Un petit garçon, Kun, s'amuse dans son monde imaginaire fait de jouets et de désordre. Soudainement, ses parents sont de retour après une absence qui lui a semblé éternelle. Ils ne sont toutefois venus seuls. Caché dans un landau, un être dort paisiblement. Ses parents lui annonce qu'il s'agit de sa petit soeur Miraï.
Miraï, ma petite soeur va alors nous raconter comment un petit garçon va lentement et difficilement comprendre les liens du sang, comprendre comment l'altérité se transforme progressivement en inébranlable intimité, comprendre que nos individualités reposent en réalité sur des racines familiales profondes et se projettent dans l'amour de nos proches.
Mamoru Hosoda nous livre ainsi un film profondément intime se déroulant presque exclusivement dans une demeure contemporaine japonaise, à partir de laquelle notre protagoniste va faire des plongées imaginaires afin de découvrir son chien incarné en homme, rencontrer sa soeur devenu adolescente, se croiser lui même au seuil de l'âge adulte et faire la rencontre de son grand père.
Film haïku constitué de petites scènes d'une grande subtilité, Miraï, ma petite soeur marque par la simplicité et la pureté de son histoire qui peu à peu se déploie dans un imaginaire débordant.