne sait plus que choisir (mort dû aux médicaments ou suicide ?), le cœur prend les armes et tire ! Portés par Clovis Cornillac, père touchant et vengeur (la scène où il laisse expulser sa rage après l'annonce de la mort de son fils est d'une grande justesse) et par Marie-Josée Croze, femme engagée et prête à tous les sacrifices, le film est intéressant, car il se tourne vers ceux qui restent, les familles des victimes des essais cliniques.
Dans une France qui est à l'agonie au niveau médical (hausse de la consommation de médicaments et auto-médication, « déserts médicaux » dans les provinces, hôpitaux surchargés où certains patients meurent dans les couloirs… ), Le Nouveau Protocole est celui appliqué par les grands lobbys menant une bataille médico-commerciale. D’ailleurs, un des protagonistes dit à juste titre :
Vous n'êtes plus un patient, vous êtes une pathologie.
NB : Cette critique a été rédigée en septembre 2019, soit six mois avant l’arrivée de la pandémie du COVID-19 en France et du confinement qui a suivi. A ce titre, le film est d’autant plus pertinent en ce qu’il avertissait des dérives de la situation sanitaire en France et confirme les inquiétudes qui se posaient 12 ans avant l’apparition du coronavirus.