Explorant encore une fois le thème de l'insouciante adolescence, de l'homosexualité et des extra-terrestres, Gregg Araki filme avec hargne et passion un film touchant, violent, dérangeant mais également visuellement magnifique, Araki ayant son propre talent à instaurer une ambiance tantôt réaliste tantôt féérique à travers des filtres de toute beauté.
Tiré du roman éponyme de Scott Heim (plusieurs fois décrié), Mysterious Skin est un leurre, une métaphore sur la jeunesse douloureuse et sur le monde que les enfants se créent pour échapper à la réalité, parfois insurmontable. Les interprètes sont de véritables révélations (Joseph Gordon-Levitt le premier), transcendant l'image de leur beauté et leur conviction, même lors de scènes très dures (un virulent viol masculin notamment).
Mais les scènes les plus choquantes sont surtout celles qui ne sont pas montrées mais narrées par des acteurs habités (la scène finale), donnant un impact sans pareil au long-métrage. La pédophilie et ses répercussions sont donc au centre de cette histoire bouleversante où se noient culpabilité, insouciance et traumatisme, dans la débauche et le rock 'n' roll mais aussi, et surtout, dans l'amour. Une perle rare du cinéma indépendant à ne pas mettre devant tous les yeux.