Dans le futur, l'humanité va être attaquée par les Kaijus, des monstres géants auxquels les hommes ont bien des difficultés pour les combattre. Sauf qu'un genre, un homme lui aussi très grand va apparaitre et à l'aide de son rayon apparaissant quand il croise les bras, va décimer les monstres. Son nom est Ultraman.
Shin Ultraman est le deuxième volet de la série des Shin, entre Godzilla et Kamen Rider, où Hideaki Anno n'est pas cette fois derrière la caméra. Il est bien présent en tant que scénariste, et laisse sa place à son compère Shinji Higuchi, avec qui il avait travaillé sur Shin Godzilla.
Ultraman est aussi un de ses héros d'enfance, un mythe japonais né dans les années 1960, quasiment inconnu en France, avec comme particularité qu'il ne peut peut qu'apparaitre que durant quelques minutes à cause de la pollution de la Terre qui affecte ses capacités. On retrouve le côté existentialiste propre aux deux autres films, ainsi que dans l’œuvre d'Anno, où les combats sont peu présents, mais il déménagent bien. Mais tout comme Shin Kamen Rider, le film souffre du côté tournage durant la pandémie, qui donne l'impression que les villes sont totalement vides et qu'il y a peu de personnages principaux. Peut-être qu'on retrouve moins ce côté épique qu'on voyait par exemple dans Shin Godzilla, mais tout comme ce film-là, Anno est assez critique envers le système politique japonais, qui est plus dans la représentation que dans l'action.
Cela dit, Shin Ultraman est une bonne réussite, grâce aussi au talent de Shinji Higuchi dans les effets spéciaux, mais Godzilla restera la véritable réussite de cette trilogie.